發動起義
1893年4月，東學道教主崔時亨在忠清道報恩郡舉行大規模集會，與會者達到2萬人，全琫準作爲古阜郡接主，也參加了這次集會。這次集會旗幟鮮明地提出了“掃破倭洋”的口號，引來了朝鮮政府的武力驅散。全琫準並沒有被朝鮮政府的鎮壓所嚇倒，反而更加堅定了他武裝反抗的決心。報恩大會後，東學道正式分化爲“南接”和“北接”兩派，北接以崔時亨、孫秉熙爲首，主張和平鬥爭，而全琫準則是屬於南接，要求武力推翻現政權，驅逐外國侵略者，實現宗教自由和平等社會的夙願。報恩大會是甲午農民戰爭的前奏。
全琫準在報恩大會後回到古阜，當時古阜郡一帶適逢歉收，郡守趙秉甲依然巧取豪奪，強徵萬石洑水稅，規定每下一斗種子，好田要交稅二斗糧食，次田交一斗。農民多次要求減免，他非但不允，反而拘捕遞送呈文的農民代表，並把這筆共計700石的重稅納入私囊。農民們被趙秉甲徹底激怒，他們推全琫準之父全彰赫爲首，率40名農民到官衙爲民陳情，質問趙秉甲爲何非法徵收水稅。誰知趙秉甲竟誣稱全彰赫等人爲“亂民”，並將全彰赫等爲首幾人施以杖刑，結果全彰赫被亂杖打死。全琫準在悲傷之餘，決心繼承父親的遺志，救民於水火之中。他在1893年12月聯絡當地宋大和等東學道徒密議起兵，計劃攻打古阜直至佔領京城，他們的計劃被稱爲“沙鉢通文”。
1894年2月15日(農曆甲午年正月初十)，全琫準率領東學道徒與非道徒農民數千人，趁夜攻破古阜郡城三門，襲擊郡衙，奪取武器，佔領該城。郡守趙秉甲倉皇而逃。起義農民在全琫準指揮下，燒燬地契、賣身契，懲辦或趕跑殘暴的官吏、地主和土豪，砸開牢門釋放無辜的百姓，打開倉庫把強徵去的稅米重新發還農民。全琫準領導農民起義達到初步目的後，便解散了。他將主力轉移到離古阜不遠的馬項市場待機，一面觀察政府動向，一面呼籲鄰近地方的東學道接主發動民衆，舉旗響應。“古阜民亂”標誌着甲午農民戰爭(東學黨起義)拉開序幕。
朝鮮政府得悉“古阜民亂”的消息後後，馬上派長興府使李容泰爲按核使，前往古阜收拾亂局。李容泰來到古阜，出動800名衙役按名簿對東學道徒和參加古阜起義的農民大肆捕殺，沒收財產，甚至株連家屬，“一郡居民，痛入骨髓”。因此，全琫準於1894年4月底在茂長髮動起義，史稱“茂長起包”，他率領農民羣衆再度攻佔古阜，趕跑李容泰。接着，全琫準攻克泰仁縣，活捉了縣監李冕周，後又佔領軍事要地和政府糧庫所在地——白山，以其地爲大本營，稱“湖南倡義所”(朝鮮王朝時期，全羅道別稱“湖南”，忠清道別稱“湖西”)。全琫準在白山召開大會，將8000多名起義農民收編成軍隊，並在4月30日(陰曆三月二十五日)公佈了起義的綱領，即“四大名義”：一、弗殺人，弗傷物;二、忠孝雙全，濟世安民;三、逐滅倭夷，澄清聖道;四、驅兵入京，盡滅權貴。5月4日(陰曆三月二十九日)發佈了有名的白山檄文，闡明鬥爭宗旨：
“吾輩舉義至此，決非他故。所望拯百姓於塗炭，奠國家於磐石。當內斬貪虐之官吏，外逐橫暴之強敵。舉凡苦於兩班、富豪之民衆，與夫受辱於方伯、守令之小吏，皆與吾輩同其怨恨，勿少躊躇，勿失良機，其速奮起。若失良機，追悔莫及。”
全琫準在“白山倡義”後幾天，起義隊伍就發展到13000多人。他們在孫華仲、金開南、金德明等人帶領下，從四面八方雲集而來。其中，不僅有東學道徒和普通農民，還有奴婢和城市貧民，甚至還有一部分失勢沒落的兩班、儒生、鄉班(即農村中的兩班)和吏胥，因此這次起義已經遠遠突破了東學道的範圍。東學軍一致推舉全琫準爲總大將，孫華仲、金開南爲總領管，金德明、吳知泳爲總軍師，崔景善爲領率將。東學軍頭纏白巾，手持竹槍，士氣昂揚，他們高高舉起寫着“輔國安民”、“除暴安良”等漢字的大旗，乘勝前進，連取扶安和金溝兩邑。
勝利進軍
全琫準“茂長起包”和“白山倡義”的消息，震動了三南地區。全羅道觀察使金文鉉率250名官兵和臨時招募褓負商千餘人來打全琫準。全琫准以伏擊戰術，於1894年5月11日(陰曆四月初七日)晨，在離古阜20裏的黃土峴全殲官兵。當夜又攻克井邑，直逼全羅道首府全州。朝鮮政府匆忙派全羅兵使兼壯衛營正領官洪啓薰爲兩湖招討使，率800京軍鎮壓東學軍。洪啓薰率京軍乘清朝軍艦南下，搶先進駐全州。壯衛營是京軍的精銳部隊，由美國教官訓練，使用洋槍洋炮。全琫準考慮到東學軍火力不足，尚需奪取地方官衙武器來裝備自己，所以決定暫不攻全州，而先打全羅道各郡縣，連破興德、高敞、茂長，東學軍愈戰愈勇。
全琫準在茂長偕同孫和中、金開南等人再次聯名向全國發表檄文，進一步闡明瞭他們“以輔國安民，爲死生之誓”的志願。在他們號召之下，各地紛紛爆發了農民起義。洪啓薰懾於東學軍的聲威，不敢出兵。後得知政府又派出援兵才從全州南下，企圖一舉消滅東學軍。全琫準立即揮師北上迎戰，在長城郡黃龍村伏擊京軍，擊斃領兵官李學承，重創京軍主力。
當時東學軍軍紀異常嚴明，是其勝利進軍的保證。全琫準曾爲東學軍制定了“降者受待”、“困者救濟”、“貪者逐之”、“順者敬服”、“走者勿追”、“飢者饋之”、“奸猾息之”、“貧者賑恤”、“不忠除之”、“逆者曉諭”、“病者給藥”、“不孝刑之”等12條紀律，因此深受人民擁護。一位日本記者在同年5月26日《東京日日新聞》上報道說：“東學黨有不耽酒色，不吸菸等規定。人人遵守。……嚴禁踐踏農田，妨害農作。……所到之處，都以現金交易。商業照常進行，無危害之患。在人民中聲譽很好。”
在勝利的形勢下，全琫準不失時機地率東學軍主力繼續向全州進發。全州判官閔泳升逃走，守城軍放了幾炮也四散逃竄。東學軍於1894年6月1日(陰曆四月二十八日)就打下全州城。全州既是朝鮮南部一個重要戰略要地，又是朝鮮王朝五百年基業的發祥地，朝鮮太祖李成桂的祖廟——慶基殿就在全州城內。攻克全州的消息給各地人民莫大鼓舞。除全羅道外，忠清、慶尚、京畿、江原和黃海各道，也接連爆發了不同規模的農民起義。“古阜民亂”的星星之火終於發展成爲全國性的農民戰爭。
全州議和
全州失守，各地農民紛紛起義，全國交通斷絕，漢城糧源切斷，使朝鮮封建統治者大爲震動。他們請求宗主國清朝政府“遣兵代剿”。爲了贏得時間，一方面增派京軍阻止東學軍北上;一方面向東學軍提出媾和。他們勸誘說，若兩軍繼續交戰，不僅王朝聖地全州將變成一片廢墟，而且外國軍隊還會趁機出兵干涉。他們假惺惺地提出雙方同時撤出全州，許願設法使外國軍隊撤走，表面接受東學軍關於實行各項政治改革的要求。
全琫準打下全州後，準備同忠清道東學軍會合，直取首都漢城。可是，以東學道第二代教主崔時亨爲首的“北接”一派
上層領導，卻極力反對農民起義擴大發展。甚至向各地發出通告：“借道釀亂，不義也。湖南全琫準與湖西徐璋玉，皆爲國家之罪人、師門之逆賊。吾輩當聚力而攻之。”當時，東學軍在全州攻防戰中傷亡較大，加上農忙季節來臨，多數東學軍戰士歸鄉心切。另外，他們還畏懼清、日兩國軍隊藉口出兵。在這種情況下，全琫準不得不暫時放棄北上，6月10日(陰曆五月七日)，同朝鮮政府締結了“全州和議”。東學軍於次日即佔領全州第12天撤出全州。
在全州和議中，東學軍提出12條改革弊政的方案。從內容上看，它反映了農民反封建反侵略的要求。在朝鮮歷史上，第一次提出“平分土地”和民衆參與國家管理。隨着革命形勢發展，全琫準領導東學軍開始在各郡縣建立農民自治機關——“執綱所”。這是農民革命政權的萌芽形態。它由東學軍選出執綱一人和議事員若干名組成，專事處理民間庶政，由各郡縣官吏協助工作。全琫準爲推進改革，除整頓和加強各地的執綱所外，還用武力在羅州、南原和雲峯三邑也建立起執綱所。全羅道53個郡縣的實權一時都掌握在東學軍手裏。但是，地方官吏暗地裏阻撓改革方案付諸實施。執綱所裏不少投機分子熱衷搞個人私利，致使執綱所始終未能起到農民革命政權的作用。
清軍應朝鮮政府要求，於同年6月8日至10日在忠清道牙山登陸，在南下全州時，由於“全州和議”已達成，因此止兵。可是，日本卻藉口《中日天津條約》(中日有對朝鮮共同派兵權)、《濟物浦條約》(日本有權出兵保護在朝僑民)大舉出兵朝鮮，使中日兩國關係頓時惡化。日本在1894年7月23日襲擊了朝鮮漢城的景福宮，挾持國王李熙，扶植以興宣大院君爲首的親日政權，控制了朝鮮政府。緊接着，蓄謀已久的日本終於在7月25日發動了侵略中國的甲午戰爭。
