維護統一
朱佑樘重視軍事，極力維護國家統一。他在位時期，明軍先後三次收復哈密，其中第三次也是規模最大的一次武力收復。羽奴思統治國吐魯番地區後，開始與明朝爭奪對哈密地區的控制權。1488年，朱佑樘令罕慎襲封哈密忠順王，“給金印，冠服”，對新疆的實際控制。同年，羽奴思之子阿黑麻躬至哈密城下，誘罕慎盟，執殺之，復據其城，而遣使到明朝入貢。明朝識破其詭計，只得獻還哈密金印。1493年，阿黑麻再次攻佔哈密，令其尊長牙蘭守護哈密，並不時搶掠沙州等地威脅各衛歸順，爲患不已。1497年，明馬文升前往平撫，匯同河西諸衛及諸部落族數千人，襲哈密城，牙蘭等人逃跑，哈密收復。當時朝廷中有人主張放棄哈密，但朱佑樘主張堅決出兵收復哈密，並立即委派馬文升爲元帥，大敗吐魯番軍，收復了哈密。
愛護武將
他愛護武將，如馬文升在兵部尚書任上，一次就罷免了三十多名不合格的軍將，得罪了許多人，朱佑樘堅定地支持馬文升整軍，甚至還特地派一些大內侍衛保護馬文升。他下令命任何人不得役使團營軍士。對韃靼小王子、火篩的反覆多次入侵，均進行有效打擊，使其敗走。最着名的戰役有：1488年都指揮廖冰擊敗小王子於蘭州。
497年甘肅總兵官劉寧敗小王子於涼州、1500年甘肅參將楊翥敗小王子於黑山、1503年朱暉襲小王子於河套。
和平政策
朱佑樘奉行和平政策，採取積極防禦抗戰的戰略。特別是韃靼小王子，時戰時和，不時侵擾明境。朱佑樘統治期間，對韃靼小王子、火篩等的多次入侵只是採取抗戰驅趕之策，沒有勞師遠征，沒有深入沙漠主動出攻擊小王子、火篩老巢，更沒有主動對鄰國發動大規模征戰。
對此，史家褒貶不一。但其他鄰邦或屬國如安南、暹羅、烏斯藏、琉球、占城、撒馬兒罕、火剌札、爪哇、日本等，則不定期來明朝入貢。
