沈萬三的錢是怎麼來的?學者們有大地主說、大資本家說、航海通商說、金融貿易說、官商勾結說、繼承意外遺產說等多種。普通百姓很難相信正常營生能賺來這麼多錢，因而多持意外得寶說。
《雲焦館紀談》記錄了兩種說法。一說沈萬三蘇州人，打魚爲生，有一天在船邊洗碗，不小心把碗掉入水中，撈了半天，只撈到一批圓溜溜的石丸子，有識貨人告訴他：“此烏鴉石也，一枚可得錢數萬。”沈萬三因此暴富。另說沈萬三夏夜納涼，仰臥漁船，忽然看見天上北斗翻身，沈萬三趕緊把其中一杓給兜住了，第二天，一位老者帶着七個面相奇異的人，挑着七個貨擔來到沈家，叫沈萬三幫助他們看管貨擔。沈萬三揭開貨擔一看，全是上好馬蹄金。
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另有掘藏得寶說。元末有個陸通判，在蘇州買了一套空宅，因爲宅子鬧鬼，所以售價很低。剛住進去的那天夜裏，忽然出現兩個女子，在他面前說說笑笑，陸通判大聲喝問，女子回答“妾乃大青小青也。”說罷就走，陸通判飛劍急刺，好像擊中了一個人的手臂。第二天察看，庭前兩棵冬青樹上好像有劍傷，於是陸通判讓人把冬青砍了，發現下面有塊大石板，石板下有幾個大缸，滿是金銀。陸通判只有一個女兒，後來嫁給一個姓沈的，生了個兒子，就是沈萬三。
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流傳最廣的是聚寶盆說。傳說沈萬三本來是個窮打魚的，某年中秋，和老婆一起坐在船頭飲酒賞月。天上月華遊戲人間，想從沈妻杯中偷口酒喝，沒想反被糊塗的沈妻連酒帶月華喝進肚子裏了。十個月後，沈妻生下一個血球，剖開，是一白玉走獸。識貨的人告訴他們，這是月華之物，可釣水中寶物。沈萬三大喜，結果只釣到一隻烏泥盆。沈妻準備拿來盛米，剛抓一把白米下去，馬上自動生成整鉢白米，夫妻倆這才知道釣到了聚寶盆。沈萬三因此富甲天下。
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明代《挑燈集異》又說，沈萬三貧時，曾夢青衣百餘人求救，第二天一早，見一漁翁拎着一百多隻青蛙，馬上就要剖食，沈萬三想起晚上的夢，就把它們全買了下來，放入池中。這天夜裏，百餘青蛙喧鳴達旦，吵得沈萬三沒法入睡，清早起來正準備趕走它們，看見青蛙們全圍坐在一隻泥瓦盆邊，覺得奇怪，就把瓦盆拿回家，用作洗手盆。有一天，沈妻洗手時掉下一個銀記，結果泥瓦盆迅速克隆了滿滿一盆銀記。沈家由此財雄天下。
許多明清筆記小說都說沈萬三有點金術或鍊金術，如《柳亭詩話》就說沈萬三的鍊金術得自張三丰，其中有一句叫“百八火神耕夜月”，而所謂聚寶盆，其實就是用來鍊金的鼎器。
