剷除奸佞
他的治國思路是很開放的，他不拘泥守舊，敢於否定前任的政策，即他的父親明憲宗的既定政策，大膽撥亂反正。由於明成化時期，憲宗皇帝寵信佛道，致使許多佞幸小人混入朝中，朱佑樘詔令朝中不可崇佛信道,將前朝的法王、國師、真人、國子等封號一律革除,處死曾經妖僧繼曉，使文武百官相慶。
在人事安排上，朱佑樘完全來了一次大換血，他對前朝的紙糊三閣老、泥塑六尚書及奸佞小人如侍郎李孜省、太監樑芳、萬貴妃的弟弟萬喜等人，毫不手軟地做了處理，將內閣首輔萬安罷官，將樑芳下獄，將李孜省流放，同時，罷免右通政任傑侍郎蒯鋼等千餘人。但他並沒有大開殺戒，史家對他的此舉多有稱頌文。
重用賢良
朱佑樘勤謹一生，處處以人爲本。他將四品以上官員名單貼在宮內文華殿壁牆上，平時熟記，做到心中有數，意在掌握官員動態，不受矇蔽。他每天上朝聽政，除早朝外，還恢復早已廢棄的晚朝制度，他常披閱奏章到很晚，從來不允許太監代批奏章。有一天，仁壽宮起火，人慌馬亂的救火，忙了一夜，朱佑樘沒合一會眼，因此他沒去上朝，就特地派人到朝堂向衆大臣說明原因，向衆臣請假。
在用人準則上，朱佑樘遵從唯賢唯德，大量重用賢才之士，這樣，形成“弘治朝中多君子”的太平盛世局面。他制定了嚴格的官吏考覈制度，提拔選調官員主要以政績爲主。
待臣寬厚
待臣下很寬厚，能推心置腹，從未鞭打過大臣，因此，君臣之間親密無間，形同一家人。對臣下寬厚平和，京官夜返家中時，必派鋪軍執燈傳送，這些事雖不算大，但作爲一個封建皇帝能如此曲體臣下，確屬相當不易了。
這樣，一大批以廉潔、勤奮、有事業心、以國爲家的賢臣得以有機會施展才幹，出現了歷史上少有的良臣大集合。朱佑樘還廣開言路，虛心納諫。每天的早晚朝之外，還每天兩次在平臺召見有關大臣議事，稱爲“平臺召見”的朝參新方式。
嚴管宦官
鑑於前朝宦官專權亂政的教訓，孝宗對宦官嚴加管束，東廠、錦衣衛再不敢任意行事，只能奉守本職，因而幾任錦衣指揮大致都能持法公允，用刑寬鬆。這是明中後期其他朝代所罕見的現象。
廢除苛法
朱佑樘更正律制，對刑罰運用十分慎重。1500年，制定《問刑條例》，1502年，編成《大明會典》，刪除了原《大明律》中多項殘暴的法令。他命內外慎刑獄，任用的執法官吏比較賢明公正。
