相比於清朝皇帝后宮的妃嬪如雲，同治帝的後宮並無幾人，也許這是因爲他年紀尚小的原因。他的妻子只有一位，即孝哲毅皇后，阿魯特氏。
阿魯特氏，爲蒙古正藍旗人，其父爲清狀元戶部尚書崇綺。崇綺是清朝114名狀元中，唯一一位以滿蒙的族人身份，科舉漢文，進而奪得狀元之位，成爲“惟一獲得狀元桂冠的蒙古狀元”。他工詩善畫，多才多藝，文化造詣極高。而阿魯特氏作爲他的女兒，出生清流，受父親的教導和薰陶，文化修養也很高。史書記載：“孝哲皇后，幼時即淑靜端慧，崇公每自課之，讀書十行俱下。容德甚茂，一時滿洲、蒙古各族，皆知選婚時必正位中宮”於同治十一年，慈禧封她爲皇后。
這位皇后比同治帝大2歲，生於咸豐四年。這位多才多藝的姑娘，雖然由慈禧太后親封爲後，但實際上那只是慈禧太后迫於壓力所爲。所以孝哲毅皇后，阿魯特氏，與自己婆婆慈禧太后的關係並不好。對於同治帝的死因，其中一種猜測便是，同治帝受太醫醫治漸好的時候，皇后前來探病。哭訴自己被婆婆苛責，同治皇帝勸她暫作忍耐，哪知被慈禧聽了個正着。
於是慈禧大步進來，拉着皇后的頭髮施暴，同治帝想要救助皇后，哪知跌落在牀。等將太醫喚來的時候，已是藥石不進，最終身亡。雖然不知道此事的真假，但也可從中窺探出，慈禧太后與皇后的緊張關係。
阿魯特氏是“辛酉政變”中被賜死的鄭親王端華的外孫女，本就不被慈禧所喜。而她又生性耿直，不順從逢迎慈禧，使慈禧視若寇仇，時常刁難她。這位可憐的姑娘，忍受着婆婆的刁難，在丈夫死後不足白天，終於自殺於儲秀宮，死後與同治帝同葬於惠陵。
