公元1629年十月二十七日，皇太極率後金軍隊繞過山海關，借道蒙古，從喜峯口突入塞內，攻入龍井關、大安口，這是後金第一次攻入關內。雖然皇太極將京師圍攻了一個多月，就在袁崇煥等人的阻擊下，撤圍退兵，但己巳之變給明朝帶來了極爲惡劣的影響。
1644年，清軍入關，佔據北京後，清朝權貴內部就是否要遷都北京，還是仍舊退回關外產生過爭執。多爾袞認爲“京師乃天下之根本”，執意遷都，但阿濟格等人表示反對，認爲滿漢無法齊心，不如任取財富，滿載而歸。多爾袞擡出了皇太極生前說過的話“若得北京，當即徒都，以圖進取。”否定了阿濟格，立即送出奏摺給盛京的順治。順治於當年九月甲辰日下午進入紫禁城，標誌着清朝經營天下的正式開始。
在此之前，無論努爾哈赤還是皇太極即汗位之初，並不敢考慮入主中原。努爾哈赤在1622年遷都遼陽之後，就認爲“大業已成”，建立八王共治制度，以讓子孫“大福永享”。皇太極則說得更明確：以山海關爲界，以西歸明朝，遼河以東歸後金，各自立國。《聖武紀》：昔我師既克廣寧,時諸貝勒將帥鹹請入山海關,我皇考以昔日遼、金、元不居其國而入處漢地,易世之後,皆成漢俗,因欲劃山海關以西漢人制之,遼河以東我制之,滿、漢各自爲國,故軍未入關而返,原無爭主中原之心也。
這點，在他們子孫康熙的實錄中也有記載：“太祖、太宗初無取天下之心。”什麼原因讓皇太極之後發生了轉變，並影響了多爾袞等人呢?轉變開始於1629年的己巳之役。明崇禎二年歲末，對大明帝國來說，新君即位二年，正銳意中興，關內農民軍還未燎原，關外後金已兩年沒有發動戰事，似乎還算平靜。大變突然爆發，後金大汗皇太極率領十餘萬大軍，不走尋常路，繞過山海關，借道蒙古，兵分三路從龍井關、大安口和洪山口突入長城。史稱“己巳之變”。
這是後金第一次入塞，之前他們鬧得再兇，也只是侷限於遼東，這次敢於大舉入侵大明，原因何在?表面原因似乎很簡單——沒吃的了。這一年，關外發生嚴重饑荒，女真和蒙古都吃不上飯，《清史稿·太宗本紀》：“是歲，大飢，鬥米值銀八兩，銀賤物貴，盜賊繁興。”然而深層原因，卻遠不止如此。從後金角度看，己巳之役是他們從政治到軍事轉變的開始，影響深遠。
在努爾哈赤時期，建州雖然通過戰爭手段統一了女真各部，又把勢力擴展到遼東，但後金的本質還是部族統治，他們重視資源和財富，土地並不是最看重的。崇尚武力的滿洲勇士認爲，只要能打，哪裏都是領土，隨時能拿下。努爾哈赤建立八旗制度，後金社會從漁獵逐漸過渡到農耕，滿洲貴族們的理念轉變，卻沒有這麼容易。簡而言之，之前後金出兵，以劫掠爲目的，也就是一個“搶”字——“漢人聞我動兵，亦曰: ‘來搶我矣! ”。
搶可以搶一時，卻很難搶一世，最好的參考就是鄰居蒙古。被朱元璋逐出中原後，蒙古各部落退回了遊牧狀態，也就失去了再爭天下的資本。退回遊牧狀態，蒙古各部落也恢復了之前的生活方式——逐水草而居，對明朝作戰的目的，也就逐漸恢復到了最初的掠奪。從明初到明朝中晚期，蒙古與明朝始終在邊境不斷交戰，這些戰事裏，卻多半是以小規模的蒙古部落搶掠爲主。
就算舉世震驚的土木堡之變和俺答汗兵臨北京的庚戌之變，其最終目的也還是搶掠，也先俘虜了明英宗，也只是作爲交換更多資源的人質。蒙古各部落就算偶有強人出現，也並沒有重新進入中原爭霸的野心。更多的反而是彼此之間的互相爭鬥。帶來的結果，是部落的不斷衰落，只能成爲邊患而不是心腹大患，再也沒法對明朝統治構成實質性威脅。
這時強盛的後金，之前也類似蒙古，女真各部彼此競爭，互相仇殺也是常事，如果沒有努爾哈赤統一女真，他們也就是類似蒙古一樣的邊患，在明朝羈縻政策下，被不斷扶持又被不斷打壓。作爲大汗的皇太極，必須考慮後金的可持續發展問題，是繼續一條道搶到黑，還是改變思維模式，以求長遠統治。努爾哈赤很強，皇太極也很強，但能否超過他父親，還有待證實。就算皇太極也和努爾哈赤一樣強，那麼後金的第三代、第四代人是否也能和他們的祖輩一樣?
指望代代出強人顯然是不現實的，更聰明的是在理念上動腦筋，也就是對制度進行改革，使之更適合後金的發展，才能保證已征服部落不生異心，更好地團結在八旗框架裏，保證可持續發展。己巳之役，皇太極率領後金軍長途轉戰四個多月，收穫了大量人口財富，緩解了後金的饑荒。但相比經濟上，在政治和軍事上的收穫要重要得多，它決定了後金之後的發展路線。
皇太極是個高明的政治家和軍事家，在政治框架上，他首先要作出改變。遠征明朝腹地是後金歷史上從來未有之事，諸多滿洲貴族心中沒底，皇太極要安撫他們，打消他們的疑慮，保證自己的威信。十月二十日，軍隊已經出發半個多月，代善和莽古爾泰兩大貝勒向皇太極發難，要求班師。《清實錄》：大軍次喀喇沁之青城。大貝勒代善、莽古爾泰於途次私議，晚詣御幄，止諸貝勒大臣於外，不令入，密議班師。
皇太極的對策是利用其他貝勒請戰的呼聲，壓制住了兩大貝勒的班師要求——不與兩大貝勒直接發生衝突，這是很聰明的一招。嶽託、濟爾哈朗衆貝勒勸上決計進取。於是令八固山額真詣兩大貝勒所定議。兩大貝勒雲: ‘我等所謀如此，今聞爾等言亦是，仰聽上裁可耳。’是夜子刻議定，上遂統大軍前進。”
皇太極初期，還是四大和碩貝勒一起執政時期，他們與皇太極並坐左右，分享權力，對皇太極的集權需求形成制約。在他即汗位之初，八旗內部並非鐵板一塊，在四大貝勒執政制度下，其他貝勒心有不甘，時而和他意見相左。皇太極亟需一場軍事上的勝利，來平息反對派的質疑。
安撫了兩大貝勒，也就是對後金戰爭理念的一次升級。在之前，後金雖然在對明作戰中一再取勝，但那都是在自己熟悉的遼東作戰，如今要深入明境，就算是勇猛善戰的八旗將領也並沒有必勝把握，所以以代善和莽古爾泰爲代表，保守派提出不同意見。事實上，皇太極即位以來，已經在寧錦連吃敗仗，對後金士氣打擊頗大，連他自己也認爲“雖師老財遺,然以天下之全力畢注於一隅之間,蓋猶裕如也。”
皇太極力排衆議主導的這次入塞，可稱得上大獲全勝，既給了明朝以軍事打擊，又收穫豐盛。己巳之役的勝利，讓皇太極樹立了威信，之前反對的代善和莽古爾泰被壓服。二月十七日，皇太極收兵回師，永平、遵化、灤州、遷安四城仍然在後金手中，他從瀋陽調阿敏前去防守。兩個月後，在明軍反攻下，阿敏丟棄關內四城逃回關外，皇太極對他嚴厲斥責：我以爾等爲人，用爾爲全軍統率，謂戰必勝，謀必成，實信賴爾等。爾等不死於彼處而歸，厚顏至此，可恥也!
沒多久，皇太極就以此爲理由，囚禁阿敏，直到他死於獄中。除掉了阿敏，就只剩了兩大貝勒。不久，莽古爾泰也被藉故處罰，奪爵罰俸，抑鬱成疾，很快病死，剩下的代善只敢俯首帖耳，皇太極大權獨攬，四貝勒執政成爲歷史。如果沒有己巳之役，皇太極想順利收回權力，恐怕還要多花不少功夫，它對後金的政治體制影響深遠。
八旗軍的野戰實力無需懷疑，如果是野戰，很少有明軍能抵擋他們，趙率教、滿桂、孫祖壽這樣的明軍勇將也都在交鋒中陣亡。不過在一路進軍中，也暴露出老問題——攻城不力。一路上，後金軍也佔領了不少城池，不過大部分是靠的內應接應或是招降，比如在薊州、三河等地，都是如此。
《滿文老檔》：十三日，大軍至薊州，獲一生員，令持書往諭駐城道員、軍官及庶民降。又獲明兵之一人遂令持書往諭愛塔，桑阿爾寨來降。將行，諭之曰：“將書與彼，事若成，則授以職。”十四日，大軍至三河縣，獲一漢人，令持書招降。如果要強攻，後金軍的攻城能力就顯得比較孱弱。以昌黎城爲例，後金從正月初十到正月十四日，四次攻城，城內知縣左應選堅決不降，誓死抵抗，結果後金軍用盡辦法，始終無法破城。
這實際上是努爾哈赤時代到皇太極初期的遺留問題，清軍缺少攻城經驗和重型火器，面對堅城往往採取靠內應、勸降、引誘明軍出戰等辦法，努爾哈赤攻下開原、鐵嶺、廣寧，都是用的這些辦法，但在袁崇煥堅守的寧遠，老辦法失效後，絕對優勢的後金軍還是無法攻克寧遠。皇太極自己，也在寧遠和錦州沿用努爾哈赤的辦法，繼續強攻，結果是連吃兩次虧，損兵折將。
進入中原，後金軍攻城能力的短板暴露地更加明顯，昌黎這個縣城都無法攻破，北京這樣的巨城更加無法想象。一路走來，皇太極對這個問題看得更加明白，他開始在戰術上謀求解決之道。己巳之變中後金軍的攻城乏力，讓皇太極在之後的戰役裏開發了新的戰術——圍點打援。
兩年後，皇太極發動大淩河之戰。他一改之前強攻的辦法，連挖四道壕溝，嚴密圍困。明軍無法突圍，援兵又被早有準備的八旗軍連續殲滅——這就是“圍點打援”。“攻城恐士卒被傷，不若掘壕築牆以困之。彼兵若出，我則與戰，外援若至，我則迎擊，於計爲便。”四個月後，城中糧盡，人互食，祖大壽終於不得已出降。圍點打援的戰法，從此在後金軍中成爲一種模式。
在鬆錦之戰裏，清軍也是採用圍點打援的戰術，包圍錦州，隨時準備迎擊增援的明軍。入關後，清軍圍點打援的戰術也一再被運用。1649年，金聲桓反清歸明，清朝派譚泰領兵征討，譚泰將金聲桓圍困在南昌，在城外挖掘一道寬達7米，深也達7米的壕溝，金聲桓無法突圍，長期圍困數月後，城內守軍糧盡，終於被攻破。此後，李成棟反清，被清軍突襲圍在信豐城，清軍挖掘壕溝，佈置工事，李成棟半夜突圍，落水而死，一度好轉的南明永曆朝局面也再次黯淡。
之前後金軍缺乏攻城力量，也讓皇太極對重型火器的需求相當迫切，到了孔有德、耿仲明、尚可喜在天聰七年投降而來，帶來了皇太極急需的紅衣大炮後，皇太極相當重視，將三人封王重用，發展起了清軍的重炮部隊——烏真超哈。
有了火器和戰術的支持，入關後的清軍面對堅城再也不是束手無策。武器上，清軍從冷兵器爲主的軍隊過渡到冷熱兵器混用，戰術上，既能攻堅，也能打援，支撐起一次次戰役的勝利。在戰略上，深入中原使皇太極和八旗貴族掌握到了明朝邊鎮防務的虛實，對於關內的情況，有了身臨其境的瞭解。之後清軍又多次入塞，對關內情況一次比一次熟悉，對之後的統一戰爭大有裨益。
己巳之役讓皇太極對內樹立了威信，將權力集中到自己手裏。集權之下，皇太極有能力轉變努爾哈赤時期傳下來的“大業已成”的政策。軍事上，皇太極對明清雙方實力有了更清醒的認識，並着手加以解決。以上轉變的開始，正是來自己巳之役。所以，多爾袞以皇太極遺命“若得北京，當即徒都，以圖進取”，平息是否遷都的爭論。遷都北京，正是清朝得以立國的根本。
己巳之役的戰爭影響
第一，廟社震驚，根本動搖。皇太極率軍進攻北京，標誌着崇禎帝中興之夢的破滅。明朝京畿地區的防禦體系遭到重創或破壞，失去總兵趙率教、滿桂、孫祖壽、麻登雲、黑雲龍、朱國彥六員，兵部尚書王洽、工部尚書張鳳翔、薊遼督師袁崇煥、遵化巡撫王元雅、總理薊遼保軍務劉策等或死或下獄。明朝受到巨大震動，元氣大傷。
第二，閹黨餘孽，掌控閣部。後金軍撤退之後，明廷沒有認真地總結經驗教訓，而是藉機傾軋，進行黨爭。崇禎帝沒有從全局分析北京己巳之役的歷史經驗和教訓，而是以殺袁崇煥出氣、泄憤。閹黨餘孽藉機翻逆案，打擊東林黨。東林黨內閣大學士韓爌、錢龍錫、成基命、李標等去職，而代之以周延儒、溫體仁等佞臣入主內閣。六部九卿也相應變更。這標誌着崇禎新政的結束。
第三，京師城防，守備虛懈。在此戰之前，北京人過了180年的和平生活，戰爭突然降臨，沒有任何實際準備。守城官兵既不知道火器的名稱，也不知道火器的使用。北京城險些喪於皇太極之手。這次戰役在明清易代史上具有極爲重大的意義：從宏觀上來說，它標誌着雙方戰略形勢的又一次重大轉變。明朝的堡壘推進、經濟封鎖和外交聯盟政策都在此役後逐漸瓦解，永久性地失去了戰略主動。
第四，財富被掠，生民塗炭。京畿、京東地區遭到後金軍的大肆擄掠。佔領永平的後金貝勒阿敏撤退時，進行屠城。總之，後金軍隊殃及的地區，生民塗炭，百業凋零。這些都加劇了明朝的社會矛盾，加速明朝滅亡。
