關於李自成的死因，歷來爭議頗多，迄今爲止，至少有十四種版本，雖衆說紛紜，但大體可歸爲三類，一是兵敗後被追兵斬殺，一爲自殺而死，還有一種說法是隱姓埋名，出家當了和尚。
《明史》對李自成“被殺”、“自殺”兩種結局並存記錄，李自成兵敗後，率二十輕騎沿途掠食，“被村民圍困，不能脫，遂縊死。”
還有傳說“村民方築堡，見賊少，爭前擊之，人馬俱陷泥淖中，自成腦中鉏死。剝其衣，得龍衣金印，眇一目，村民乃大驚，謂爲自成也。”
——村民建築城堡抵禦李自成，當他們發現李自成手下沒幾個人，就衝出城堡攻擊他，李自成的戰馬陷入泥沼，有村民一鋤頭砸在他的腦袋上，當場死亡。
村民剝下他的衣服，發現有一枚金印，一隻眼睛不知去向，村民驚呼——艾瑪!這不是李自成嗎?
關於李自成的死亡，民間私史說得較爲詳細。
明末清初著名學者、詩人、思想家費密在《荒書》中記載：李自成被清兵追趕的時候，尚有部衆三萬人，到達江西的時候，僅剩下十八騎，從通山輾轉到湖北省通山縣九宮山時，所率十八騎也被打散了。
李自成獨自來到小月山牛脊嶺，山民程九伯發現了他的蹤跡，於是喊來自己的外甥金某，金某揮舞鋤頭，將李自成打死，當時尚不知道他的身份。
當地縣官“親入山，諭以所殺者流賊李自成。”後世有人懷疑這個被程九伯外甥殺害的人並非李自成，而是反清復明的義士李延。
還有資料顯示：清初，即將上任的雲南同知張瓊伯在赴任的途中，經過湖南石門縣夾山寺。與寺中方丈相談甚歡，兩人頗感投緣，大有相見恨晚之意，數年之後，張瓊伯重返夾山寺，聞知方丈已經圓寂。
張瓊伯拜祭方丈的時候，其弟子告訴他說，方丈——奉天玉和尚就是曾經威震天下的李闖王，而九宮山替死的是其部將孫某。
乾隆年間，澧[lǐ]州知州何某親自到夾山寺調查，看到了奉天玉和尚的畫像，認爲其身材與李自成相仿，奉天玉和尚墓中隨葬物品與陝西米脂墓葬習俗完全相同。
後來也有人提出質疑，夾山寺方丈畫像雙目炯炯，而李自成逃亡的時候，一隻眼被箭射傷，因此說，這段記載是不靠譜的。
數百年過去了，關於闖王李自成的結局，爭論還在繼續。
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