滿清入關之前，即努爾哈赤和皇太極時期，根本不存在禁止滿漢通婚的規定。不過當時滿族人聚族而居，與漢人交流也比較少，滿漢通婚的現象不是很常見。順治初年，多爾袞任攝政王時期，也是允許滿漢通婚的，比如順治五年(1648年)，特地頒發諭令曰：“方今天下一家，滿漢官民，皆朕臣子，欲其輯和親睦，莫如聯姻一事，凡滿漢官民，有欲聯姻者，皆從其原”。
但是在多爾袞去世後，開始有了禁止滿漢通婚的說法。究其原因，有幾種說法：一說滿族作爲統治階層，需保持本民族血統的純正，如《遼陽縣誌》曾載：“順治以來…滿人與民人不交產、不結婚，意在保持生計及種族(即民族)”;一說因滿人與漢人語言、風俗存在不同;一說與入關之初激烈的滿漢矛盾有關;還有一種說法是怕滿族女子嫁給漢人後影響滿族人口的增加。
不管出於何種考慮，清朝禁止滿漢通婚的確有了條文規定，比如乾隆二年(1737年)諭內務府：“向來包衣管領下女子，不準聘與包衣佐領下人;包衣佐領下女子，不準聘與八旗之人。”乾隆三十年(1765年)，又強調了這一禁令，將禁止與滿人通婚的範圍擴大到了蒙古人、錫伯人等，“蒙古、錫伯、巴爾虎、漢軍包衣佐領下之女，照滿洲例，禁止與漢人結親”。乾隆三十一年，又明確規定宗室女性不得與滿族之外的民族通婚：“宗室之女不得與八旗別載冊籍之戶結親雲，即開戶也”。
從乾隆朝的諭令可以看出，其並未對宗室男性作出相關規定，而在實際嫁娶中，宗室與旗人娶漢族女性爲妻的情況並不少見。清朝的選秀女制度並未將漢軍排除在外，於是很多漢軍旗人之女都與宗室男性通婚，比如康熙及乾隆帝的母親就是漢軍旗人。清朝很多皇帝都有漢族血統，比如歷來對乾隆皇帝究竟是滿人還是漢人一直衆說紛紜。此外，即便是宗室女性，也有因特定的政治需要而下嫁漢人的。比如順治皇帝在任中前期，滿清政權基礎不穩固，因而要藉助吳三桂、耿精忠、尚信之等人鎮壓各地叛亂，爲了籠絡吳三桂等人，順治十年(1653年)六月，多爾袞第十四女和碩公主下嫁平西王吳三桂子應熊。十二年六月，和碩顯親王的姐姐下嫁耿精忠。
在民間，有些地方滿漢通婚較爲普遍，比如在滿漢雜居的東北地區，很多滿人都娶了漢人女子爲妻，漢人女子採用頂名等隱瞞漢人身份的方式嫁給滿族男性，不過滿族女子很少嫁給漢族男子。但是在大部分地方，民間禁止滿漢通婚較宗室還要嚴格，一方面與固有的民族觀念有關，另一方面清政府對民間的控制更爲嚴格。
到了清末，尤其是同治、光緒年間，禁止滿漢通婚的措令逐漸被廢除，這大概與滿漢民族間的對立逐漸弱化有關，同時漢人的崛起也是重要因素。
