沈萬三的錢是怎麼來的?學者們有大地主說、大資本家說、航海通商說、金融貿易說、官商勾結說、繼承意外遺產說等多種。普通百姓很難相信正常營生能賺來這麼多錢，因而多持意外得寶說。
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《雲焦館紀談》記錄了兩種說法。一說沈萬三蘇州人，打魚爲生，有一天在船邊洗碗，不小心把碗掉入水中，撈了半天，只撈到一批圓溜溜的石丸子，有識貨人告訴他：“此烏鴉石也，一枚可得錢數萬。”沈萬三因此暴富。另說沈萬三夏夜納涼，仰臥漁船，忽然看見天上北斗翻身，沈萬三趕緊把其中一杓給兜住了，第二天，一位老者帶着七個面相奇異的人，挑着七個貨擔來到沈家，叫沈萬三幫助他們看管貨擔。沈萬三揭開貨擔一看，全是上好馬蹄金。
另有掘藏得寶說。元末有個陸通判，在蘇州買了一套空宅，因爲宅子鬧鬼，所以售價很低。剛住進去的那天夜裏，忽然出現兩個女子，在他面前說說笑笑，陸通判大聲喝問，女子回答“妾乃大青小青也。”說罷就走，陸通判飛劍急刺，好像擊中了一個人的手臂。第二天察看，庭前兩棵冬青樹上好像有劍傷，於是陸通判讓人把冬青砍了，發現下面有塊大石板，石板下有幾個大缸，滿是金銀。陸通判只有一個女兒，後來嫁給一個姓沈的，生了個兒子，就是沈萬三。
流傳最廣的是聚寶盆說。傳說沈萬三本來是個窮打魚的，某年中秋，和老婆一起坐在船頭飲酒賞月。天上月華遊戲人間，想從沈妻杯中偷口酒喝，沒想反被糊塗的沈妻連酒帶月華喝進肚子裏了。十個月後，沈妻生下一個血球，剖開，是一白玉走獸。識貨的人告訴他們，這是月華之物，可釣水中寶物。沈萬三大喜，結果只釣到一隻烏泥盆。沈妻準備拿來盛米，剛抓一把白米下去，馬上自動生成整鉢白米，夫妻倆這才知道釣到了聚寶盆。沈萬三因此富甲天下。
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明代《挑燈集異》又說，沈萬三貧時，曾夢青衣百餘人求救，第二天一早，見一漁翁拎着一百多隻青蛙，馬上就要剖食，沈萬三想起晚上的夢，就把它們全買了下來，放入池中。這天夜裏，百餘青蛙喧鳴達旦，吵得沈萬三沒法入睡，清早起來正準備趕走它們，看見青蛙們全圍坐在一隻泥瓦盆邊，覺得奇怪，就把瓦盆拿回家，用作洗手盆。有一天，沈妻洗手時掉下一個銀記，結果泥瓦盆迅速克隆了滿滿一盆銀記。沈家由此財雄天下。
許多明清筆記小說都說沈萬三有點金術或鍊金術，如《柳亭詩話》就說沈萬三的鍊金術得自張三丰，其中有一句叫“百八火神耕夜月”，而所謂聚寶盆，其實就是用來鍊金的鼎器。
■聚寶盆招災惹禍
那麼，沈萬三的聚寶盆最後落到哪裏去了呢?傳說朱元璋爲了耗盡沈萬三的錢財，藉口沈萬三資築的城牆太高，不合規制，命令他拆掉重築，結果一拆拆出一口泉眼，此泉通海，怎麼堵也堵不住，城牆隨築隨塌，朱元璋聽說聚寶盆可塞泉眼，便將沈家聚寶盆借走了，答應三天後五更前歸還，一轉身，朱元璋就命令更夫從此永遠不報五更。
另一種說法是，因爲大家都知道沈萬三有個聚寶盆，沈萬三害怕因聚寶盆而致禍，城牆築好之後，就到處放風，說他的聚寶盆已經埋入金陵南城門，還說這樣可以用來鎮王氣、保江山，並且把金陵南城門呼爲聚寶門。以爲這麼一來，就能把別人的嘴給堵上。
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《餘冬序錄摘抄》則說，沈家聚寶盆一到別人手上就會失去靈驗，朱元璋不信，把聚寶盆借入宮裏，果然不靈，只好把它還給了沈家。不過，後來沈家被抄，聚寶盆最終還是落入朱元璋手裏。
傳說沈萬三和朱元璋同年同月同日同時生。雞叫頭遍時朱元璋出生，成了天下最貴的人;雞叫二遍時沈萬三出生，成了天下最富的人;雞叫三遍時乞丐道人出生，成了天下最窮的人。據清代《白下瑣言》，過去南京定淮門外有座小廟，中塑明太祖，左塑沈萬三，右塑乞丐道人，俗稱三人同時不同命。
城牆完工後，據說朱元璋爲了表彰沈萬三的貢獻，曾賜給沈萬三御製銅錢一枚。沈萬三一出門就碰上乞丐道人，恰好身上沒帶銀兩，只好將此錢施捨出去。此事被朱元璋察知，怒其輕己，下令抄沒其家，將沈萬三充軍雲南。另說沈萬三本想做點公益事業，在蘇州街鋪了一層茅山石，結果朱元璋以茅、謀同音爲由，誣其謀反，“遂收殺之，血流出盡白。以兵圍其家，盡抄謫之，家財入官”。
