儘管國王亨利和約克公爵理查的支持者之間的武裝碰撞之前就發生過，但玫瑰戰爭的主要武裝衝突階段發生在1455年和1485年之間。
1455年5月22日，約克公爵理查領一支小部隊前往倫敦，在倫敦北面的聖艾班斯碰到趕來的亨利六世的部隊。相對規模較小的聖艾班斯第一次會戰是內戰的第一次公開衝突。理查表面上的目的是從亨利國王身邊清除"奸臣"。結果對於蘭開斯特方面是敗仗，他們失去了很多領袖，包括埃德蒙·蒲福。約克和他的同盟重新獲得他們的地位和影響力，一時間兩邊似乎都爲真正進行會戰所震驚並盡力妥協。當亨利再次遭受精神疾病時，約克重新任攝政王，瑪格利特受他保護，在理事會的決策中遭到排擠。
在聖艾班斯第一次會戰之後，1455年的妥協獲得了一些成功，而約克在理事會甚至在亨利康復後保有決定性的發言權。導致衝突的問題會快重新出現了，特別是關於亨利和瑪格利特的嬰兒惠斯敏斯特的愛德華還是約克公爵應該繼承王位的問題。瑪格利特王后拒絕接受任何剝奪她兒子的繼承權的方案，而情況變得很明顯只要約克公爵和他的同盟保持軍事優勢她只能忍受這個情形。亨利在1456年出巡前往中英格蘭，瑪格利特不允許他返回—因爲國王和王后在中英格蘭受歡迎而在倫敦變得更不受歡迎，倫敦的商人因爲貿易的衰退和四處混亂而惱怒。在考文垂建立了朝廷。那時，新的薩摩塞特公爵亨利·博福特接了他父親的班，成爲朝廷上的寵臣。瑪格利特也說服亨利解除約克作爲攝政王的職位，而約克自己被迫返回在愛爾蘭的據點。首都的動亂和南海岸線的海盜活動加劇了，而國王和王后仍然致力於保護他們的地位，王后爲此第一次在英格蘭引入了徵兵制。同時，約克的同盟，沃裏克伯爵(綽號“國王制造者(kingmaker)”)，在倫敦作爲商人階級的衛士越來越受歡迎。
1459年9月23日，隨着約克從愛爾蘭歸來，衝突開始繼續，在斯塔福德郡(Staffordshire)發生的布洛希思戰役(Battle of Blore Heath)中，一支蘭開斯特家族的大部隊沒能阻止索爾茲伯裏伯爵(Count Salisbury)理查·內維爾(Richard Neville)帶領下的一支約克家族的部隊從約克郡的米德勒姆城堡(Middleham Castel)出發並在魯德婁城堡(Ludlow Castle)和約克會師。在蘭開斯特家族在路孚德橋戰役(Batlle of Ludford Bridge)中勝利之後，邊境伯爵愛德華(Earl Edward of Mcrch)約克公爵理查的長子，後來成爲愛德華四世)、索爾茲伯裏伯爵和沃裏克逃往加來(Calais)。蘭開斯特家族恢復了完全的控制，索姆賽特公爵被任命爲Calais的總督。他驅除沃裏克的企圖被輕易挫敗了，約克家族甚至開始在1459–60年從加來發起對英格蘭海岸的幾次突襲，加劇了混亂和動盪的氣氛。
到1460年，沃裏克等人準備好發起對英格蘭的侵入，並很快在肯特和倫敦建立據點，在那裏他們有廣泛的支持。得到一個教皇代表的支持後，他們向北進軍。亨利率軍向南迎擊，而瑪格麗特和愛德華王子留在北方。1460年7月10日的北安普敦戰役(Battle of Northampton)對於蘭開斯特家族是災難性的。沃裏克伯爵理查·奈維爾帶領的約克軍隊，在蘭開斯特家族的叛軍的幫助下，抓住了亨利國王並作爲俘虜帶往倫敦。
調解法案
隨着軍事上的勝利，約克提出了對王位的要求，它基於蘭開斯特家族的非法性。在北威爾士登陸後，他和妻子塞西莉·奈維爾以君王獨有的儀式進入倫敦。國會召開了，當約克進入時直接走向王座，他可能認爲貴族會鼓勵他自己佔據王位就像他們在1399年對待亨利四世那樣。但是，人們被震驚到沉默。他宣佈了對王位的要求，但貴族們，包括沃裏克和薩爾斯堡被他的傲慢所震驚;他們在這個階段沒有推翻亨利國王的企圖。他們的野心還是僅限於清君側。
第二天，約克拿出了詳細的家譜來支持他的要求，基於他是安特衛普的萊昂納爾的後裔，獲得了更多的諒解。國會同意給予考慮並同意約克的繼承權更強;但是，在投票中他們以5票的多數決定亨利繼續爲國王。1460年10月的調解法案達成妥協，它認定約克爲亨利的王位繼任者，剝奪了亨利六歲的兒子愛德華王子的繼承權。約克只能將它作爲最好的條件接受;它給了他所想要的大部分，特別是他被任命爲王國攝政王，可以以亨利之名統治。瑪格利特和愛德華王子被逐出倫敦。調解法案對和瑪格利特結盟的蘭開斯特家族是不能接受的，他們在北方組織起一支龐大的軍隊。
