河中地區是察合臺汗國的統治中心，遷居河中地區的部分蒙古貴族，迷戀城市生活，改信伊斯蘭教，並積極主張突厥化。但有一部分人則反對突厥化，主張保持原有的遊牧生活方式和風俗習慣。這一部分人的主張遭到了木八剌沙的反對。木八剌沙爲了表示對伊斯蘭教信仰的虔誠，不僅在河中地區舉行加冕禮，還把居住在七河流域的札剌亦兒部和巴魯剌思部遷到河中地區，使其很快突厥化。居住在汗國東部(今新疆天山南麓)的蒙古族人仍然保留着本民族原有的生活方式和風俗習慣。
1321年後，察合臺汗國分裂爲東、西兩部分，東部稱爲"蒙兀兒斯坦"，西部稱爲"馬維蘭納兒"。
察合臺汗國分裂後，首先在馬維蘭納兒的統治集團內部發生了爭權奪利的鬥爭，政治局勢陷入混亂。僅從1321年至1346年間，先後有10個汗即位，而且每個汗即位時，都採用謀殺手段。如1322年答兒麻失裏即位後，不僅自己信奉伊斯蘭教，而且強令整個河中地區百姓信奉伊斯蘭教。這一強化政策引起了一部分蒙古統治者的反對，答兒麻失裏的弟弟布罕將其殺死。
隨着察合臺汗國的分裂和馬維蘭納兒的突厥化以及內部紛爭，使察合臺汗國失去了政治中心。爲此，察合臺後裔企圖把蒙兀兒斯坦作爲政治中心，以保障察合臺系的正統統治。但此時的蒙兀兒斯坦已不存在一個爲公衆所承認的察合臺系君主，諸異密決定迎回也先布花，擁立他爲可汗。也先布花自1310年至1320年統治蒙兀兒斯坦。也先布花汗曾遠征河中地區，但未能實現重新統一察合臺汗國之目的就去世了，其子(蒙力克哈敦所生)圖古魯克帖木兒繼承汗位。
圖古魯克帖木兒是統治蒙兀兒斯坦的察合臺後裔中第一個信奉伊斯蘭教的人，在他統治時期，不僅伊斯蘭教得到廣泛傳播，而且還統一了整個察合臺汗國。佔領河中後，將管理權交給了他的兒子亦裏牙思火者，自己則返回喀什噶爾，第二年便離開了人世，察合臺汗國又重新陷入混亂狀態。帖木兒和忽辛(庫塞音)起兵反對亦裏牙思火者，把他趕回喀什噶爾，佔據了河中地區。但是，帖木兒和忽辛又發生了矛盾，在河中地區出現了兩雄相爭、互相殘殺的局面。最後，於1370年帖木兒殺死了忽辛，成爲河中地區的唯一主宰。在蒙兀兒斯坦則發生了哈瑪魯丁的反叛。哈瑪魯丁是播魯只的三弟。播魯只死後，圖古魯克帖木兒將其官位授與了播魯只的七歲兒子忽岱達。哈瑪魯丁乘忽岱達年幼之機，企圖奪取掌管朝政的權柄，但遭到圖古魯克的反對。圖古魯克汗死後，哈瑪魯丁殺死了亦裏牙思火者及其家族成員18人，奪取了汗位。哈瑪魯丁雖勵精圖治，但由於衆異密的反對，使國內紛爭不已，在帖木兒數次襲擊之下，哈瑪魯丁被迫逃往伊利汗國。1388年，帖木兒征服了蒙兀兒斯坦，但只據有天山南路的阿克蘇和喀什噶爾地區。天山北路爲瓦剌部所據。
西部汗
可能是爲了便於牽制察合臺系諸王的勢力的緣故，合札罕從窩闊臺的後裔中擇定答失蠻立爲汗。這是阿里算端之後成爲察合臺汗國之汗的第二個窩闊臺系諸王。這顯示出窩闊臺汗國雖然滅亡，但窩闊臺系諸王仍然有相當的勢力。據阿不勒·哈齊說，答失蠻是海都之子。現將宏達迷兒和阿不勒·哈齊的敘述錄之如下：“迷裏·合札罕選擇窩闊臺合罕之後裔答失蠻爲察合臺兀魯思之汗。這位諸王統治了兩年之後，迷裏·合札罕下死了他”。“迷裏·合札罕把成吉思汗之子窩闊臺之子合失之子海都汗之子答失蠻汗立爲一國之主”。
答失蠻只做了兩年汗，“爲了讓成吉思汗之子察合臺之子抹土幹之子也孫脫之子八剌之子都哇薛禪之子速兒忽代之拜延忽裏之子爲汗，合札罕又殺死了答失蠻汗”。按宏達迷兒的說法：合札罕處死答失蠻之後，“拜延忽裏汗成了察合臺之主。拜延忽裏乃都哇汗之子速兒合禿斡兀立之子”。照此說法，則拜延忽裏爲都哇系諸王。在拜延忽裏之後，由大臣扶立的幾個汗都是都哇系諸王。
合札罕任情廢舊汗立新汗，操縱朝政的作法，必然引起其他貴族的嫉恨。據宏達迷兒記載，有一位“叫火都魯帖木兒的人豎起了反抗合札罕的旗幟，在一次行獵中殺死了他。事成後，他從昆都思之邊跑走”。按作者的說法，火都魯帖木兒娶了合札罕的姐妹。由於蒙古人同一氏族內不得通婚，所以火都魯帖木兒必然是非巴魯剌思族的異密。合札罕死後，其臣屬追至昆都思，殺死了火都魯帖木兒。火都魯帖木兒反抗合禮罕只能採取偷襲的辦法，他殺死合禮罕後立刻出逃，很快又被合禮罕部下殺死，說明以合禮罕爲首的巴魯剌思氏貴族控制了朝政，實力大於割據各地的諸侯。
合札罕死後其子米兒札·烏巴都剌繼承父位，決定以撒麻耳幹爲王都。按宏達迷兒的說法，火都魯帖木兒殺合札罕的時間爲回曆760年(1359)。合札罕在1346年擊殺合贊算端汗至其死，專擅朝政，控制汗位達十三四年之久。烏巴都剌承襲父位後不久，竟因爲貪求拜延忽裏之王妃，殺死了拜延忽裏汗，另立帖木兒沙爲汗。宏達迷兒說得很清楚，帖木兒沙是“在迷兒札·烏巴都剌的意志下登下王位的。”
舍札罕家族的這種玩弄汗位於殷掌的作法，引起了另一支巴魯剌思氏貴族的不滿，他們就是後來帖木兒所源出的那一支巴魯剌思氏。據宏達迷兒記載，就在迷兒札·烏巴都剌操縱朝政時，迷裏·拜延·速勒都思(Bian Seldouz)與哈剌察兒那顏之子也速蒙哥的拍代哈只·巴魯剌思聯合在一起，起兵反抗合札罕家族專擅朝政。他們徵集了一支大軍，向撒麻耳幹開去。帖木兒沙與迷兒札·烏巴都剌聞訊出動，前來迎戰，隨之發生一埸戰鬥，帖木兒沙汗和烏巴都剌被殺。速勒都思氏貴族拜延很快征服了整個河中，自稱爲王。
長期控制朝政的合札罕家族被推翻，帖木兒沙被殺後形成的汗位空缺，把河中之地進一步引向混亂。速勒都思氏貴族拜延，雖然征服了河中，自稱爲王，但按宏達迷兒的說法，他是一個性格柔弱的人，“他醉心於狂飲和對婦女施以暴行，於是混亂潛入了圖蘭許多州的政府。野心和權力的慾望進入了所有人的心和所有人的精神。”在這種情況下，河中各地諸侯紛紛裂士割據。據宏達迷兒記載，哈只·巴魯剌思“在渴石城揭起了獨立的旗幟”。在他的四周，有忽氈的巴也息忒，有巴里黑的速勒都思氏貴族不花，此外在乞不兒罕之地還有諸侯麻哈沒的·火者·阿伯兒地。而合札罕的勢力尚未覆滅，其子迷裏·毛拉之子迷裏·忽辛和迷裏·黑的兒·牙撒兀兒也”已重新聚集了一支大軍，繼續入侵這一地區，並沉醉於充任統帥的迷夢之中”。
實際上，在合贊算端死後的十幾年中，河中之地的大臣擅權只是一種現象，他所反映的實質是，成吉思汗家族對河中之地的統治就要結束了，一個新的朝代將要代之而起。
禿忽剌家族
在十四世紀後半葉，人們可以看到，禿忽剌是突厥斯坦的一個十分重要的部落，但其來源尚不清楚。海答兒在述成吉思汗分封四子時說，在給諸子指定了土地之後，成吉思汗又以同樣方式劃分了軍隊和異密。在劃分中，禿忽剌成了察合臺的份子。察合臺委之以四界察赤、叉力失、亦思寬和撒裏畏兀兒。在此範圍內，有可失哈兒和忽炭。海答兒還說，被置於引地的禿忽剌人是異密巴卜打罕，這一職務由其子孫承繼，直至米兒札·阿巴·巴黑鍛造時。
從禿忽剌這個姓氏來看，在察合臺汗國的初期中和中期，幾乎不過人所知，未見其族中有什麼人起過什麼重要作用。至於卜剌只的祖父兀兒禿不受封於察合臺的說法也是不值一駁的。卜剌只時代上距離察合臺時代時間已逾百年，即使卜剌只的祖先真的受過察合臺的封土，也決不可能是其祖父。可能的情況是，禿忽剌家族在至元末年，元朝放棄斡端、可失哈兒以後，作爲都哇的官吏來到所謂Mangalài Suyah之地，不可能是把整個Mangalài Suyah封給他。因爲當時亦思寬一帶是察合臺系諸王的禹兒惕，拔汗那之地也在察合臺系諸王手中。直至寬闍死後，怯別還曾把斡端之地授予宗王阿里，命他掌管突厥斯坦。海答兒記載的這一傳說，當時在諸侯割據時代，禿忽剌家族爲了表示地位不低於其他諸侯而編造出來的。
不過到了元末，禿忽剌家族成了統治察合臺汗國東部勢力最大的諸侯。這一家族的興起應與巴魯剌思氏的合札罕家族、哈只家族和速勒都思氏的拜顏家族一樣，在答兒麻失裏死後察合臺系諸王爭奪汗位的過程中迅速發展起來。合贊算端汗被弒後，合札罕扶立了答失蠻汗，各地諸侯也紛紛尋找察合臺後裔擁立爲汗，這些被諸侯擁立的汗，被阿不勒哈齊稱作“部落之王”。統治東部的禿忽剌家族也不甘落後，他們也積極物色合適人選，以圖扶立爲汗。卜剌只尋找的禿忽魯帖木兒，並擁立爲汗的背景就是如此。禿忽魯帖木兒所稱之汗，在開始就是這樣一個“部落之王”。瞭解了這個背景，就可以理解元末統治察合臺法國東部的禿忽剌家族大臣卜剌只爲什麼要不辭苦地去尋找察合臺的後裔，並且在找到禿忽魯帖木兒之後，又爲什麼要僞造他是也先不花汗之子，扶立爲汗的這一系列行爲。
1363年，禿黑魯帖木兒死，東察合臺汗國發生內亂，布拉吉之弟卡瑪魯丁奪取了政權，並殘殺禿黑魯帖木兒的子女及眷屬18人。1389 年，倖存的禿黑魯帖木兒的幼子黑的兒火者即汗位，建都於別失八里;1418年，黑的兒火者之孫歪思汗，又把國都遷到亦力把裏(今伊寧市)，所以東察合臺汗國也稱“別失八里國”和“亦力把裏國”。
東察合臺汗國
東察合臺汗國時期，哈薩克族在楚河、塔拉斯河流域形成，成爲中華民族的一員，爲開拓祖國邊疆、發展西域經濟作出了重大的貢獻。
哈薩克族是我國古老的民族。公元前2世紀，生活在伊犁河谷和七河流域的烏孫人，融合了塞種人和月氏人成爲哈薩克族的先世。此外，6—13世紀生活在這一地區的西突厥、突騎施、葛邏祿以及康居、阿蘭、咄陸、鐵勒等部落和部族也融合到哈薩克中。13—14世紀，哈薩克部落處於欽察汗國和察合臺汗國的統治之下。1456年，克烈汗和賈尼別克汗率領哈薩克人在楚河流域建立了哈薩克汗國，都城爲土爾克斯坦城。汗國的建立對哈薩克民族的形成具有決定性的作用。1589年，哈薩克人及其分佈地區分三個玉茲，大玉茲分佈於巴爾喀什湖南部及伊犁河到錫爾河之間的廣闊地區;中玉茲分佈在大玉茲之北，即巴爾喀什湖西北草原地帶;小玉茲分佈在今哈薩克斯坦西部。後來，大、中玉茲服屬於準葛爾部，小玉茲被沙俄吞併。
314年，原本讓位與自己哥哥也先不花的察合臺汗怯伯復位，把國都從阿力麻裏遷至撒馬爾罕，在河中地區提倡農業，實行改革，而也先不花汗則堅持遊牧傳統，察合臺汗國開始分裂爲東、西兩部。東部以阿力麻裏爲中心，包括喀什、吐魯番一帶;西部以撒馬爾罕爲中心，統治河中地區。今新疆絕大部分地區在東察合臺汗國統治之下。也先不花爲東部汗，怯伯爲西部汗。也先不花、怯伯死後，西域蒙古各部各自爲政，互相攻殺。1348年，統治天山南路的杜格拉特部權臣布拉吉找到一個18歲的貴族禿黑魯帖木兒，宣佈他是也先不花的兒子，並在阿克蘇擁立爲汗。歷史上把禿黑魯帖木兒統治的地區稱爲東察合臺汗國。禿黑魯帖術兒是第一個信奉伊斯蘭教的蒙古汗，他用強制手段迫使天山以北16萬蒙古人改信伊斯蘭教。
東察合臺汗國也稱“別失八里國”和“亦力把裏國” 。東察合臺汗國從1348年建立，歷經8代、15位汗主政，到1514年被葉爾羌汗國取代，計立國166年。而西察合臺汗國在禿黑魯帖木兒死後不久，便被自己的將軍帖木兒奪取了政權。
