同治十三年(1874)十月，同治出痘。阿魯特氏焦急萬分，立刻帶領六宮供奉“痘花娘娘”，爲皇上祈福。十一月，天花出盡，卻餘毒未清，由於餘毒侵入經脈，沒多久，同治的病情急劇轉下，腰部紅腫、潰爛以至流膿。
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在這種情況下，阿魯特氏衝破慈禧的阻攔，去看望病重的同治，並不顧髒臭，擦拭膿血。看到奄奄一息的皇帝，她心如刀割，不覺淚流滿面，傾訴獨居宮中、備受虐待之苦。同治強打精神安慰她：“你暫且忍耐，總有出頭之日。”不料這話被慈禧佈置在宮中的耳目聽見，立即向慈禧彙報。慈禧勃然大怒，闖入暖閣，拽住阿魯特氏的頭髮，一邊往外拉，一邊痛打，並揚言要杖責皇后。
杖責是懲罰太監和宮女的手段，慈禧此舉，分明是要侮辱阿魯特氏。病牀上的同治看着這一幕，又驚又怒又急，氣急攻心，竟暈了過去，宮內頓時亂成一團，慈禧才未對皇后動刑。驚嚇之下，同治的病情更嚴重了幾分。同年十二月初五，同治去世，終年19歲。14天后，兩宮太后發佈懿旨，封阿魯特氏爲嘉順皇后。
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光緒元年(1875)二月二十日，阿魯特氏逝於儲秀宮，年僅22歲，距同治去世不過75日。對於阿魯特氏的死因，官方說法是皇后過於悲痛，抑鬱於心，乃至抱病而死。這一說法含糊不清，有許多可疑之處，阿魯特氏年紀輕輕，才22歲，平時身體健康，無病也無災的，怎麼會突然死去?於是阿魯特氏自殺而死的傳聞在民間傳開，有人說她吞金而死，有人說她吞鴉片而死，也有人說她是服毒而死。
無論哪種死法，都是說阿魯特氏死於自殺。同治死後，阿魯特氏在宮中的境況愈加險惡。在慈禧的授意下，同治的堂弟載被擁立爲帝，即光緒。如此一來，她的地位便格外尷尬，既不是皇后又不是皇太后，教她何地自處?
據說阿魯特氏的父親崇綺曾試探性地請示慈禧如何安置皇后。慈禧冷酷地回答：“即可隨大行皇帝去罷。”意思是讓皇后殉葬。崇綺驚得目瞪口呆，但也只能照辦。恰巧阿魯特氏寫來一張字條，詢問父親該怎麼辦。崇綺忍痛在字條上寫了個“死”字。
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至於慈禧爲何要將阿魯特氏逼上絕路，民間還有很多說法。有人說阿魯特氏是鄭親王端華的外孫女，端華是慈禧的政敵，慈禧因而遷恨阿魯特氏。也有人說，阿魯特氏懷了孕，慈禧怕生了皇子，立爲新帝，阿魯特氏成了皇太后，自己就不能垂簾聽政了。還有人說，同治臨死前寫了遺詔立儲，慈禧爲了自己能掌權，私底下燒燬了遺詔，立自己屬意的載爲帝，她擔心阿魯特氏把這一祕密揭發出來，故要將她治死。
