在傳統歷史觀點中，岡比西斯二世一直以瘋癲暴戾聞名。他的殘暴統治導致帝國各地怨聲載道，所以當篡位者振臂一呼，整個帝國都背叛了他。貝希斯敦銘文裏更是描繪了一個在四面楚歌中絕望自殺的暴君形象。然而隨着考古發掘的地下資料不斷出土，許多關於他殘暴瘋癲的歷史記載都變得不再可信， 也許他的惡名昭彰並非空穴來風，但可以確定的是，他基本繼承了其父居魯士大帝對被征服民族寬厚包容的政策，被征服地區的風俗習慣、宗教信仰都得到了相當程度的尊重。
軍事方面
岡比西斯二世在繼承波斯王位之後，先後征服埃及、昔蘭尼和利比亞等地，成功將波斯帝國的版圖擴張至北非，希臘人與埃及人有利可圖的貿易活動，也從此掌握在波斯人的手中，從此時起希臘商人開始活躍在波斯帝國境內。 值得一提的是在他統治末期組建的波斯宮廷禁衛軍後來經大流士整編之後成爲橫掃整個帝國戰無不勝的萬人不死軍，立下過赫赫戰功，一直是波斯軍隊的核心力量。不死軍於大流士三世時期逐漸沒落，後來在反抗亞歷山大大帝入侵的高加米拉戰役中全軍覆滅，存在了近二百年。
身後污名
居魯士大帝雖然征服了世界，但是他從未忘記自己的根基，所以人們愛戴他，並將他稱爲人民的"父親"，但是岡比西斯二世卻截然相反地被貼上"暴君"的標籤，以一個殘忍暴戾的形象被後人所銘記。有很多流傳至今的奇談怪論被用來證明他的野蠻:他兇殘地殺掉自己的親兄弟，他與自己的姐妹亂倫，他把斟酒人當箭靶射死，他將12位貴族頭朝下活埋。征服埃及之後他下令挖出雅赫摩斯二世的木乃伊焚燒泄憤，他還殺死了阿庇斯聖牛，並因此受詛咒發瘋。
然而，現代學者根據考古發掘出土資料所勾勒出的岡比西斯二世的形象卻與傳統記載大相徑庭。首先，他殺死兄弟的記載歷來受到學者的質疑，至今仍是具有極大爭議的公案。其次，在對遺傳生物學尚無概念的古代，他迎娶自己姐妹的近親婚姻行爲並非個例，而在波斯、埃及等古代宮廷中也曾多次上演，有時是爲了保證王室血統的純正，有時則是爲了鞏固王權地位。
古埃及的阿庇斯聖牛崇拜擁有久遠的傳統，可以追溯到早王國時期，而岡比西斯二世最有名的暴行則是殺死在埃及人心中地位崇高的阿庇斯聖牛。1853年，這頭據稱被岡比西斯二世所殺的阿庇斯聖牛墳墓在距離孟斐斯不遠的塞加拉城(Saqqara)被考古學家發現，墳墓中的發現爲這位蒙冤兩千多年的帝王洗刷了冤屈。這頭聖牛大約死於公元前524年的9月，此時的岡比西斯二世正在遠征埃塞俄比亞的途中。得知聖牛去世的岡比西斯下令，按照埃及的習俗爲聖牛遺體塗油並虔敬地加以安葬。在灰色花崗石做成的宏偉石棺上，刻有岡比西斯二世向聖牛行禮的浮雕，並使用了埃及皇家傳統的頭銜:"上下埃及之王、拉神的後裔岡比西斯"。根據銘文後半段中的描述，從遠征歸來的岡比西斯二世親自參與了聖牛遺體的防腐工作並主持了聖牛的葬禮。
在梵蒂岡博物館中收藏着一座被稱爲Naoforo Vaticano(梵蒂岡神龕)的石制雕像，它的原主人是一位名爲烏加霍列森尼(Udjahorresne)的埃及貴族，它大約在大流士一世三年即公元前519年被供奉在賽斯城(Sais)的奈特女神神廟中，遍佈其表面的象形文字銘文是這位埃及貴族於大流士年間寫下的自傳。儘管烏加霍列森尼在自傳中有鼓吹自己的嫌疑，但在評估波斯人有關埃及的政策時，這仍是一份寶貴的資料。烏加霍列森尼既是賽斯城奈特女神神廟的祭司又是埃及海軍艦隊的統帥，在波斯大軍高歌猛進的時候，他背叛性地向波斯人臣服。他描述了波斯人的入侵對埃及造成的破壞以及當他向岡比西斯二世懇求時，岡比西斯二世是如何糾正並約束這些行爲的。對戰敗國的掠奪是所有古代近東文化中的勝利者的特權，與這片土地原來的主人亞述人相比，波斯人的勝利無疑是溫和的。他還記述了岡比西斯二世爲報復波斯使者被殺而處死2000名埃及人的事情，但他緊接着便強調"任何以前的國王都會這樣做"。 這篇自傳寫於大流士年間，此時已經沒有任何壓力會迫使他爲前任波斯皇帝說好話，因爲在許多現代學者眼中，抹黑岡比西斯二世歷史形象的嫌疑人之一便是當時在位的波斯皇帝大流士一世，擁有一個殘暴的前任君主顯然對他以王室旁支身份即位的合法性極爲有利。
神祕死亡之謎
岡比西斯二世在揮師回國平叛途中神祕死亡，死因一直衆說紛紜。
根據古希臘歷史學家希羅多德(Herodotus)的記載，冒充巴爾迪亞的高墨達派了一名使者到埃及，岡比西斯二世在向此前派去殺死巴爾迪亞的部下確認了巴爾迪亞確實已死之後，懷疑篡位的巴爾迪亞是一位冒充者。怒火中燒的他在着急上馬的時候，佩刀刀鞘的扣子鬆掉了，於是刀刃刺傷了他的大腿，所傷的位置和當初被他殺死的阿庇斯神牛的傷口一樣，而他受傷的地方也正是他當時殺死神牛的地方。大約二十天之後，骨頭壞疽、大腿腐爛的岡比西斯二世去世了。
根據古希臘歷史學家克特西亞斯(Ctesias)的記載，在岡比西斯二世即位以後，和巴爾迪亞有過節的Sphendadates在岡比西斯二世面前進讒言，導致岡比西斯想殺巴爾迪亞但是又猶豫不決，而和巴爾迪亞相貌相似的Sphendadates表示可以頂替冒充巴爾迪亞，這樣就沒人可以知道巴爾迪亞已死。於是岡比西斯殺掉了巴爾迪亞，而這位Sphendadates冒充巴爾迪亞成爲了總督。五年後，岡比西斯的一次意外受傷導致了他在十一天之後去世，冒充巴爾迪亞的Sphendadates隨即宣佈自立爲王。
1835年英國學者羅林生在伊朗克爾曼沙汗省發現了波斯皇帝大流士一世在位時所立的石刻，這就是著名的貝希斯敦銘文。銘文使用古波斯語，埃蘭語，阿卡德語三種語言的楔形文字刻在貝希斯敦山的一片峭壁上，銘文的上方是一幅描繪大流士一世擒獲十位叛亂首領的巨幅浮雕。高大的大流士將高墨達踏在腳下，從左至右十名囚犯雙手被縛，頸繫繩索，愁眉苦臉。銘文的內容詳細敘述了大流士平定叛亂的過程，其中提到岡比西斯二世在歸國途中得知篡位者已經得到了整個帝國的承認，感到大勢已去的他在絕望之中選擇了"自殺"。 而在這個通常被釋讀爲"自殺"的地方，大流士使用了一個非常奇怪又委婉的口吻可以被蹩腳地直譯爲:"由於他自己而死掉了"。這不由讓人覺得，很可能岡比西斯二世並非簡單地死去了，但是由於某種特殊的原因，使得大流士無法講出詳細的實情而一定要使用奇怪的口吻來強調他是"由於自己"而死掉的。 一些現代學者認爲，身爲王室旁支的大流士一世在繼承王位後，爲了粉飾自己即位的合法性篡改了歷史。 岡比西斯二世很有可能是被大流士謀殺的，其謀殺的手段可能極其隱祕使得大流士可以推卸掉責任而去強調他是"由於自己"而死的。當然也有人認爲岡比西斯二世有可能是被一位巴爾迪亞派來的支持者刺殺。
