石原莞爾生於日本山形縣鶴岡市，其父石原啓介曾任鶴岡市警察署署長，用“武士道”精神教導石原莞爾要勇敢而不懼艱險，優越的家庭環境(在當時的日本農村，警察署署長是當地吃皇糧的大官)也使年幼的石原養成不信邪，不畏權勢，頤指氣使的作風。石原莞爾信奉“日蓮教”，是田中智學的忠實信徒。
1904年，仙台陸軍地方幼年學校。
陸軍幼年學校有一門作業是寫生，每星期的交兩張寫生，目的是爲了打好將來的作戰繪圖基礎，所以日本陸軍將領大都畫得一手好圖。
邊上還有一行字：“我的寶貝，畫於廁所，十月一日”。
老師一看，怒不可遏。堂堂陸軍幼年學校居然有人畫這種淫畫，還敢當作業交。這種混蛋學生不處分如何了得?
但是教員會議討論的結果是：“15歲的小孩子，偶爾惡作劇一下也沒什麼，而且也應該鼓勵這種大膽的做法”。到底這個“大膽”是什麼意思也沒人弄得清楚，反正那個繪圖教員是一怒之下拂袖而去，而這位“大膽”的學生沒有受到任何處分。
幾十年以後人們回憶起這件事時，總是很惋惜地說：“如果當時仙台陸軍幼年學校開除了那個小孩，以後的亞洲歷史可能就會改寫”。
爲什麼?哪個小孩是誰?不是別人，就是那個大名鼎鼎，策劃了“滿洲事變”(日本人對9.18事變的稱呼)，建立了滿洲國，拉開了“十五年戰爭”序幕而後來又自告奮勇當戰犯美國人都不理的石原莞爾。
其實石原莞爾的出名，還倒不是因爲他策劃了“9.18”，而是在1936年“綏遠事變”的時候，當時已經榮升參謀本部戰爭指導課課長的石原莞爾大佐11月20日飛到現場想阻止，被武藤章(陸大32期，甲級戰犯)調侃了一句：“石原桑，我們只不過是在重複先輩在滿洲幹過的事情，有什麼不對嗎”，這纔出了名。
求學
1902年，進入仙台日本陸軍地方幼年學校，1905年轉入日本陸軍中央幼年學校。1907年，進入日本陸軍士官學校。1905年，以第21期步兵科第6名的成績畢業。
1920年4月，被派往駐漢口的日軍華中派遣隊司令部，用一年多的時間考察了中國湖南、四川、南京、上海、杭州等地，蒐集政治、經濟和軍事情報，形成“大陸擴張”侵略戰略思想，總結出了對付中國軍閥的辦法——“比起武力會戰，收買、宣傳具有更大的價值”。
稱爲“7號”
1902年進入仙台陸軍地方幼年學校第六期學習，以第三名的身份畢業，在此學習過程中，石原博覽羣書特別是歷史、哲學以及人物傳記，尤其是喜歡讀拿破崙的相關書籍，在考試時他總是以最簡潔的語言完成答題(與他人剛好相反)，由於太多的與衆不同，石原在同學們的眼中也是一個另類，被稱爲“7號”(精神病患者之意)，當時的學習分爲學科(理論知識)和術科(體育，馬術，軍事技能等)，石原在學科上往往能輕鬆拿到高分，而在術科上成績一般，這與他身體素質不出衆有關。
選擇步兵
供幼年學校畢業生們選的科目有騎兵，步兵，炮兵和工兵。其實日本陸軍當時還有輜重兵，但是日軍內部有句俗話：“輜重要是也算兵，蜻蜓也能算老鷹”，所以幼年學校畢業生不當輜重兵的，日軍的集團搶劫習性其實是來源於這種輕視補給的傳統。在沒有航空兵的時代，各兵種中最讓這些十來歲的小孩子們神往的就是揮舞馬刀縱馬馳騁的騎兵了。但石原莞爾沒有選擇騎兵，選擇的是步兵。因爲通過閱讀各種書籍，石原已經開始形成了將來的作戰是在中國大陸的想法，雖然這個想法還是剛剛露頭，還沒有完全成熟，但石原已經感覺到了未來大陸作戰的主力是陸軍，是步兵。
與師長關係惡劣
1907年畢業後，石原進入步兵第32聯隊當士官候補生，並於當年12月進入日本陸軍士官學校學習，並以第21期步兵課第6名成績畢業。(其實石原是第三名，但因爲與老師的關係惡劣，被評定爲第六，而前五能拿到天皇御賜的銀懷錶，後來石原被問及爲何在陸軍大學拿到第二時，石原的回答是“陸大沒有品行分”。)
陸士畢業後重回第32聯隊，但與聯隊長關係不佳，在成立第63聯隊時，被推薦去63聯隊任職。
1915年考入日本陸軍大學，1918年以第2名的成績從陸大第30期畢業(實際上是第1名，由於在學習時過於狂妄自大，與老師關係不佳，故被剝奪了取得第一的資格)。石原人非常聰明。當時陸軍大學校的功課是相當重的，學員開通宵做作業是常事。可石原永遠好像是無所事事，吃了飯就到處串門。石原特能侃，所以大家對他是又喜歡又討厭：喜歡聽他侃大山，但是一聽他侃大山，作業怎麼辦?但石原就是這樣輕輕鬆鬆地以次席的成績畢業。
愛攝影
1922年7月赴德國留學，在此期間愛上了攝影，購買了一整套設備。軍刀和照相機是石原一生的愛好，後來現存很多918事件歷史照片都是石原親自拍攝的。
退役後的石原莞爾回到了他的故鄉山形縣的鶴崗。在東條英機派來的憲兵的監視下，繼續搞他的“東亞同盟”，發表反東條言論。因爲“滿洲事變的英雄”和“前陸軍中將”這兩頂光環，憲兵們除了監視之外，也不敢直接對石原莞爾有什麼不恭敬的行爲。
1941年12月8日，東條內閣開始了太平洋戰爭。石原莞爾的評論是：“如果說這場戰爭需要1萬元的話，英美實際上有100萬元，而日本只有1千元，這種差異只能用戰略來彌補，而不能用什麼‘化不可能爲可能’的口號來彌補。在戰略上除了尋找敵方的弱點之外，還必須認識到我方所擁有的條件，戰法，戰士，特定兵器及其他戰爭手段的優點，只有依靠這些優點才能擴大敵人的弱點。軍當局在第一階段作戰計劃完成的現在提出下一階段的戰爭計劃，這個戰爭計劃必須包含必要的生產增強數量和實行的手段方法及其可能性。”但是這時候已經不可能有人聽得進石原的話了。戰爭的進程一步步印證着石原的說法，以致來監視他的很多憲兵都成了他的信徒。
石原莞爾之死
由於石原莞爾在關東時曾被自己所配軍刀捅中襠部，導致尿道口撕裂，長期尿血引發膀胱癌。1949年8月15日，石原莞爾因膀胱癌病死家中，終年60歲。
從村內的中學退學
1902年9月，入學仙台日本陸軍地方幼年學校
1905年9月，轉學東京日本陸軍中央幼年學校
1907年6月，授銜士官候補生，加入日本陸軍第32聯隊
1907年12月，入學日本陸軍士官學校
1909年5月27，日日本陸軍士官學校畢業(第21期)
1909年12月25日，日本陸軍步兵少尉，進入步兵第65聯隊
1910年4月在春川的日本軍隊中駐紮
1913年2月，晉升步兵中尉
1915年11月，入學日本陸軍大學
1918年11月，日本陸軍大學校畢業(第30期)
1919年4月，晉升步兵大尉，任步兵第65聯隊中隊長
1919年7月，調入日軍教育總監部
1920年4月，調入華中派遣隊司令部，加入頃國柱會
1921年7月，任日本陸軍大學教官
1922年7月，赴德國留學考察
1922年9月，駐德國
1923年2月，到達柏林
1924年8月，晉升步兵少佐
1925年10月，任日本陸軍大學教官
1928年8月，晉升步兵中佐
1928年10月10日，調任關東軍作戰主任參謀
1931年9月18日，策劃發動了九一八事變
1931年10月5日，任關東軍作戰課長
1932年8月8日，晉升步兵大佐，調入日本陸軍兵器本廠(曾作日內瓦會議隨員)
1933年8月1日，調任仙台步兵第4聯隊長
1935年)8月1日，調任參謀本部作戰課長
1936年二?二六事件期間任戒嚴司令部參謀兼務，處理事變
1936年6月19日，調任參謀本部戰爭指導課長
1937年1月7日，調任參謀本部第1部長
1937年3月1日，晉升日本陸軍少將，任參謀本部第1部長，盧溝橋事件爆發後，主張“不擴大方針”; 9月27日轉任關東軍副參謀長
1938年8月18日，兼任滿州國日本大使館日本陸軍武官
任關東軍副參謀長期間，就滿洲國的統治方式跟關東軍參謀長東條英機發生矛盾，被調回日本國內
1938年12月5日，調任舞鶴要塞司令官
1939年8月1日，晉升陸軍中將，調任留守第16師団司令部
1939年8月30日，調任第16師團長
1941年，被參謀總長東條英機罷免職務，3月1日起等候命令，8月31日被轉入預備役
在立命館大學任教授教國防學
1946年，移居山形縣飽海郡高瀬村(今遊佐町)
1949年，8月15日死亡
