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土木堡事變明朝失去了京軍主力，也很大程度上失去了對地方的控制，深刻改變了明朝的走向。
在此之前，大明皇帝可以依靠的力量包括：宦官集團、武將勳貴集團、文臣集團。三大營是中央主力軍隊，威懾四方。其中最爲堅定的武將勳貴集團，是爲大明打下江山的徐達、常遇春，以及明成祖手下將領朱能、張輔等名將的後代。他們因軍功世襲爵位，並掌握軍權，武將對文臣有很大的平衡作用。
土木堡事變，不僅明英宗被俘，大太監王振被殺，隨行的文官被殺，大明的武將比如英國公張輔、成國公朱勇等也戰死，武將勳貴一掃而空。
土木堡之變以後，在京的大臣自動以于謙爲首領，以天下爲己任，承擔起保衛北京的責任。這些文臣不立英宗的太子，而是擁立郕王繼位皇帝，而且當着郕王朱祁玉的面，將太監王振的餘黨打死。又指揮武將，組織兵馬抵抗瓦剌也先的軍隊。
在於謙的帶領下，取得了北京保衛戰的勝利，文臣集團也牢牢地掌握了帝國實際的權力，宦官集團自然被剝奪權力，武將地位下降，形成了以文馭武的局面，甚至皇帝的家事，也由大臣議定，比如在是否迎回明英宗，如何安置明英宗等皇家大事上，文臣都有很大決定權。
這裏無意詆譭于謙的爲人及其功勞，于謙在關鍵時刻挺身而出，抵禦外族入侵，保衛了國家的安全，是民族英雄。但這樣的後果，導致皇權下降，使中央自然失去了對地方的控制。大臣以不能增加民生負擔爲藉口，不允許增加稅收，導致中央沒錢。文臣不僅不用交稅，還通過手中的權力大肆圈佔良田莊園，成爲隱形的富翁，還通過培養學生，形成鄉黨，甚至下野了也能開辦書院，諷刺影響朝政。明朝，是皇帝與文臣共天下。
不僅如此，明朝的大臣還給皇帝定下很多規矩，比如皇帝不要出北京，最好不要出皇城;皇帝要愛民，要簡樸節省，不能派太監開礦收稅，與民爭利;皇帝要尊重大臣，批准內閣的票擬等等，只有這樣纔是好皇帝，纔是明君。如果哪位皇帝做的稍微出格，就會面臨雪花般的文臣的上書，一羣羣人的勸諫，甚至死諫!這時候，文臣只需要一個名義上的皇帝，而這個皇帝是誰，已經不重要了。
文臣已經將地方牢牢控制，尤其是江浙文人控制了朝堂，更控制了江南富庶之地。只不過名義上，還有一個共同的大明。在文臣的主導下，明朝選擇了保守的國策，不再尋求開疆擴土，不再增加軍隊開支，還限制朝貢次數和賞賜(主要是對蒙古的朝貢方式的貿易)，宗旨就是減少中央支出，保護文臣在家鄉的利益。在萬曆皇帝的早年，大臣張居正曾經獨掌朝政10年，是帝國真正的決策者，名爲相實爲攝。
但真到了西北有旱災，需要東南援助的時候。控制朝堂的文臣仍然拒絕加稅，也沒有大力賑災，導致農民起義，流民遍地。
而皇帝只能利用文臣之間的矛盾和黨爭，或者冷處理，實在不行對部分大臣進行庭杖，或者依靠太監平衡文臣的勢力，也曾經收回部分皇權。但有明一代，皇權最終也沒有將臣權壓下去，最終也是亡於文臣之間的黨爭。以致於崇禎皇帝臨死前仍然聲稱：諸臣誤朕，文臣皆可殺!
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