1856年，太平天國發生內訌，東王楊秀清、北王韋昌輝先後死於內亂，翼王石達開被迫出走，另有約兩萬人喪生，史稱“天京事變”，太平天國也因此由盛而衰。然而，鮮爲人知的是，從太平天國的創立到這次天京事變的爆發，會黨一直扮演着重要的角色。
1843年，四次鄉試均以落選告終的洪秀全決心拋開孔孟之學，宣傳他所理解的基督教教義，並取名“拜上帝教”。次年，洪秀全來到人生地不熟的廣西一帶傳教，結果這種不倫不類的拜上帝教根本沒有什麼信衆。正當洪秀全沮喪之時，在他人的引見下，他拜會了當地有名的“三合會”(清代洪門天地會的一個分支，以反清復明爲宗旨，勢力主要集中在粵東、閩、桂、湘等地)大首領洪大全。
洪大全在三合會內部威望很高。另外，三合會還有一個頗有影響力的人物—石達開。石達開出身廣西一家富戶，家資頗豐，他本人是讀書人，因爲仗義行事，被會衆們稱爲“盧俊義”。洪秀全、楊秀清等人在廣西一帶正是因爲拜上帝教徒不能發展於中等社會，而下層社會又被三合會所把持，所以才希望與三合會大佬洪大全、石達開等相結合，共謀發展。
出於同是反清的目的，又是同姓本家，洪大全同意與洪秀全等結盟，並與其結爲兄弟。可是，三合會信奉的是關公，崇拜偶像;而洪秀全的拜上帝教信奉耶穌，反對偶像，所以兩派根本就是水火不容。儘管如此，洪秀全還是憑藉三合會的影響和勢力，發展了不少教徒，拜上帝教的勢力也越來越大。三合會的會衆多是下層社會的貧苦人，沒有受過什麼教育，相對而言，拜上帝教的教徒知識水平高一些，所以時間一長，兩派矛盾日益加深。只是洪秀全、楊秀清敬畏洪大全、石達開等人，所以拜上帝教纔不敢喧賓奪主。
1851年，洪秀全組織發動了金田起義，並自稱天王，正式扯起了“太平天國”的大旗。而暗中操作和主持這次起義的，正是三合會和拜上帝教兩派的會衆。起義後，洪大全被封爲天德王，位在東、西、南、北四王之上。
此後，太平天國內部一直分爲兩派：廣東派宗拜上帝教，廣西派則是三合會;拜上帝教以東王楊秀清爲領袖，而三合會以天德王洪大全爲領袖。洪大全和楊秀清都是足智多謀且衆望所歸之人，但洪大全的名望要高出楊秀清，楊秀清爲此十分忌恨，但又畏懼三合會的勢力，只好找機會間接除掉洪大全。1852年，太平軍圍攻湖南長沙，楊秀清設計置洪大全於險地，最後洪大全被清兵凌遲處死。
太平天國定都南京以後，楊秀清獨攬大權，經常以教義爲名支配三合會的會衆，甚至因小事杖打北王韋昌輝，幾至不能起。韋昌輝、石達開等人都是洪門會黨，對東王積怨已久。1856年6月，太平軍攻破清軍江南大營後，楊秀清見太平天國形勢大好，便假裝“天父下凡”，逼迫洪秀全封他爲“萬歲”。韋昌輝趁機以楊秀清“有不臣之心，自稱萬歲”爲名，突襲東王府，將楊秀清及其家人連同東王部屬全部殺掉。不久，洪秀全又以濫殺爲名，將韋昌輝處死。石達開知事無可爲，便另圖事業，率領三合會的將士出走。
太平天國由此轉衰，之後僅僅過了八年，湘軍就攻陷了天京(今江蘇南京)，轟轟烈烈的太平天國運動終於宣告徹底失敗。
