經學
馬融之學，屬於古文經學中的一種典型。在儒家經學的發展史上，馬融開始了綜合各家、遍注羣經這種帶有開創性的工作，他的經注成就，使古文經學開始達到成熟的境地，預示着漢代經學發展將步入新的時期。
馬融長期在東觀校書著述，爲他能綜合各家之學，遍注古文經典，提供了十分有利的條件。他善於吸取前人的學術研究成果，他曾經想註解《左氏春秋》，見了賈逵、鄭衆的註解，就說：“賈君精而不博，鄭君博而不精。有精有博，我沒有什麼說的了。”他綜合了賈、鄭二家的優點，撰成《春秋三傳異同說》，是《春秋》學集大成的一部專著。馬融還曾與北地太守劉環討論過《春秋》學的一些分歧問題。據考證，馬融注《易》源於《費氏易》，又雜採子夏之說以及孟氏、樑丘氏、京房氏諸家《易》學。注《尚書》，取鄭氏父子和賈逵之說。注《詩》，除《毛氏詩》外，兼採《韓詩》。此外，馬融還注《三禮》、《孝經》、《論語》、《老子》、《淮南子》、《離騷》、《列女傳》等。著賦、頌、碑、誄、書、記、表、奏、七言、琴歌、對策、遺令，共二十一篇。
馬融的經學著作多已散佚。清人編的《玉函山房叢書》、《漢學堂叢書》都有輯錄。另有賦頌等作品，有集已佚，明人輯有《馬季長集》。 馬融會鼓琴，好吹笛，據《昭明文選》載，他作有《長笛賦》。
教學
馬融才高，學識淵博，是當世的通儒。他教授門徒，常有千人之多。涿郡人盧植、北海人鄭玄，都是他的學生。馬融性格放達任性，不爲儒者的小節所拘。他的房屋器用衣物，都崇尚奢侈，常常坐高堂，掛紅紗帳，前面教授門徒，帳後設置女樂。他的弟子按順序傳授，很少有進入室內的。 他還擅長鼓琴，好吹笛，任性而爲，“不拘儒者之節”。他的前授生徒，後列女樂的作法，對以後魏晉清談家的破棄禮教產生了一定的影響。
