第三代將軍家光(iemitu)18歲時，柳生宗矩正式成爲家光的兵法師範。當時家光還有另一位「一刀流」劍術師範，只是這位師範，與家光練習劍術時，一點都不客氣，下手嚴厲得很。宗矩則恰恰相反，他總是拿自己的長男三嚴(mituyosi，小名「十兵衛」，也是一位非常著名的劍客)做比樣，示範給家光看，很少與家光直接交手。因爲他認爲家光生來就是當將軍的命，沒有必要在劍術上深造求精，所以傳授劍術時，重心便放在「身爲武士的心得」之上。
除了教授家光劍術以外，宗矩也時常陪同家光放鷹撲鳥，更是家光欣賞能劇、茶會時的談話對象。換句話說，他的職務，不僅是兵法師傅，也相當於家光的養父。因此家光於20歲登上將軍寶座時，立即任命柳生宗矩爲「大目付」之一，主要職責是監視諸國大名與幕府大臣們的一舉一動。此時，柳生宗矩62歲，是四位「大目付」之中，最年長的。
第三代將軍家光設定了許多新政綱，例如命令諸國大名每隔一年必須到江戶赴任的「參勤交代」，不準三位主要執政者「老中」們獨斷批准政務，設置監視官「大目付」等。並同時派出衆多忍者收集全江戶的情報，而領導掌管這些忍者的，正是柳生宗矩。所以即便是將軍底下的執政者「老中」們，也非常懼怕「大目付」。
柳生宗矩爲了監視各藩國的舉動，派出許多門徒任職大名的兵法師範。因爲家光非常信任柳生宗矩，所以大名們也只得唯命是從。於此可見宗矩當時的權利有多大。且直到幕末，柳生一族14代，始終維持着將軍家兵法師範的地位。
柳生「新陰流」劍術，主要是奪取敵方武器，儘量讓雙方保全性命，平安無事，因此又稱「活人劍」。這是石舟齋自身鑽研所得。這種劍術，運用在兵法上，便是心理戰，也是《孫子兵法》中所說的「知己知彼，百戰不殆」。當時所謂的兵法家，指的是類似宮本武藏那種劍豪，或者是武田流派軍事學中的軍師，但是精通「該如何不戰而屈人之兵」這一真髓的兵法家，似乎只有柳生宗矩一人。他留下一部兵法祕本，日本「巖波文庫」有白話文版。
