初創勢力
12世紀末，京都東山大谷僧人、創立淨土宗的源空(法然上人)的弟子親鸞出於對農民貧苦生活的瞭解，根據淨土宗專修唸佛的宗旨創立了淨土真宗(大名鼎鼎的一向宗)，主張一個人能否往生極樂世界在於佛陀本意。善人能往生，惡人則更能往生。只要依靠佛陀力量就能得救。這種廢除了傳統宗教修寺、造佛、唸經繁冗儀式的思想很快在廣大農民中得到傳播，勢頭之猛令幕府所推崇的傳統禪宗立刻萎縮。所謂本願寺氏就是淨土真宗本寺東山大谷本願寺法主(類似中國寺廟的方丈)的姓氏，比較特別的是法主可以娶妻生子。如此算來親鸞是本願寺首代法主。以後的歷代法主都是世襲制。
繼承家業
當到了七世法主存如引退時，本願寺家在繼承權的問題上產生了分歧。庶子出身的本願寺蓮如因能力出衆而爲存如所喜愛，遂舍正室所生長子本願寺應玄而任命蓮如爲八世法主。這不可避免地遭到其正室的反對，並引來了紛爭。藉此時機，其他的一些長期爲淨土真宗壓抑的宗教勢力開始試圖翻身。寬正六年(1465)，趁天下動盪之際，延歷寺的勢力攻入了東山大谷本願寺，放火燒寺後大肆行兇。在這種極度混亂的情況下，蓮如以淨土真宗中興之祖的身份登場。他調停在繼承權上的的分歧，將本願寺本寺移到了近江堅田，以“歸命盡十方無礙光如來”十字名號來約束門徒，把它們的思想從私鬥轉移到專修唸佛上。很快使淨土真宗重新興盛起來。然後蓮如又與其它各宗派消除了誤會，爲以後的佈教減小了障礙。
蓮如時期
親鸞上人在法然的理論基礎上進行了發展，主張徹底的“他力本願”，以及“惡人正機”，其後，他更以此成爲淨土真宗之創立者。淨土真宗傳到今天，已發展成衆多流派，而溯其本源，初時的淨土真宗本寺，便是本願寺。日本是一個氏族門閥制度，世襲體制存在與社會各個階層與領域，包括知識領域。淨土真宗之法統，便是世襲繼承，頗富日本特色，真可謂佛教文明史上之奇觀。
親鸞死後，龜山天皇的文永九年時(十三世紀下半葉，相當於中國之南宋)，其四女覺信、孫子如信以及部分弟子，在龜山天皇的文永九年(十三世紀下半葉，相當於中國之南宋年間)，於東山大谷親鸞的墳旁建立佛閣，其內供奉親鸞之影像，稱大谷寺。後朝廷特賜號“久遠實成阿彌陀佛本願寺”，簡稱本願寺，成爲主張他力本願自淨土真宗的本山。自此，本願寺便成爲淨土真宗門徒之信仰中心，
以本願寺爲基礎的淨土真宗，似乎更接近西方之羅馬天主教：本願寺作爲宗教機構，具有神聖性質;本願寺法主實際被尊爲活佛。從本願寺自上而下對門徒發佈的命令，亦具有宗教神聖的性質。對本願寺及其法主的信仰，也和對阿彌陀佛的信仰同等重要。這種集佛、佛法和人間法主三位一體的信仰體制，被世人稱爲“一向宗”。
親鸞之女覺信，便被奉爲二世法主;其孫如信，則成爲三世，至此，淨土真宗·本願寺之法統，依靠此種以血緣爲基礎的世襲體制，代代相傳。
其後，本願寺得到逐步地發展，其中又以室町時代之八世法主蓮如，貢獻最大，在本願寺歷史上，遂成爲第二號重要之人物，及至今天，仍然被信徒供奉在親鸞上人側。在蓮如的時代，本願寺受到舊佛教勢力，天台宗·延歷寺的僧兵攻擊，大谷本願寺慘遭搗毀。在此種形勢下，蓮如率衆向北，到達北陸的越前，在地方守護朝倉之支持下進行佈教，在該地區發展了大量的廟宇和信徒，使越前·加賀一代成爲本願寺之勢力基礎。
淨土真宗·本願寺(下稱一向宗)佈道應該是當時所有佛教宗派中最富系統性和組織性的，既然要以下層老百姓爲主要佈道對象，便要到基層展開工作。佈道一般以農村的村爲單位，設立“講”，在“講”內進行傳道，一般來說，以一村爲一講，也有一村數講、數村一講，每個講以數十到數百人爲基礎不等。日本農民一直就有建立草根性聯合組織的傳統，過去存在的是以村爲單位的“惣”，農民聯合起來，發揮集體力量，對地主進行地租之類問題的交涉。不好惣還會建立自己的武裝，以保護地方農民安全，這種組織，有時更會和浪人武士結合(可參考黑澤明之《七武士》)。既然一向宗作爲農民之集體信仰，其草根宗教組織“講”，便理所當然地取代了“惣”。農民起初會在“講”內探討宗教問題，但逐漸的“講”便和傳統的農民組織無異，成爲農民討論實際問題、發泄不滿的場所。逐漸的，農民爲謀取權益，開始發動武裝的暴動，企圖奪取地方政權。一向宗的“講”組織，成爲聯合不同村落地方農民的機構，一向宗的發展，因而反而起到了便利農民起義的效果。農民這種起義，其時被稱爲“一向一揆”。
和後來不一樣，當時的本願寺並不主張農民進行這種暴動，因爲這實際上對封建領主公開樹敵，不利於自己宗教的生存，同時日本佛教及至當時，仍然在意識形態上有維護國家政權的傳統，雖然在一向宗中，佛法已被提到空前地位，足以和世俗法律抗衡，甚至超過世俗法律。蓮如號召羣衆保持冷靜，但效果不大，顯示了本寺和其門徒之間微妙之關係(在後面將更詳細地分析)。一向一揆越演越烈，最終造成加賀暴動。1488年，一向門徒以十萬兵力包圍了加賀守護富樫政親的高尾城，不久將之攻破，政親自殺。至此百年之間，加賀國一直爲本願寺教團和控制，成爲所謂的“門徒領國”。各地大名看到一向一揆發展空前迅速，感到恐慌，開始視一向宗爲洪水猛獸，對之又恨又怕。
此種暴力性質的起義，和蓮如之實踐哲學頗爲不同。他雖然反對武士統治，認爲武士是佛敵，但認爲門徒應在表面上遵從武家，遵守王法，而只把信仰和佛法銘記在心。對加賀的狀況並不滿意的他，重新返回近畿，在京都山科建立了本寺，其間的本願寺，稱山科本願寺(後山科的本願寺被細川、六角及日蓮宗的聯盟於1532年燒燬)。1496年，蓮如又在今日大阪地區，建立石山御坊，從此便有了石山本願寺。
本願寺如此成功，和其教義、羣衆基礎以及行政、組織形式有根本關係。
本願寺是一個等級清晰而森嚴的宗教組織，從本寺、末寺到地方的“講”，從法主到坊主(本願寺委派到各地的地方宗教領袖，在掌握政權的地區，如越前，實際在扮演類似地方大名的角色)到基層僧侶，形成了一個十分複雜但效率頗高的體系。上級命令發佈下來，便能通過一層層的機關進行執行。
對農民和其他下層民衆而言，一向宗所提供的簡單、清晰、有力的教說，能給他們在戰亂時分以巨大的精神安慰和支持，當時的日本，還沒有什麼可相比較的宗教。一向宗所提倡的忠誠十分簡單明確——指向阿彌陀佛 和 法主，二者把門徒和拯救聯繫起來。要獲得拯救，就必須聽從法主的命令，是十分簡單的邏輯。此外，一向宗的信仰亦幫助不同地域的人們超出他們固有的地域侷限性，使他們更好地團結起來，爲一個更高的共同目標奮鬥。有了農村縱橫交錯的“講”組織爲活動基礎，一切就變得更爲有效。此外，一向宗佛教頗有平等意識，在基層具備民主特色，有強烈的社羣觀念，頗能滿足下層人士的心理和社會需要，並且給予他們鮮明的認同，使他們獲得巨大的歸屬感。
自蓮如時代開始，本願寺直接或間接的控制越前等大片徒弟，這種控制，當時主要通過最基層的農民。本願寺更鼓勵信徒將土地捐給本寺，並許諾保證保護，這個辦法使本願寺成爲一大地主，獲取巨大的經濟受益。另一方面，本寺也鼓勵信徒直接將土地捐獻至本寺，而非地方坊主，以恐後者逐漸獨立起來。
本願寺在意識形態上統治農民，扮演着壟斷的角色。由於農民遵守信仰，那麼控制信仰的本寺就擁有巨大權力，可以通過開除教籍作爲一種手段來制裁門徒。因爲阿彌陀佛是走向拯救的唯一法門，那麼得罪代表阿彌陀佛的教宗法主，便等於剝奪了自己受拯救的機會，因此門徒對本願寺十分忠心耿耿。
一向宗的教說，對門徒在戰場作戰，似也有幫助。從蓮如時代，門徒組織和武士、封建領主矛盾激化，故有一向一揆。蓮如支持門徒在受攻擊時進行武裝反抗，以“捍衛佛法”，他告知門徒沒有什麼可擔心的，因爲對一向總的忠誠，保證了阿彌陀佛肯定送他們上西方淨土，他們是爲佛法而死，死後會得拯救。這種教法，是不少門徒，甘願爲信仰而死。其時，反對一向宗的人，均被稱爲“法敵”，門徒則有義務爲佛法而死。由於相信死後必得拯救，作戰時便可無所畏懼，異常勇猛。浴血沙場，只需含一句“南無阿彌陀佛”，便可從容而死。
但若認爲本願寺對所有門徒都有直接有效的控制，也不正確，實際上，一向宗也爲部分的農民所利用。許多農民起義，打着一向宗的旗號，但卻是受現實利益驅使，爲了爭取十分實際的政治經濟權益。此外，甚至有一向宗門徒之間，發生衝突，爭奪利益。這些一向一揆，都並非宗教性質。
前面說的另一鎌倉新宗在商業城市(如京、堺)發展了勢力，其信徒卻主要爲商人階層和城市小生產者。日蓮宗參與了對山科本願寺的搗毀。它與一向宗的衝突，實際可定義爲城市階層同農村階層的矛盾。到戰國年代，根來寺，延歷寺，金剛寺等幾個大寺仍然勢力強大。根來寺有約2,700個分寺;延歷寺在比睿山有400個以上的分寺。僧兵方面，延歷寺有大約3,000到5,000，金剛寺和根來寺則至少有3,000左右。延歷寺控制比睿山附近的繁榮地帶，金剛寺在16世紀80年代據說控制兩千六百個村莊，而根來寺掌握製造火槍地帶，其僧兵也被訓練使用火槍。但這幾寺都沒有本願寺的農村羣衆基礎，可以在其危機時拯救它們。
戰國時代，大名遇到最嚴重的問題就是如何控制或鎮壓農民起義。鎌倉新宗門徒的一個特點就是，願意以犧牲生命來保護他們的信仰的純潔和獨立。
中興之祖
1467年席捲全國的應仁、文明之亂爲淨土真宗的擴張提供了一個千載難逢的機會。蓮如趁戰亂將一向宗勢力滲入了越前和加賀。在幾經爭奪後，終於在1479年借守護富堅政親自刃的機會佔領了加賀，形成了加賀一向的勢力。當時幕府將軍足利義尚非常震怒，下昭越前守護朝倉氏進攻加賀一向，近江大名六角氏剿滅近江山科本願寺(蓮如從1479年開始歷經五年才完成建設的本願寺本所)。蓮如爲了實現戰略轉移，1496年開始在攝津東成郡生玉莊內修建石山本願寺。當時只是爲了建設寺社以求發展，後來隨着局勢的變化，終於一步步將寺社向着城池建設方向發展。1542年，雄偉的石山本願寺城出現了，這被看作是本願寺家向戰國大名轉變的標誌。當時本願寺法主是第10世證如，其子就是在戰國遊戲中經常出現的本願寺顯如了。
1457年，本願寺蓮如成爲第8代教主，本願寺的勢力持續擴大，於1465年時遭到比叡山(佛教天台宗的總本山)的攻擊，京都大谷的本願寺本院遭到破棄，蓮如逃往加賀。蓮如在加賀地區本着不屈不撓的鬥志，以簡單的漢語(戰國時代的書寫還是以漢字爲主，只是讀音已漸趨音讀化)向平民傳教，當時的“一向宗”可以說是平民的宗教、教育、精神等等的支柱，非常受到尊敬。因爲“一向宗”素有佛陀乘願建立佛國的說法，有些狂熱者出現“我們要建立自己的佛國”的想法，這種思想在當時受到武士階級極權壓迫的平民之間如燎原之火般迅速發展，一發不可收拾，終於在1488年爆發“一向一揆”(一揆意指羣衆)的暴動，推翻的當時擔任加賀守護的富樫家，加賀國成爲獨立的、由百姓治理的“一向宗的國家”(事實上，權力由本願寺操縱)。除了加賀之外，其他地區也有一向一揆的叛亂事件，但是都無法真正地與地方大名的軍隊相抗衡，取得獨立。
1499年3月25日本願寺蓮如病亡于山科本願寺，享年85歲。
