1571年(元龜2年)
在這一年裏，信長的本陣基本沒有參與對石山御坊的攻擊戰，而雜賀衆也沒有什麼攻擊的動靜。當時的信長非常的繁忙，除了最爲重要的討伐淺井·朝倉及三好勢的作戰以外，還要應付屬於本願寺勢力的伊勢長島的一向一揆的攻略。爲了報去年弟弟織田信興被殺的大仇，信長於5月12日發動了5萬軍勢出陣，對付長島一向一揆。但是，信長髮動大軍的結果是以信長在僅僅4天后的大敗而告終，在這一戰中，猛將柴田勝家負傷，被稱爲"美濃三人衆(安藤守就、稻葉一鐵、氏家卜全，舊齋藤家家臣)"之一的氏家卜全擔任殿軍討死。16日，信長的軍隊逃回了岐阜。(第一次長島攻擊戰)
8月18日，信長開始發動對近江淺井長政的居城小谷城的攻擊，同時於9月12日向阪本進軍並發動攻擊。同時，發生了歷史上著名的，到現在仍然引起了許多爭論和推論的"延歷寺燒討事件"，在燒討事件中延歷寺的根本中堂、大講堂及裏坊等許多地方都化爲灰燼，當時山上的火光從京都都可以看到。(延歷寺燒討)
1572年(元龜3年)
由於接受了將軍義昭的懇請，甲斐國的武田信玄從甲府出陣，發動了25000軍勢，應援石山本願寺及淺井·朝倉聯軍。武田軍進入遠江國，很快攻下了二俁城，兵臨家康的居城浜鬆城，於12月22日在三方原與德川軍交戰，以家康的大敗而告終，史稱"三方原合戰"。
這一年的雜賀衆在石山御坊周邊沒有發生什麼戰鬥，信長則於4月以大兵力向上阪地方進攻，本願寺 向紀州的門徒衆發出了上阪參戰的邀請，5月雜賀湊衆從四國的阿波渡海蔘加了這場名爲"紫雲之亂"的戰役。11月，本願寺與織田信長雙方之間達成和解。
1573年(元龜4年、改元天正元年)
將軍義昭與信長之間，不斷地舉兵、和睦。信長威壓二條城，7月18日逃亡槙島城的義昭，與信長再度和睦，但不久就被再度追放出京都，室町幕府正式滅亡。8月20日，信長勢攻擊越前朝倉義景，義景在賢鬆寺自殺，之後信長勢回軍攻擊近江的淺井長政，8月28日長政在小谷城自殺，直到這一天，信長才將長年的宿敵淺井·朝倉消滅。(一乘谷合戰)同年，兵臨家康的居城浜鬆城，在三方原大敗德川軍的武田信玄，於4月12日病死。
9月24日，消滅了宿敵的信長開始着手對付另一個敵人，再次伊勢長島出陣，攻擊並消滅了一向宗徒佔據的門徒末寺。(第二次長島攻擊戰)
1574年(天正2年)
正月，越前爆發一向一揆，歸於本願寺的支配之下(當時的越前與加賀一起被稱爲"百姓的天下")，越前朝倉氏滅亡，豐臣秀吉作爲支援而出陣，3月28日，信長派遣3000人赴奈良進入東大寺的正倉院，切取了正倉院的名香"蘭奢待"，以此向天下顯示威勢。
4月2日，本願寺顯如再次在石山本願寺舉兵對抗信長。本願寺方面的下間賴廉等，與石山御坊周邊的雜賀衆依靠在上阪方面防備信長的雜賀衆發起了大騷亂，三好康長也趁機在河內國的高屋城舉兵作爲聲援。4月3日，信長被迫在石山御坊佈陣，當時戰鬥打響不久後信長就回到了岐阜。
一時回到岐阜的信長，於7月13日爲了討伐伊勢長島繁榮一向一揆再次出陣，逼迫控制各個根據地的願政寺門徒衆，一共發動了7萬大軍。9月29日，一揆勢以和平的要求降伏，兩萬人被燒死，九鬼嘉隆的水軍在作戰中相當活躍。(第三次長島攻擊戰)
被追放出京都的將軍足利義昭，向本願寺及安藝的毛利氏發出了舉兵的催促，同時向雜賀的鈴木孫一發出了出兵的邀請。當時的孫一接受了邀請。10月6日義昭的家臣真木島昭光從雜賀帶回了禮貌的回信(真乘寺舊藏文書)，當時的回信上醒目地註明着"鈴木孫一"的名字花押。而由1534年開始計算，當時的孫一年齡應該在40歲上下，相當的年輕。
1575年(天正3年)
4月21日，武田勝賴聯結了德川家康家中的家臣大須賀彌四郎作爲內應，由甲斐出陣，攻打三河國的長筱城。當時在岡崎的信長接受了家康家中的鳥居勝商(據說很有名氣，是個忠勇誠實的武將)的救援邀請。5月21日，信長·家康的聯軍打破了武田軍對長筱城的攻擊。(長筱城合戰)
在戰鬥中，信玄以來的名將，武田氏的重臣馬場信房、山縣昌景等人紛紛戰死，鐵炮的威力在戰鬥中發揮得淋漓盡致。當時的信長採用的就是天下聞名的"三段式裝填法"(即第一排攻擊，第二排準備，第三排裝填，三段如此循環，使得鐵炮一直處於對敵射擊的狀態)。另一種說法是當時負責鐵炮的是信長的僱傭軍團，孫市率領的雜賀鐵炮衆，使得鐵炮發揮了強大的威力。但是，無論如何，信長在戰役中使用的"防馬柵"和"三段式裝填法"的組合，確實屬於出衆的戰術，而能夠想出這個戰術的信長，也確實可以被稱爲天才。而當時信長手中的鐵炮衆，則是近江的國友村(原淺井家的領國)的國友鐵炮衆，當時的鐵炮隊長是佐佐成政。
8月，信長平定了越前、加賀方面的一向一揆，有三萬到四萬左右的一揆勢被誅滅。這些一揆勢的被誅滅使本原寺顯如也不禁發出哀嘆，於8月22日向紀州的門徒衆下達了"籠城死守"的命令書。10月21日，顯如向信長髮出了和睦的請求，得到了信長的認可。11月4日，信長拜領了大納言、右大將的官位。
1576年(天正4年)
2月23日，由丹羽長秀負責監督營造的，天下聞名的近江國安土城的本丸修築完成，一座堅城佇立在琵琶湖畔，信長於同日移居進入安土城。安土城的建造完成和信長"天下布武"的思想的宣佈，標誌着信長開始向天下散播着"天下統一"的強烈意志。
4月14日，本願寺顯如與將軍足利義昭、毛利輝元等再度會面後，在攝津國的石山本願寺舉兵對抗信長。明智光秀、荒木村重等向一揆勢發動攻擊，同時信長本身也出兵(時間大約爲4月29日)。當時信長勢的作戰計劃是，將木津砦與石山御坊之間的聯絡截斷，同時控制木津川河口，切斷敵人的補給線，同時確保在大阪灣的制海權。
這份作戰計劃定於5月3日起實行，但是由於信長勢中的本願寺門徒衆在事前將計劃泄露給了本願寺勢，使得這份作戰計劃以失敗而告終(佐武伊賀働書)。之後的戰役情況相當的混亂，由於孫一的奮戰導致了信長勢的總崩潰。鈴木孫一等在三津寺將信長的部隊擊破，包圍了信長勢籠城防守的四天王寺(《佐久間軍記》中記載的是鈴木孫市的名字)。5月7日在攝津國的四天王寺附近展開了激戰，當時的雜賀衆激烈地攻擊信長，甚至使信長的腳負傷。此時的真僞還無法確定，但信長受傷的可能性相當地大。之後，織田勢獲得了雜賀孫市的首級(言繼卿記)，令士兵的士氣大振。因爲當時雜賀方的兵力被稱爲"馬上百駒、鐵炮千挺"而他們的鐵炮大將"的場源四郎、即孫市"受到了"紀伊國中最強的指揮官"的極高評價(真鍋真入齋書付)。
5月9日雜賀孫市的首級被傳送到京都以示衆人(言繼卿記)。6月6日，鈴木孫一等人與佐久間安政交戰。6月28日，本願寺勢方面通過雜賀衆希望得到毛利氏方面的兵糧補給。之後，鈴木孫市向播州進發(毛利元就記)，孫一則留守穩定大局。
7月13日，奉毛利輝元的命令，部將兒玉就英("川內衆"，毛利的直屬水軍指揮)率領村上武吉(村上水軍)及其他的能島水軍、來島水軍等前來支援石山本願寺並運送兵糧，攻擊攝津的木津川口。在獲得了雜賀水軍(雜賀除了鐵炮衆以外，還有海賊衆，都屬於僱傭軍性質)的支援後以信長的九鬼嘉隆爲主力展開了水軍的激戰。毛利水軍成功地擊破了織田水軍，將兵糧送入城中。(第1次木津川口海戰)從毛利氏方面獲得了兵糧補給後的鈴木孫市也返回了(藝後三家志)。11月5日本願寺請求鈴木孫一等前往上阪。
在這一年，雜賀衆的內部由於相互對立，開始出現分裂的跡象。
1577年(天正5年)
2月13日，信長以紀伊的畠山貞政與雜賀衆、根來衆相呼應舉兵的契機，與嫡男織田信忠(幼名奇妙丸，母親是生駒方)一起出陣紀州雜賀。
雖然在前年內部發生分裂，但是雜賀衆的本家以及雜賀三組(中鄉、社家鄉、南鄉)與紀州的根來寺的杉之坊衆依然還是聯手進軍。2月16日，信長的先頭部隊到達了泉州(和泉國)的貝冢並在泉州的貝冢構築了本陣，逼迫雜賀衆撤退。2月22日信長的部隊突破了孝子峠到達了中野城附近，並於2月28日攻落了雜賀衆的支城中野城。3月1日，信長的部隊包圍了鈴木孫一的居城。3月15日，以孫市(鈴木孫一)等爲首的雜賀衆向信長交納了請降書投降。3月21日，織田信長從雜賀撤兵。之後雜賀衆中的親信長派與反信長派之間開始出現激烈的對立抗爭現象。8月6日，鈴木孫一等人與親信長派的雜賀衆交戰，攻陷了名高浦的日方城。10月11日，本願寺再次請求鈴木孫一等前往上阪。
信忠與守將一起以中野城爲據點防守周圍並征討各處，逐漸將各處完全平定，據說出陣的總兵力竟達到了15萬人左右。主要的原因是因爲雜賀中不是那麼容易被平定的。雜賀衆之間有着很強的凝聚力，而且很勇猛。3月21日，信長返回了安土城。10月10日，鬆永久秀父子在信貴山城受到織田信忠的攻擊而自殺。10月23日，羽柴秀吉的中國攻略軍從京都出陣。
1578年(天正6年)
這一年的正月，織田信長向攝津國的石山本願寺發出了攻擊的佈告，3月15日下達了全軍出動的命令。4月4日，織田信忠向石山本願寺發動了攻擊。雜賀衆在起初協助本願寺方參加防守，形勢開始逐漸出現不利的局面。
而先前在木津川口海戰中大敗的九鬼嘉隆，則奉了信長的命令建造鐵甲船，並最終完成，於6月26日與雜賀水軍交戰，並將其擊破。9月24日，本願寺顯如顯示出衰敗的跡象，本願寺勢向紀州的門徒衆請求千挺鐵炮的救濟(本願寺文書)。11月6日，織田水軍與毛利氏的援軍在木津川口再次交戰，九鬼水軍以6-7艘鐵甲船爲主力艦組成艦隊，而毛利方則出動了600餘支西國的戰船，經過激戰，九鬼水軍終於大獲全勝。(第2次木津川口海戰)經過這場海戰，石山本願寺方面對毛利氏方面支援的希望徹底斷絕。
當年的11月荒木村重謀反信長，作爲應援鈴木孫一進入了攝津的有岡城。上杉謙信、山中鹿之介沒。
1579年(天正7年)
1月攝津有岡城的鈴木孫一出城進入了攝津花熊城。9月2日荒木村重逃亡尼崎。12月3日本願寺召集雜賀的年寄衆召開了重要的，準備與信長講和的會議。5月11日，安土城的天守閣完成，織田信長移居入內。這一年信長允許基督教的宣教師Organtino在安土建立了基督教的教堂。軍師竹中半兵衛沒。
1580年(天正8年)
1月17日播磨的三木城被羽柴秀吉攻陷，城主別所長治自殺。
3月5日，權中納言權修寺晴豐等，受勅命爲本願寺與織田信長之間的和睦的交涉而奔走，最終達成了以本願寺顯如退出石山本願寺爲條件的和睦約定。(石山合戰即告終結)
