《元史》問世後，很多學者對它表示了不滿，錢大昕則是不滿者中持激烈否定態度的一個。他指出：“古今史成之速，未有如《元史》者，而文之陋劣，亦無如《元史》者”“開國功臣，首稱四傑，而赤老溫無傳。尚主世胄，不過數家，而鄆國亦無傳。丞相見於表者五十有九人，而立傳者不及其半”“本紀或一事而再書，列傳或一人而兩傳”。
明朝的徐一夔也說：順帝在位三十六年的事，既無“實錄”可據，又沒有參考書，只憑採訪寫成，恐怕史事未必覈實。對於《元史》的批評，主要認爲它的編纂工作過於草率，沒有認真的融合貫通，基本上都是利用已有的文獻資料，略加刪削修改而成。但是，作爲研究元代歷史的史料來看，《元史》比其他某些正史的史料價值更高。它仍是我們今天瞭解、研究元代歷史的極其珍貴的文獻。它是最早的全面、系統記述元代歷史的著作。
①元代的十三朝實錄和《經世大典》已經失傳，其部分內容賴《元史》得以保存下來。②《元史》的本紀和志佔去全書一半，而本紀佔全書近四分之一，《文宗紀》竟多達一年一卷。有人批評它不合定例，不知芟削。然而這種作法卻起到保存上述失傳史料的作用。列傳部分，由於元代史館的資料就不完備，漢族文人常有碑傳可資參考，而一些蒙古名臣往往無從搜尋，因此立傳有詳於文人，略於蒙古將相大臣的現象。如丞相見於表的有五十九人，而立傳的不及一半。太祖諸弟、諸子僅各有一人有傳，太宗以後皇子無一人立傳。可是就見於列傳的蒙古、色目人而言，其中有一小半人已沒有別的史料可供參考，後世對這些當時有很大影響的歷史人物的事蹟只能通過《元史》才能瞭解。③纂修者違反了修史的慣例，沒有刪去儒家學者認爲不屑一提的史實。如有人批評“作佛事則本紀必書，遊皇城入之禮樂志”。又批評它“列傳則先及釋老，次以方技，皆不合前史遺規”。但這些保留或增加的內容，正是反映元代一些重大社會內容的史實。此外如《地理志》附錄河源、西北地、安南郡縣等項，《祭祀志》附國俗舊禮，《食貨志》增創歲賜一卷，這都是根據元代實際情況保留下來的重要史料。
