戰爭一開始，由於坦桑尼亞沒有做好充分的防範準備，導致整個卡蓋拉區在幾天之內淪陷。阿明宣佈“已取得偉大的歷史性勝利”。11月4日，他還語言輕薄地挑釁坦桑尼亞總統朱利葉斯·尼雷爾，發表聲明“邀請”尼雷爾一同上擂臺比賽拳擊，要是尼雷爾贏了，他願意將佔領的土地全部歸還，並說由於尼雷爾年老體弱，他願意在比拳時反綁一手、雙腿加鉛塊，以單手應戰。尼雷爾總統因此感到大受侮辱。
烏軍惡行
烏干達軍隊在佔領地區還四處強姦婦女，殺害至少8,000名平民(卡蓋拉區總人口才5萬)，大肆破壞當地的基礎設施和工業設備，4萬名卡蓋拉平民成爲難民。尼雷爾總統終於公開聲明必定會採取報復，不會讓阿明逃之夭夭。他首先向非洲統一組織(非洲聯盟的前身)求助，要求非洲統一組織一致譴責烏干達的侵略，但是除了主席國蘇丹的總統加弗爾·尼邁裏願意以私人身份勸告阿明撤兵之外，非洲統一組織對此次戰爭都採取不干涉、不表態的政策。尼雷爾無奈之下被迫放棄國際斡旋的期盼，決心以武力反擊。
戰爭動員
尼雷爾迅速動員了坦桑尼亞人民國防軍的所有力量，幾個星期內，軍隊人數就由戰前的40,000人上升到包括警察部隊、獄警、後備役和民兵在內的100,000人。11月底，坦軍就已經完全阻擋住烏軍的進攻，到12月，所有烏軍都被逐出坦桑尼亞境內。而且很快地，尼雷爾就決意要徹底打倒阿明，他邀請很多烏干達反阿明組織參與其軍事行動，組成盟軍。但是當時烏干達的反對組織雖多，不過大多勢單力弱，各自爲政，甚至互相之間都有矛盾。1978年底尼雷爾在肯尼亞內羅畢舉行了一個聯合會議，向各組織的領導人曉明大義，呼籲大家團結一致，共同推翻阿明政權。會議雖然沒有任何成文協議，但是已經默認組成反阿明的統一戰線，一些組織還派遣成員到坦桑尼亞接受游擊戰的訓練，準備“解放祖國”。
戰略反攻
1979年1月，10,000多名坦軍在59式坦克和殲-6、殲-7B戰鬥機支援下，進入烏干達境內，正式展開反攻，他們利用蘇制喀秋莎火箭炮攻擊烏干達多處軍事目標。烏軍軍心渙散，毫無鬥志，一擊即敗，全面撤退。尼雷爾見時機成熟，就下令軍隊乘勝追擊，務求推翻阿明。各烏干達的反阿明組織此時也正式響應表示支持，在稍候3月份舉行的磨西會議(Moshi Conference)中，28個組織組成烏干達全國解放陣線(Uganda National Liberation Army，簡稱UNLA)，其中包括由蒂託·奧凱洛和大衛·奧伊特-奧喬克領導的“特種部隊”(Kikosi Maalum)、由約韋裏·穆塞韋尼領導的“救國陣線”(FRONASA)和由阿肯納·普奧約克領導的“拯救烏干達運動”(Save Uganda Movement)。
聯軍勢不可擋，1979年3月，坦桑尼亞軍隊已經開始逼近烏干達首都坎帕拉，阿明政權搖搖欲墜。而此時伊斯蘭開發銀行又恰好在坎帕拉召開年會。一向親阿拉伯的阿明趁機在年會的開幕式上吹噓自己的“戰功”，又哀求伊斯蘭各國給予他“緊急援助”，以對付“基督教徒”尼雷爾的軍隊，但是各國代表只是口頭上敷衍一下，並沒有國家真正理會他。
利比亞干涉
在阿明即將垮臺的關頭肯真正幫助他的只有盟友利比亞的領導人穆阿邁爾·卡扎菲。應阿明的請求，卡扎菲派遣了約2,500人的軍隊去援助阿明政權，還順帶提供T-54和T-55型坦克、BTR步兵戰車、BM-21型喀秋莎火箭炮、大炮、米格-21戰鬥機、Tu-22戰略轟炸機等武器。但是利比亞軍隊很快就發現，在戰爭中，他們永遠位於前鋒，而他們背後的烏干達軍隊卻用利比亞外援來的卡車來運送掠奪來的財富不斷撤退，甚至參加入起義軍的行列。
盧卡雅戰役
利比亞派遣軍是由利比亞常規軍事人員、“人民義勇軍”以及利比亞資助的泛撒哈拉武裝伊斯蘭軍團組成的。此時，坦桑尼亞聯軍向北推進，直逼坎帕拉，但是盧卡雅北部的沼澤令他們不得不卻步。坦軍決定派201旅直接越過沼澤地區，爲了以防行動的失敗，同時派遣裝備較好的208旅移向西南，向沼澤的西邊方向前進。而一支裝備有15輛T-55坦克、幾十部步兵戰車和BM-21火箭炮的利比亞精銳部隊在3月10日乘機在盧卡雅攻擊坦軍201旅，201旅潰敗，被迫分散撤退。不過利比亞軍暫時的勝利未能得到延續。3月11日—12日，重新彙集的坦軍201旅和208旅兵分兩路，從南面和西北面向利比亞軍發動反擊，大獲全勝。此次戰役利比亞軍隊損失慘重，分崩離析，落荒而逃。
