1187年，朱熹出任江南西路提點刑獄公事，幾年後受當時南宋宰相趙汝愚推薦，當上煥章閣侍制兼侍講，即皇帝的顧問和老師。即位不久的南宋寧宗全面肯定了理學，稱朱爲“儒宗”，充分反映了偏安江南的南宋朝廷企圖以理學加強內部團結的願望。
宋寧宗時的權臣韓侂冑由於結黨營私，驕奢淫逸，爲“滅人慾”的理學家所鄙視。隨着慶元元年支持理學的趙汝愚被罷相，韓侂冑等趁機發動了一場抨擊“理學”的運動，斥理學爲“僞學”。寧宗也一改舊態，將朱熹逐出朝廷，下詔命凡薦舉爲官，一律不取“僞學”之士。大小官員在寫述職報告時，還要多加上一句“不是僞學黨中人”，歷史上稱爲“慶元黨禁”。
監察御史沈繼祖彈劾朱熹，羅列朱熹十大罪狀中包括“誘引尼姑二人以爲寵妾，每之官則與之偕行”，“家婦不夫而孕”。指控朱熹貪色好淫，曾經引誘兩個尼姑作寵妾，出去做官時還帶在身邊招搖過市。他家中的兒媳則在丈夫死後還懷上身孕，有了“公公扒灰”的可疑。這對提倡“存天理，滅人慾”和“三綱五常”的朱熹來說，簡直是置於人格死地的重磅炸彈。
慶元六年三月初九，71歲的朱熹終於在建陽家中憂憤而死。臨死還在修改《大學誠意章》，可見他是如何矢志於樹立自己的理學，然而生前終未如願。
使朱熹得以翻身如願，並名揚天下的則是南宋權臣史彌遠。史彌遠，字同叔，明州鄞縣(今寧波鄞州)人，淳熙十四年進士。開禧三年﹐韓侂冑北伐失敗﹐金朝來索主謀，時任禮部侍郎的史彌遠串通楊皇后殺死韓侂冑，送其首級與金人請和，史彌遠因此取代韓侂冑升任右丞相兼樞密使，分別在寧宗朝獨相17年、理宗朝獨相9年，共執掌南宋朝政長達26年之久。
爲了更好地鞏固自己的地位，運用理學爲宋王朝服務，史彌遠取代韓侂冑擔任丞相後，不但恢復了支持理學的趙汝愚、呂祖謙等人的官職，還召林大中、樓鑰等15位故老入朝。同時，恢復了理學的地位，下令雕版印行朱熹的著作。由於史彌遠的撥亂反正，使本已奄奄一息的朱熹理學，成了元明清三朝的官方哲學。元朝皇慶二年復科舉，詔定以朱熹《四書集註》試士子，朱學定爲科場程式。朱元璋洪武二年正式確定科舉以朱熹的“傳注爲宗”，作爲科舉考試評卷的標準答案。
史彌遠一直得到宋寧宗、理宗的信任，封官加爵不已，紹定六年病死，追封衛王，諡忠獻，歸葬故鄉東錢湖。今日寧波東錢湖仍存史彌遠墓葬遺址。
