1991年12月11日，歐共體馬斯特裏赫特首腦會議通過了建立“歐洲經濟貨幣聯盟”和“歐洲政治聯盟”的《歐洲聯盟條約》(通稱《馬斯特裏赫特條約》，簡稱“馬約”)。1992年2月7日，《馬斯特裏赫特條約》簽訂，設立理事會、委員會、議會，逐步由區域性經濟共同開發轉型爲區域政經整合的發展。1993年11月1日，《馬斯特裏赫特條約》正式生效，歐洲聯盟正式成立，歐洲三大共同體納入歐洲聯盟，這標誌着歐共體從經濟實體向經濟政治實體過渡，同時發展共同外交及安全政策，並加強司法及內政事務上的合作。1994年的歐洲議會選舉，執委會提議雅克·桑特擔任執委會主席，但其實他被視爲第二選擇。議會勉強批准桑特的任命案，但他所領導的執委會則獲得強力的支持(416票贊成、103票反對)。
1994年3月30日，奧地利、瑞典、芬蘭和挪威的入盟協商完成。各國舉行公民投票，除了挪威以外，其他各國均通過加入歐盟的提案。然而，挪威與冰島、列支敦士登等歐洲自由貿易聯盟成員國在1994年1月1日加入歐洲經濟區。瑞士曾計劃加入歐洲經濟區，但遭到公民投票否決。隔年，《申根公約》正式生效，到1996年年底已擴展到近乎全歐盟會員國。1994年1月1日，歐洲經濟暨貨幣聯盟(Economic and Monetary Union of the European Union)進入第二階段，成立歐洲貨幣管理局，1998年一月歐洲中央銀行成立，1999年歐元開始運作，2002年1月1日，硬幣與紙幣開始流通，完全代替舊有貨幣。
1994年12月9日至10日，歐洲聯盟12國和即將加入歐盟的奧地利、瑞典和芬蘭的領導人在德國埃森就改進歐盟機制，促進經濟增長和歐盟向東歐擴大問題達成一致。
1995年1月1日，瑞典、芬蘭、奧地利正式加入歐盟，歐盟成員國擴大到15個。
1996年12月14日，歐盟都柏林首腦會議通過了《穩定和增長公約》、《歐元的法律地位》和《新的貨幣匯率機制》的歐元運行機制文件。
1997年6月17日，歐盟首腦會議通過了對《馬約》修改和補充的《阿姆斯特丹條約》，同年10月2日，歐盟外長簽署了該條約。
1998年3月12日，歐盟15國與申請加入歐盟的中、東歐11個國家的領導人在倫敦正式啓動了名爲“歐洲會議”的首腦定期磋商機制。
1999年1月1日，歐盟正式啓動歐元。5月1日，《阿姆斯特丹條約》正式生效。12月11日，歐姆赫爾辛基首腦會議通過了《千年宣言》，決定正式接受土耳其爲入盟候選人並決定在2003年前成立歐盟快速反應部隊。
巴爾幹地區的衝突給予歐盟發展共同外交與安全政策強大的動力。歐盟在衝突之初未能及時反應，而聯合國維和部隊無法阻止歐洲在二戰之後最大傷亡、發生于波斯尼亞和赫塞哥維納的斯雷布雷尼察屠殺。最後北大西洋公約組織介入戰爭，迫使雙方坐上談判桌。1999年3月24日，科索沃的局勢使得歐盟發表共同外交和安全政策聲明，並迫使北約介入科索沃與塞爾維亞之間的衝突。相較於波斯尼亞衝突，這次歐盟更爲積極，之前的失敗使得歐盟希望在外交事務上更有效力。 歐盟早期的外交經驗顯1999年5月1日生效的《阿姆斯特丹條約》，以及1997年西歐聯盟領導人所發表，關於歐盟及北約兩組織所扮演的角色的宣言。 之後，《尼斯條約》加強了高級代表(High Representative)與外交政策的合作。
1999年3月，爆發預算危機。議會拒絕批准執委會所提出的預算案，理由是執委會財政管理不當、欺騙及裙帶關係。議會成立調查委員會，調查結果在1999年3月15日發表，內容大力抨擊執委會。原來唯一表態支持的主流政黨歐洲社會黨決定不再支持，並與議會準備罷免執委會。在報告出爐的當天傍晚，歐盟執委會宣佈總辭。 該危機嚴重損害了歐盟執委會面對全球危機的立場，而歐洲理事會也逐漸不信任執委會。歐洲懷疑主義在後德洛爾時代更加根深蒂固，理事會與議會也在之後幾年不斷質疑執委會的立場。 很快地，繼任的執委會成立反欺詐部門OLAF。
1999年議會選舉，歐洲人民黨擠下社會黨成爲第一大黨，羅馬諾·普羅迪所率領的新任執委會成立反欺詐部門OLAF。在《阿姆斯特丹條約》賦予的新權力下，部分人士稱普羅迪爲“歐洲第一任首相”。1999年6月4日，哈維爾·索拉納被任命爲歐盟理事會祕書長兼共同外交與安全政策高級代表，它也被部分人視爲歐洲第一任外交部長。 《尼斯條約》在2001年2月26日簽訂，隔年2月1日正式生效，開始起草歐盟憲法。《尼斯條約》在2004年擴張之前完成了最後的準備階段。
2000年2月15日，歐盟開始與羅馬尼亞、斯洛伐克、拉脫維亞、立陶宛、保加利亞和馬耳他第二批6個入盟候選國正式舉行入盟談判。
2001年1月1日，希臘正式成爲歐元區第12個成員國。
2002年1月1日，歐元正式流通。3月1日，歐元成爲歐元區國家唯一法定貨幣。
