“文永之役”以後，爲防範元軍再來，幕府進一步採取措施，加強防禦體制：調中國地方(指山陰、山陽兩道)御家人駐守長門，調東國御家人駐守九州，以有戰功者賞相約，動員全國“公家”和寺社裏的非御家人;任命北條一族人爲九州和其他重要國的守護;最後在博多灣沿岸築起堅固石壘。忽必烈在滅南宋(公元1279年)前後，大肆搜刮，進行更大規模的戰爭準備。他又兩次遣使赴日要求朝貢。北條時宗兩次斬殺元使，以示繼續抵抗決心。
弘安4年(公元1281年)忽必烈分兵兩路，一路是從朝鮮派出的東路軍，另一路是從中國江南派出的江南軍。東路軍由忻都、洪茶丘統率蒙、漢、鮮兵4萬人，兵船900艘。江南軍由范文虎指揮10萬人，兵船35000艘。兩路軍約定於6月中旬在壹吱會合。東路軍首先進發，6月初已進入博多灣，佔志賀島。日本武士草野次郎、河野通有等曾多次乘小船主動出擊，雙方互有損傷。7月初，元兩路軍匯合，下旬元軍主力集結鷹島。在元軍即將舉行全面進攻的前夕——農曆7月30日夜，這裏又狂風大作，兵船大部沉沒，元軍僅一小部分得以生還。於是忽必烈的第二次遠征又告失敗。
在幕府領導下日本軍民進行的頑強抵抗及兩次暴風雨對元兵船的襲擊無疑是使日本贏得勝利的主要因素。至於暴風雨，那只是一種自然現象，日本舊史書把這種自然現象說成是“神風”、“八幡宮鎬矢西風”、“天野明神出陣”等等，顯然是無稽之談。
