“清末四大奇案”是指在慈禧掌權的清朝末年，即同治、光緒時期在中國發生的比較奇特和複雜的四個案件，一般認爲四大奇案爲張汶祥刺馬案、楊乃武與小白菜案、名伶楊月樓冤案、太原奇案。
清道光年間，山西太原陽曲縣有一富商張百萬。富商張百萬勞碌一生辛辛苦苦積累下了百萬家產，可惜他卻膝下無子，只有兩個如花似玉的兩個寶貝女兒：張金珠和張玉珠。
爲了兩個寶貝女兒的生活能夠幸福，在金珠和玉珠很小的時候，張百萬就爲小姐妹倆指腹爲婚安排了結婚對象，都是當地門當戶對的大戶人家。
大女兒順利地按當初指腹爲婚約定的對象嫁了出去，張百萬只操心自己的二女兒玉珠的婚事。當初玉珠指配結婚對象是曹家的公子曹文潢，可世事無常，曹文潢數次科舉考試都名落孫山落榜了，再加上曹家已經大不如前家道中落，根本就沒錢了
原本想靠着和曹家聯姻來發展自己的事業張百萬本，自然不能把自己的寶貝女兒玉珠，嫁給一個朝不保夕的曹文潢。張百萬將其二女改許配與一個姚姓大戶人家，並約定了過門的日子。
張玉珠心中早就對自己的男人曹文璜情有獨鍾，一顆芳心早就係在其身上。當她聽說了父親張百萬將自己另許他人時，她馬上派人通知了曹文璜商議對策。
兩人商議了許久，決定一起出逃私奔，並前往交城縣投靠在交城縣當縣令的友人陳砥節。
兩人商議好後，稍稍收拾了一些細軟，便一起相互扶持着上路出逃。曹文璜和張玉珠兩人知道僅僅依靠自己步行，肯定逃不遠，會被張百萬派人追回，不由得暗暗着急。
曹文璜和張玉珠兩人逃跑路上，途經一間豆腐鋪。豆腐鋪莫姓老漢聽說了兩人的遭遇後，很是同情他們兩人，於是豆腐鋪莫姓老漢借給他們兩人一頭毛驢，幫助兩人快速逃走。
到了約定過門的日子，張百萬才發現自己的寶貝二女玉珠已經失蹤。他根本就沒有想到自己的女兒會和情郎出逃私奔，以爲玉珠可能躲藏在大女金珠家裏。
張百萬帶着人前往金珠家裏，尋找自己的二女兒玉珠。這個時候，他的大女兒正和一名和尚在房間裏做不苟且之事，聽到有人打上門來，金珠慌忙將和尚藏到衣櫃中，並把衣櫃門關了起來。
張百萬進到張金珠房間後，當然沒有找到玉珠，他看到金珠遮遮掩掩的樣子後，又聽到衣櫃中有響動，便理所當然地猜測自己的二女兒玉珠藏身衣櫃內。
他覺得這種醜事不宜多聲張，於是叫下人將衣櫃和衣櫃中的積澱一起擡走。衣櫃擡回家中之後，張百萬將下人支開，打開了衣櫃，不由得大吃一驚，看到裏面藏的是一名已經昏暈過去了的和尚。由於衣櫃門關閉得太緊，空氣不夠，這名和尚缺氧已經昏暈過去了。
張百萬看到這名緊閉雙眼，直挺挺倒在衣櫃裏的和尚，以和尚已死。於是張百萬悄悄替和尚換上二女兒玉珠日常所穿的衣衫，對外揚言其二女玉珠已病死。隨後張百萬設置下了靈堂，祭奠自己的二女兒，悄悄將昏暈過去的和尚當作死人送上了靈堂之中。
後來，這名和尚呼吸到了新鮮空氣，慢慢地甦醒過來，發現自己莫名其妙地躺在靈堂之上，嚇了一大跳，趕緊悄悄從靈堂之上溜了出去逃走了。
這個花和尚穿着女人的衣衫，肯定不方便。他在出逃的時候，經過莫姓老漢的豆腐鋪，於是他在躲在這裏，悄悄地換了一身男人衣服，將玉珠的女子衣衫扔在了豆腐鋪。
這個花和尚原本就和張金珠有來往，被張百萬打斷之後，心裏很不舒服。他從莫姓老漢的豆腐鋪逃出來之後，看到路邊有一個漂亮的婦女，於是他色心又起，上前調戲這個婦女。沒有想到這個婦女是有夫之婦，他老公是一名以殺豬爲生的吳屠戶。
吳屠戶看到自己的老婆被人欺侮，大爲生氣，便提起殺豬刀幾下子就將這名花和尚給殺死了。吳屠戶和他老婆看到自己惹下了人命官司，便兩人合力將這個花和尚給棄屍於村外的一口枯井內。
一個偶然的機會，有人在村外的枯井裏發現了花和尚的屍體並報官，再加上張百萬家的下人，傳出了張家靈堂上的張玉珠屍體失蹤。這兩件事情一時在太原陽曲縣全城沸騰。
陽曲縣令楊重民接到了報案後，馬上下令開堂公審這兩件案件。陽曲縣令楊重民聽人說起，花和尚原來身上穿的張玉珠衣物，在莫姓老漢家開的豆腐鋪發現。
楊重民爲求早日結案，草率將莫姓老漢視爲兇手，並屈打成招，上報刑部以結案。
和張玉珠兩人乘坐小毛驢到交城之後，在交城安頓下來。曹文璜返到太原，打算將毛驢歸還莫姓老漢。他在路上碰到了吳屠戶。原來吳屠戶殺死了和尚後，打算搬往晉祠，途中遇上曹文璜，吳屠戶酒後向曹泄露他爲和尚命案中真正凶手。
曹文璜這才知道了曾經幫助過自己夫婦倆人的莫姓老漢遭到了誣陷。他心急火燎地趕回到陽曲縣替莫老漢申冤，豈料縣令楊重民得悉錯判後，反誣陷曹文璜爲幫兇。
張玉珠的丫環秀香在探監時得知事件真相之後，於是就趕赴交城尋訪玉珠，其時曹文璜和張玉珠投靠的陳砥節，正巧升任山西提刑按察司。
在山西提刑按察司陳砥節的勘察之下，這兩件案子最終才終於真相大白。命案中真正的兇手吳屠戶被繩之以法，而無辜的莫老漢和曹文璜被無罪釋放。
