日軍在戰爭初期所獲的勝利超出了他們最樂觀的估計。受此鼓舞，1942年春，日軍大本營籌劃採取進一步軍事行動，以擴大山本五十六大將原來設想的防禦圈。日軍策劃在中國和東印度發動戰役，計劃入侵阿留申羣島，甚至打算進攻澳大利亞，佔領夏威夷羣島。其中幾個新的冒險行動奏效了，6月，日軍佔領了阿留申羣島中的阿圖島和吉斯卡島，但是日軍很快發現，他們的兵力太分散。1942年4月18日，美國航空母艦“大黃蜂”號潛入距日本海岸不到960公里處，詹姆斯·H 杜立特中將率領16架B-25轟炸機空襲了東京、名古屋、大阪和神戶。雖然杜立特的轟炸機給日本人造成的難堪多於實際損害，但是兩個月後的6月初，在山本五十六大將駛向他一直覬覦的中途島，以便把它作爲發動對夏威夷的軍事行動的基地時，一支未曾預料到的美國特遣部隊的猛烈襲擊使他損失了四艘不可替代的航空母艦。隨後，1942年夏，美國艦隊在瓜達爾卡納爾島登陸。新年之夜，在經過幾個月艱苦的叢林作戰之後，日本人決定從島上撤退。日本海陸軍發現，他們已經轉入守勢，這比他們所想的要快得多。比他們可能想象到的更可怕的是，戰爭的殘酷很快就要落到日本人民身上。
到1943年初，日本在珍珠港事件前的設想顯然已經偏離期望，英國沒有落入德國之手，事實證明美國人意志並不薄弱，也不像希望的那樣傾向於談判。更重要的是，美國的工業沒有因其資本主義的倫理道德而失去生機，它以令人吃驚的敏捷對打一場世界大戰的挑戰作出了迴應。在1940年至1942年之間，美國的國民生產總值增長了1/3多，政府軍費開支從佔國民生產總值的17%飆升至30.5%。雖然日本的經濟在戰爭的頭幾年表現還不錯，但是，這個島國陷入了一場與一個生產力遠遠超過它的經濟巨人的力量不均衡的戰爭。石原莞爾關於“中國是個泥潭”的預言說到了點子上，他所認爲的美國在生產上擁有超過日本的能力也是正確無誤的。甚至在第一個全年進行太平洋戰爭的1942年，美國與戰爭有關的製造業就超過了日本。到1945年，美國兵工廠生產的武器是日本的10倍。在兵力上日本也是望塵莫及，美國人將一隊隊飛機、航空母艦、戰艦和潛艇派往太平洋。
1943年，麥克阿瑟發動了對所羅門—俾斯麥羣島和新幾內亞島海岸的進攻，而切斯特·尼米茲海軍上將則利用正在聚集的美國兵力保護中太平洋的安全，採取隔島“蛙跳”戰術，繞過日軍重兵把守的島嶼，襲擊比較容易攻擊的基地，使美國空軍越來越接近關係日本本土諸島和東南亞的生死攸關的航路。1943年，日本帝國海陸軍的日子實在不好過，從瓜達爾卡納爾島撤退時，陸軍損失了一萬多人。4月18日，美國飛行員在所羅門羣島伏擊了山本五十六的座機並使其斃命。5月，在美軍的反擊之下，日本丟失了阿留申羣島。11月，日本在中太平洋最重要的據點塔拉瓦陷落。12月27日，東條英機對議會說：“真正的戰爭現在開始了。”
1944年，美國加緊反攻，日本的內部防線陷於崩潰。初夏，日軍失守塞班島，海軍的430架飛機損失了405架，空中力量遭受重創。這場慘敗結束了東條英機的首相生涯。一段時間以來，在日本核心集團內部，對東條英機作爲首相和戰爭領袖的表現的批評一直在增多。1943年，前首相岡田啓介在給宮廷顯貴的消息中明確警告，要催逼東條英機下臺。對首相來說夠難堪的是，1944年3月25日，在首相官邸舉行的招待會上，反對東條英機的情緒爆發了，衆議院議長高聲要求東條英機爲日本軍隊走下坡的命運“承擔責任”並且“辭職”。某些人在日記裏寫道，鼓掌聲在整個房間同時響起。7月17日，正好塞班島失守的10天后，一些老牌政治家開會，拒絕投信任票給這把“剃刀”。第二天，東條英機便辭去首相職位下臺了。
在老牌政治家的推薦下，天皇任命小磯國昭大將接替東條英機。(參閱表14.4)但是，這個自1942年出任朝鮮總督的老兵，並不比東條英機有更多的成就。塞班島失守後，海軍軍令部長預言“地獄即將襲擊我們”。同年秋天，尼米茲和麥克阿瑟在菲律賓羣島會師。在10月份的萊特灣戰役中，日本海軍在武器和戰術上都遜於美軍，損失了6艘航空母艦。帝國海軍的艦隊被徹底摧毀，曾經驕傲的海軍不再是太平洋戰爭的重要因素。麥克阿瑟實現了自己“回來”的誓言，1945年初派部隊登陸並攻佔了馬尼拉。美軍在菲律賓的勝利，實際上切斷了日本和東南亞的聯繫，使西南太平洋成爲戰略上的死水。現在，美國人開始直取日本，1945年3月佔領硫黃島，1945年4月1日進攻沖繩島。
菲律賓羣島的丟失，預示着日本經濟毀滅性的結果。萊特灣戰役後，殖民地和被佔領地區的豐富資源外流的通道幾乎完全關閉。1942年，油輪曾把東南亞40%的石油運往日本港口，1944年這個數字跌到5%，1945年則爲零。1941年日本進口了510萬噸鐵礦石，1944年只有170萬噸，1945年第一季度只有14 4萬噸運抵日本工廠。沒有了重要資源，製造業的產量下滑。表14 2說明，戰爭最後一年，鋼鐵、機械和化工部門產量急劇下降，由此造成的武器產量的下降(參閱表14.5)使日本軍方茫然失措。這些數字轉化爲戰場上難以克服的劣勢。戰爭期間，空軍成了決定性的毀滅性武器。1943年1月，日本能把3200架做好戰鬥準備的飛機投到空中，與美國的3537架飛機作戰，而到1945年1月，這兩個數字變成了4100∶21908。
美國的攻勢令日本軍方騷亂不安，他們的資源已經衰竭，於是開始鋌而走險，犧牲大批士兵、水兵和飛行員的生命，企圖以英勇無畏但是最終成爲悲劇的方式延緩敵人的推進，或者想以如此駭人的生命代價迫使敵人坐到談判桌邊。從1943年的阿圖島戰役開始，日本士兵便拒絕投降，而是選擇戰鬥到最後一人，軍隊的條令禁止士兵“忍受淪爲俘虜的恥辱”。在塔拉瓦，艦隊的戰鬥口令就是“不做俘虜”，即使有人做了俘虜，他們也希望自己被殺。這種選擇並非沒有理由，查爾斯·林白，駐新幾內亞島美軍的平民觀察家，在他的日記裏寫道，1944年6月26日，在數千名被抓的日本士兵中，只有幾百人倖存，其他人都遭遇了“一場事故”。除了爲了報效祖國和不想在監禁中死去的自然本能，日本軍方的領導階層還依靠要求士兵犧牲的策略。在中太平洋，軍隊司令官放棄海灘，把它們讓給美軍，然後在山區和叢林的據點整頓軍隊。日本士兵挖掘洞穴和地下掩體，一直戰鬥到死。生命的代價對於雙方都是高昂的。在阿圖島，日軍的死亡人數總計達2600人，只有28人被俘。在塔拉瓦，4600名保衛者喪生，只有100人投降。在1944年和1945年的菲律賓戰役中，30多萬日本人戰死。在沖繩島，實際上整個日本駐軍的11萬士兵全部死亡，而美軍17.2萬人的進攻部隊中也有大約5萬人傷亡。
1944年秋，“神風特攻隊”飛行員的出現開始把犧牲式自殺崇奉爲國家的策略。當年10月，大西瀧治郎中將，一位軍需省的高級官員，抵達菲律賓羣島協調對付美軍進攻的準備工作。大西瀧治郎清醒地知道，在飛機的製造上日本處於毫無希望的劣勢，他請求麾下的飛行員志願駕駛負載着炸彈的零式戰鬥機直接衝向美國戰艦。10月25日，24名飛行員身負第一次自殺任務起飛了。他們取得了難以置信的成功，擊沉了一艘美國護航艦，還損壞了其他幾艘。受到這些成果的鼓舞，大西瀧治郎急忙招募更多的飛行中隊，陸軍的飛行部隊也跟着照做。官員們把新的部隊單位命名爲“神風特攻隊”，“神風”意指傳說中1274年和1281年日本的神靈爲了趕走入侵的蒙古船隊而颳起的颶風。
由於海軍的削弱和空軍的衰敗，日本人將“神風特攻隊”自殺式攻擊作爲戰爭最後一年主要的自衛手段。對於遭受嚴重物資短缺的軍隊來說，自殺性的飛行中隊代表了奇蹟即將來臨的機會，在給敵人沉重一擊的大膽嘗試中，他們希望動員日本最後的剩餘資源和青年的戰鬥精神。那些自願成爲特攻隊者的勇敢，閃耀着不可否認的光輝，但是他們的犧牲對於延緩美軍推進幾乎無濟於事。到戰爭結束時，近5000名青年死於自殺性任務，但是他們只摧毀了幾艘戰艦。具有諷刺意味的是，他們最令人矚目的勝利只出現在作戰的第一天，而1944年12月菲律賓海面上真正的颱風對美國艦隊造成的損害，甚至比“神風特攻隊”最猛烈的攻擊還要大。
到1945年，年輕的特攻隊員們感覺到，他們即將面對的死亡不會對戰爭結局有多大改變，其中一些人從幻夢中覺醒，在衝向死亡時對着無線電大聲咒罵他們的部隊指揮官和國家的政治領導人。然而，大多數人給家裏寄送的遺詩和遺書，仍然表達着對家庭、天皇和國家的堅定信仰。這些價值觀在黑暗戰爭的最後一年也支撐着他們的許多同胞。就在出發作最後一次飛行之前，一位年輕飛行員寫信給他的父親說：“日本人的生活實在美好，我爲此驕傲。日本歷史和神話反映了我們祖先的純潔和他們的信仰，我心嚮往之。這種生活是祖先傳給我們的所有最美好事物的集中體現。來自過去的一切美妙事物在現實中的化身就是皇室，它也是日本及其人民的燦爛美好的結晶。能爲保衛這些美好崇高的事物獻出我的生命，是一種無上的光榮。”
另一位年輕人這樣寫道：“在目前艱苦的戰鬥中，我們應該高興地報效國家。我們應該懷着這樣的信念衝向敵艦，即日本一直是，將來也是一個只允許快樂的家庭、勇敢的婦女和美好的友誼存在的地方。”
