皇帝閒了，大臣們的角色也同樣變，原先在這個官僚體制中，各類的權力都被朱元璋拆分開來，而在這套變動過程中，本來拆分的權力，也又重新組合起來。比如原本分散的六部權力，被統一整合到內閣負責，而地方上原本分散的“三司”權力，被統一整合給各省的巡撫，以及負責多個省公務的總督負責。權力組合的結果，使得相關大臣的權限加大，連帶着話語權加大，辦公固然方便了，但和皇帝頂牛，也自然變得方便了。於是從明朝中後期開始，明朝大臣和皇帝頂牛的事，也就越發的多了起來。
到了明憲宗成化皇帝在位開始，羣臣給皇帝頂牛，又多了新招數，經常是爲了爭論一件事，鬧得大臣們以集體辭職相威脅。比較典型的事，就是西廠提督太監汪直引發衆怒，大臣商輅率領文臣進諫，以集體辭職爲武器，迫使明憲宗罷免汪直並裁撤西廠，雖然這場爭鬥，還是以汪直復職西廠復設，以及商輅黯然罷官而告終，但隨着文官集團話語權的壯大，集體辭職這一招，在之後明朝歷代皇帝在位時，都被大臣們屢試不爽。
比如明孝宗朱祐樘在位的時候，大學士劉健等人率領羣臣進諫，以集體辭職勸說明孝宗赦免兩京之獄中的獲罪言官，並嚴懲涉案宦官。明武宗朱厚照時期，發生過兩次著名的內閣集體辭職事件，一次是劉健，謝遷，李東陽三位閣臣，率領六部九卿集體辭職，勸說明武宗驅逐宦官八虎。另一次是明武宗在位晚期，常年外出巡遊，並率兵在應州與蒙古韃靼部血戰，結果以樑儲，蔣冕等閣臣爲首的百官，以集體辭職勸說明武宗回京理政。
而到了明神宗萬曆皇帝在位的時期，發生了著名的“爭國本”案，集體辭職這招，更從官員頂牛皇帝的殺招，變成司空見慣的常用招數，當時圍繞着立太子問題，堅持立皇長子的羣臣，與堅持立皇三子的明神宗，展開了二十年的頂牛，期間每當雙方關係劍拔弩張的時刻，特別是諸多官員因爲直言進諫遭罰時，總會鬧出重臣們集體辭職以示抗議的一幕，諸多重臣也因此掛冠而去。而苦受頂牛之苦的明神宗本人，更演出了三十年不上朝的雷人之舉。話語權越來越多的大臣們，在皇帝面前，也變得越發的不聽話。明朝官員的不聽話，主要表現在三個方面，一是批評多，經常性的批評皇帝。二是管的寬，他們批評皇帝的內容，從國家大事到個人私生活，那是無所不包，比如明孝宗朱祐樘在位的時候，一次參加經筵，不小心打了個哈欠，結果接着有言官進言，說皇上您打哈欠，這是對經筵的不尊重。
如果說這還算國家大事，那麼隆慶年間的詹仰庇卻更雷，一次他偶然從太監處聽說，皇帝好像許久沒有寵幸皇后了，這本來是人家兩口子之間的私事，結果詹仰庇靈感大發，上奏奇文一篇，要求皇帝要多寵幸皇后，皇帝皇后夫妻恩愛，纔是國家的福氣，一番怪論，鬧得隆慶皇帝哭笑不得。甚至有時候，官員批評皇帝，不但不問青紅皁白，而且是不顧事實，完全憑藉道聽途說甚至臆測。這種事典型倒黴的，依然還有隆慶皇帝，一次隆慶皇帝偶爾沒有上早朝，接着御史蔡汝賢就上奏說，皇上您這幾天生病，我聽說您最近縱慾過度，夜夜寵幸美人，您這樣可不行啊。如此奏摺，把隆慶皇帝委屈的不行，以至於直接下詔書反駁說：你以爲我生病是因爲好色嗎？我真的是幹工作累的。
比起隆慶皇帝來，他的兒子明神宗朱翊鈞更委屈，那時候朱翊鈞三十年不上朝，到了臨終的時候，還專門把內閣首輔方從哲叫到宮裏來，方從哲本來以爲皇帝叫他是來託孤，沒想到明神宗當着方從哲的面捲起胳膊展示說：你看看我的胳膊都浮腫了，這全是幹工作累的，外面那些大臣們，整天上奏摺胡說，說我在宮裏不務正業，你可要爲我證明啊。一番話當場把方從哲雷翻，還沒等方從哲回過神來，明神宗又接着對身邊太監說：我每天是怎樣辛勤工作的，你一定要如實說給方大人聽。
而比起這兩條來，第三條卻更讓皇帝們抓狂，就是官員權力越來越大。放在明初的時候，官員生活那叫一個苦逼，那時候朱元璋大權獨攬且律令嚴苛，官員們稍微犯錯就會被嚴懲，甚至每天上朝，如果能平安回來，有些官員家還會照燈結綵格外熱鬧——慶祝自家老爺又多活了一天。
而從明朝中後期以後，官員的話語權也越來越大，特別是皇帝說話，有時候也是可以不聽的，比如皇帝想用錢，發文到戶部去，戶部如果覺得這筆錢不該用，就可以不撥錢，並且把皇帝的詔書原封不動退回，這叫封駁。
不但用錢可以問題可以封駁，其他問題上也能封駁，甚至皇帝認爹的問題，明世宗在位早期，發生了著名的大禮儀之爭，起因是以外地藩王身份即位的明世宗，拒絕按照皇室法統，不認已故的明孝宗爲爹，反而要堅持追封自己的親生父親興獻王帝號，引發羣臣不滿，以楊廷和爲首的內閣大臣堅決對抗，明世宗下的詔書，大臣們不照辦。一場禮儀之爭，把明世宗折騰的叫苦不迭。
這種越來越煩的情況，明朝歷代皇帝都不會等閒視之，因此即使是再荒廢朝政的明朝皇帝，在位期間都在這個問題上開動腦筋，用各種辦法強化皇權，最通用的辦法，就是強化宦官權力，用以對抗話語權越來越大的羣臣，這招從明宣宗執政時代就開始用，他在位的時候設立司禮監，給予司禮監批紅權，使宦官集團在朱棣時代有了特務權後，又多了行政權，之後的時期裏，明朝宦官地位的提升，其實是和明朝文官集團地位的提升同步的。
而每一代帝王，也都有一些自己的辦法，明憲宗除了增加特務機關，加強對羣臣的監控外，也注意放開言路，言官批評他的奏摺很多，他雖然多不接受，但處罰言官卻很少。而明世宗朱厚熜在位時期，由於他之前的明武宗時代，宦官威權過重，他登基後開始限制宦官權力，提高文官集團地位，重用內閣。
每一任皇帝面對這個問題的時候，方法各有不同，但其實道理都是一樣，當明朝皇帝，文官，宦官這個權力三角體系確立後，其權力的分佈，就變得好像一隻天平，皇權在中間，文官和宦官各自佔兩邊，在明朝做個好皇帝，其實也就要求做到一條，要保持文官集團和宦官集團之間的權力平衡，整個明朝中後期，所有執政成就最好的時代，都做到了這個平衡。
典型如著名的“張居正改革十年”，儘管當時的明神宗還是個小孩子，但是擔任輔政大臣的張居正，與擔任宦官集團首腦的馮保，既是相互利用的夥伴，卻在權力上也相互制約，張居正有輔政大權，然而卻無廠衛大權，同時他的輔政權，也需要得到來自宮廷內部，尤其是明神宗與李太后的支持，因此必須要倚重馮保，馮保雖然是宦官首腦，但行政方面，同樣要倚重張居正，這種相互的倚重，成就了張居正大刀闊斧的改革，有了著名的“萬曆中興”。
由此可見，在明朝好皇帝的首要標準，其實就是一句俗話：在宦官和文官之間，要一碗水端平。
