沈恪，字子恭，吳興武康人。生性深刻沉着而富有辦事的才能氣度。樑朝新渝侯蕭映擔任郡守時，徵召他爲主簿。蕭映調北徐州，沈恪跟隨蕭映到鎮所。蕭映調任廣州，用沈恪兼府中兵參軍，常常領兵討伐俚洞。盧子略反叛，沈恪抗禦有功，被任命爲中兵參軍。高祖與沈恪是同郡人，感情好很親近，蕭映去世後，高祖向南征討李賁，於是讓妻子兒女隨附沈恪還鄉。不久委任他爲東宮直後，以嶺南的功勞任命爲員外散騎侍郎，隨後派他招集同姓叔伯兄弟的子弟。
侯景圍困臺城，沈恪率領所部人員進入朝廷禁省守禦，依隨條文慣例加任右軍將軍。賊兵在東西方向壘起兩座土山攻城，城內也堆土成山相應對峙，沈恪爲東面土山的主將，晝夜抗擊。因有戰功被封爲束興縣侯，食邑五百戶。升任員外散騎常侍。京城陷落後，沈恪從小路悄悄地回到故鄉。高祖討伐侯景時，派人告知沈恪，沈恪就在東方起兵響應。平定侯景後，沈恪到京口拜見高祖，當天被任命爲都軍副。隨即又擔任帥府中的司馬。
當高祖定計誅討王僧辯時，沈恪參與了策劃。造時王僧辯的女婿杜寵鎮守吳興，高祖就派世祖回到長城，設立柵欄防備杜寵，又派沈恪回到武康，招集兵員。到王僧辯受誅後，杜寵果然派副將杜泰領兵到長城襲擊世祖。沈恪這時已經帶兵到縣城之外捕殺杜寵黨羽，高祖也迅速派周文育援救長城，周文育到了，杜泰才逃走。世祖於是與周文言一道殺出郡城，沈恪的軍隊也到了，駐紮在郡南。到平定杜寵後，世祖襲擊東揚州刺史張彪，派沈恪監理吳興郡。
太平元年，沈恪被任命爲宣猛將軍、交州刺史。這年又調任永嘉太守。沈恪還沒有接受這一任命，又被派去監理吳興郡。後來從沈恪入朝任職。高祖受禪時，派中書舍人劉師知召調沈恪，命令他帶兵進入宮中，保護梁敬帝離開正宮去別宮。沈恪就推門進去見高祖，叩頭請罪說：“我沈恪曾經爲蕭家王朝服務過，今天不忍心目睹它的滅亡，我甘願受死，也不接受這道命令。”高祖嘉許他的心志，就不再強迫他，另外調跳蕩軍的主帥王僧志代替他。
高祖登上帝位後，任命他爲吳興太守。永定二年，調他監理會稽郡。適逢餘孝頃陰謀接應王繼，從堡叫出兵攻打且迪，於是直擔任命選監爲壯武將軍，率兵越過東興嶺救援周迪。餘孝頃聽知撾到了，就退走了。三年，升任爲使持節、通直散騎常侍、智武將軍、吳州刺史，從近便的小路去壁匱。不久有聖旨把他追回，調他代理會擅饗政務。這年，被任命爲散騎常侍、忠武將軍、會稽太守。
世祖繼承了帝位，提升選恪擔任都督會稽、東陽、新安、臨海、永嘉、建安、晉安、新寧、信安九郡諸軍事，將軍、太守二職仍舊。
天嘉元年，增賜食邑五百戶。
二年，天子徵召他入朝爲左衛將軍。不久又調出京城擔任都督郢武巴定四州諸軍事、軍師將軍、郢州刺史。
六年，天子徵召他入朝擔任中護軍。隨後升任護軍將軍。
光大二年，調任使持節、都督荊武佑三州諸軍事、平西將軍、郢州刺史。還沒有赴任，改任護軍將軍。
高宗即位，這坦加任散騎常侍、都督廣衡塞墮交越盛定面金墨愛擅宣董到室互雙總共十八州諸軍事、鎮南將軍、平越中郎將、廣州刺史。沈恪赴任還沒有到互嶺，前刺史歐陽紇發兵在險要之地拒守，受阻前進不了，朝廷派遣司空章昭達統率各軍討伐歐陽紇。歐陽紇被平定之後，沈恪才得以進入廣州。州內遭遇戰火和災荒，處處都殘缺破損，沈恪收集安置流民並加以安撫關切，廣施恩惠，嶺表地區依靠他才得以平安穩定。
太建四年，天子徵召他入朝擔任領軍將軍。等到新老刺史交接完畢後他才返回朝廷，卻因爲路程太遠沒能按時到達，被有關官員奏劾而免任。
十一年，復職擔任散騎常侍、衛尉卿。這年被任命爲平北將軍、假節，監理南兗州。
十二年，調任散騎常侍、翊右將軍，監理南徐州。朝廷又派遣電威將軍裴子烈率領五百匹馬，幫助沈恪沿着江岸防守。
十三年，沈恪被調入朝廷擔任衛尉卿，常侍、將軍二職仍舊擔任。不久加任侍中，升任護軍將軍。
後主即位，沈恪因患疾病調任散騎常侍、特進、金紫光祿大夫。逭年去世，時年七十四歲。追贈爲翊左將軍，天子下旨賞給皇家棺木，接着又出宮前往舉哀，喪事所需財物，全部由國庫資助供應。諡號是元。
