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公元280年，司馬炎結束了三國鼎立的狀態，建立了統一的西晉王朝。司馬炎鑑於“江表初附，未與華夏同”的實際情況，接受了華譚“吳阻長江，舊俗輕悍，所安之計，當先籌其人士，使雲翔閭闔，進其賢才，待之異禮”的建議，對江南士族們極力籠絡。在司馬炎這種態度下，江南的士族們在一定程度上認可了司馬氏政權的合法性和正統性，紛紛出仕爲官，開始與司馬氏政權的合作。
西晉與南方士族的合作
首先與司馬氏合作的是以尚書陸喜爲代表的東吳的一些舊臣，這些人大多是在原來東吳末代皇帝孫皓的手下不得意的官吏，以“貞潔”見稱。由於原來東吳政權並不重視他們，所以他們在吳亡不久，便欣然接受西晉的徵招，赴洛陽爲官。由於晉武帝對他們頗爲優待，所以繼他們之後，越來越多的南方士族開始了與西晉的合作，包括吳郡陸氏與顧氏、會稽張氏與賀氏、義興周氏在內的衆多江南大世族門閥家的子弟也紛紛響應。
在這些出仕的江東士族中，陸機、陸雲兄弟是其中最有號召力和最出色的代表。陸機兄弟是江東陸遜之孫，陸抗之子，陸家在東吳世代爲將爲相，是頂級高門大族。而陸機兄弟更是少有異才，文章蓋世，他們能與西晉合作，一是說明了西晉王朝對江東世家的重視，二來也代表江東士族普遍接受了西晉的正統地位。
但是江東世族畢竟是“敵國餘臣”，作爲西晉原始股的那幫中原士族們並沒有給予江東士人應有的尊重。即便是做爲頂級士族子弟的陸機本人，也曾遭受到北方士族的公然侮辱，被罵作“貉奴”，其他的普通士族的地位更是可想而知。所以當時江東士族在西晉朝廷裏面普遍有一種自卑感，與北方士族也存在一些矛盾。但是江東士族們仍然憑藉自己的能力，慢慢的在西晉王朝中站穩了腳跟。
幸運的司馬睿
西晉末年，爆發了“八王之亂”，加上當時北方少數民族不斷南下侵襲，江北社會極爲動盪，大量北方士族紛紛遷往南方。
西晉當時鎮守南京的是琅邪王司馬睿。他在“八王之亂”中受尚書令司馬越之命，參加了徵計成都王司馬穎的討鄴戰爭，後任安東將軍兼都督徐州軍事，從此在南京一帶建立了自己的勢力。建興五年，晉愍帝被前趙皇帝劉聰殺害後，司馬睿在南京改元，即晉王位，改元建武，建立了東晉。
司馬睿與南宋的趙構有些相似，他能當上東晉的開國皇帝，運氣因素要大於能力因素。因爲西晉滅亡後，做爲西晉的宗室親王，他是西晉法統的象徵，是漢人正統政權的旗幟。只有司馬氏爲帝，才能讓北方南渡的人民在江南立足，南方也才能抵抗北方少數民族勢力的入侵。但是司馬睿並沒有什麼過人的本領，在西晉諸王中，他一無威望二無功勞，最要命的是他雖然建立了東晉，但手中並無實權。當時東晉最重要的揚州和荊州兩個大州都是由王導、王敦兄弟掌握，而且王導還是東晉的宰相，王家其他子弟也都擔任要職，晉元帝本在立國之初並無實權。
東晉與南方士族的合作
正是因爲司馬睿威望不夠，實力也不足，所以他剛建立東晉時，南方很多士族對他採取的是觀望的態度。王導建議司馬睿主動向江南顧、賀兩個大世家主動伸出橄欖枝，主動示好，取得以顧家和賀家爲代表的江南士族大家的支持，保證新成立的政權的穩定。爲了表示與南方士族沒有南北成見，王導甚至要求整個朝廷大小官員都要學說南方話，用吳語與南方人民交流。
在政治上，東晉政權也是對南方士族極力拉籠，啓用了大批南方士族子弟爲官。顧榮、賀循、紀瞻等出身南方的士人都在東晉朝廷擔任要職，新成立的東晉王朝漸漸的取得了南方士族的支持。
(士族)
對司馬睿來說，南方士族是江南的地頭蛇，在南方有着極爲強大的勢力和號召力，可以使南方人民擁護政權，穩定社會局面。當時南方經濟發展程度也比較高，加之沒有受到北方戰亂的影響，是東晉賴以生存的基礎。無論是政治還是經濟或者軍事，東晉王朝都必須利用和拉籠南方士族。而南方士族看到新成立的王朝對他們的態度比之前的西晉有了很大轉變，也紛紛參與到政權中來，雙方呈現出一種良性的互動。
士族與皇權的矛盾
晉元帝司馬睿並非無能之君，他可不是那個白癡惠帝，他對當時南方士族勢力的不斷壯大有着清醒的認識。所以，如何利用南方士族，又不讓他們的勢力對自己的皇權產生威脅，就成了晉元帝要考慮的問題。
當時與晉元帝一樣抱有這種擔心的人並不少，以北方南渡過來的北方士族爲主。他們紛紛通過自己的影響力，招募或者籠絡留在北方的那些手握兵權的將領，讓他們擁護晉元帝，一可以爲東晉王朝提供保障，二可以制衡南方士族的勢力澎漲。在晉元帝和支持他的劉隗、刁協等人的努力下，滯留在北方的一些將領如劉琨、劉翰、曹嶷、劉演等人都紛紛向晉元帝表示效忠，這使得晉元帝在政治上的話語權大大增強了。
位置坐穩了，實力增強了，司馬睿也要重新振興皇權了。他在劉隗、刁協等心腹大臣的協助下，通過四項政策，削弱了南方士族的權力，穩固了自己的統治。
一是加強法制。
之前西晉的滅亡，與當政者利用黃老之術和道家思想治國有着不可分割的關係，所以晉元帝採用了法家的法治政策，用法制來昭顯皇權的威嚴。
劉隗與刁協按照元帝"以法御下"的方針，推行了崇上抑下、排抑豪強的一系列"刻碎之政"，與琅琊王氏等門閥勢力相抗衡。有一次，督運令史淳于伯因爲水道運糧耽誤了日期而被殺。劉隗爲淳于伯申理冤情，指責具體負責此案的從事中郎周筵、法曹參軍劉胤等人處刑有失公允，請免其官職，矛頭直指周筵等人的後臺王導。王導被迫上疏引咎，請求辭職，司馬睿雖然沒有同意，但這個事件成爲削弱士族力量的導火索。
此後，劉隗與刁協按照元帝"以法御下"的方針，推行了崇上抑下、排抑豪強的一系列"刻碎之政"，與琅琊王氏等門閥勢力相抗衡。 王導被逐漸架空，受到晉元帝冷落。
對於自己的寵臣，晉元帝也能一視同仁。宋典是司馬睿的親信，但他的下屬橫行不法，司馬睿不顧宋典的求情，處死了宋典的下屬。還有一大批官員因爲違法而受到不同程度的處罰，大大打擊了士族的氣焰。
二是調整人事，掌握權力。
東晉的中央政府決策機構包括中書省和門下的散騎省、門下省、侍中省;行政系統是尚書省，錄尚書事和中書監、侍中是朝廷中最爲重要的三個職位。
晉元帝剛繼位時，王導一人身兼驃騎將軍、中書監、錄尚書事等數個要職，掌握了東晉的核心權力。爲了加強皇權，晉元帝在地位穩固之後，任命荀組與王導共錄尚書事，又任命自己的親信刁協爲尚書令，分割王導之行政權。
中書省是東晉的主要決策部門，“舉國之機要悉在中書”，王導擔任的中書監實際上就是東晉的決策人，權力非常大。晉元帝將中書省併入散騎省，任命第一親信劉隗爲散騎常侍，使得決策權從王導的手中過渡到劉隗的手中，實現了權力的轉移。
三是掌握人口和賦稅
魏晉時期，國家的土地集中在士族手中，大量人口成爲士族的佃客，這些人口不向中央繳納稅賦，勞動成果盡歸士族，所以士族的力量可以左右皇權。
太興元年和太興四年，晉元帝兩次發佈詔令，要求士族上報門下佃客人數，登記戶口，“以備徵役”。晉元帝的做法目的是增強國家的編戶，從而增加國家的稅收和後備兵役。與些同時，晉元帝還廣設屯田，招撫流民，一方面發展了農業，另一方面也擴大了稅源。隨着越來越多的受士族控制的流民轉爲編戶齊民，中央政府控制的戶口和稅賦也不斷增長，削弱了士族的力量。
四是加強對軍隊的控制
“槍桿子裏出政權”，皇權與士族的較量中，軍隊的走向是非常重要的。東晉建國之初，軍權掌握在王導和王敦兄弟手上，晉元帝通過一系列的改革措施，漸漸的削弱了王家的權力，王導也被疏遠了。
爲了對抗士族，晉元帝大量啓用司馬家的宗室，將司馬氏中最有軍事才能的司馬承安排在離王敦的大本營不遠的湘州，在王敦老巢的荊州上游地區，晉元帝又派出了自己的親信甘卓擔任梁州刺史，與司馬承形成一上一下勢，將荊州夾在中間，以制約王敦。又任命親信戴淵爲徵西將軍，都督西北軍事，“名爲討胡，實備王敦”。
削弱士族勢力的後果
正是因爲晉元帝對士族的防備和奪權，引起了士族們的抵抗。王敦後來的造反，就是這種對抗的高潮。
在魏晉那個特殊的年代，在皇權與士族門閥的鬥爭中，晉元帝並沒有成功。他與士族鬥爭的結局是永昌元年正月，王敦在武昌起兵，以討伐奸臣劉隗的名義東攻建康，而門閥士族的態度十分曖昧，並沒有哪一個士族門閥站起來勤王，保護晉元帝。這隻能說明晉元帝之前的舉措，動了士族們的蛋糕。
王敦起兵誅殺刁協，逼劉隗北逃劉漢政權後，晉元帝被迫封王敦爲丞相、都督中外諸軍事、錄尚書事，朝政大權盡歸王敦，司馬睿被徹底架空。當年十一月，晉元帝憂憤而死，終年47歲。
歷史學家蔡東藩對晉元帝的評價比較中肯：“元帝實一庸主，毫無遠略，始則縱容王敦，使據長江上下游，繼則信任刁協劉隗，疑忌王敦，激之使叛，而外無可恃之將，內無可倚之相，孤注一擲，坐致神京失守，受制賊臣，刁協死，劉隗遁，周顗戴淵，又覆被戮，其不爲敦所篡弒者，亦幾希矣。”
雖然晉元帝不是一個雄主，但是在他的統治期間，使得皇權得到了加強，一定程度上抑制了士族門閥的權力。他的失敗是皇權與士族的鬥爭中，士族的力量超過了皇權的一種直接反映。而他的失敗，使得東晉皇權再也沒有東山再起的機會，士族門閥制度成爲了東晉的一個標籤。
