直接屠殺
美國政府從開始正式建軍那天起，命令軍隊立即向西開進。美國陸軍第一團從成立之日起，征剿印第安人就成爲它的基本任務。美國聯邦正規軍隊和民兵從事的這種殘暴的屠殺和征剿，從1803年(正規軍正式開始投入戰鬥是1811年)一直持續到1892年，差不多進行了整整一個世紀。
在北美殖民史上，“印第安屠殺”一詞被經常用於形容被北美印第安人大規模殺害的歐洲人，或被歐洲人大規模殺害的印第安人。理論上說，“屠殺”一詞應被用於對非戰鬥平民或戰俘的殺戮上。但在實踐中，這一詞的使用比較隨意，有時候被用於形容一場壓倒性的軍事失敗。因此很多時候“屠殺”與“戰鬥”容易混淆。
要確定有多少人在這些屠殺中被殺害非常困難。在《野蠻的邊界：從Jamestown殖民地到“傷膝”的美國-印第安戰爭中的暴行》一書中，業餘歷史學家 William M. Osborn 試圖記錄下美國邊界最終成型前的每一場暴行，從第一次接觸(1511年)到邊界的形成(1890年)，大約有9156人死於印第安人之手，約7193人死 於白人手中。
但是其他歷史學家有不同的統計結果，現在最可靠的數字是有21586名雙方人員在1850—1890年間死亡、受傷和被俘。另有學者 認爲有45000名印第安人和19000名白人在這段時期被殺，這一數字包括了雙方被殺害的婦女和兒童。其他的數據則從5000—50萬不等。但有一點不 用質疑的是雙方在戰爭中的野蠻暴行——印第安人自己的殘忍戰爭方式和美國人發動的摧毀式的軍事行動。
1779年，喬治·華盛頓指示JohnSullivan少將攻打Iroquois人民時說：“(假如)將廢物(指印第安人)放到所有定居點附近，那麼整個國家將不僅僅是氾濫成災，而是被摧毀了。”在屠殺滅絕印第安人過程中，華盛頓還指示他的將軍說：“在所有印第安人居留地被有效摧毀前不要聽取任何和平的建議。”在1783年，華盛頓在把印第安人和狼的相互比較中，他的這種反印第安人情緒暴露無遺：“兩者都是掠食的野獸，僅僅在形狀上不同。”華盛頓的滅絕政策在他的部隊一次又一次屠殺了印第安人以後得以實施。軍士們從Iroquois人的死屍上剝皮，“從臀部往下剝皮，這樣可以製作出高的或可以並腿而長的長統靴來。”在那場襲擊後倖存的印第安人將美國第一總統改名爲“城鎮摧毀者”。大部分Senca人的城鎮都在5年時間內被滅絕。
曾積極參加和推動這種“殘酷地驅逐印第安人的行動”的“當時美國許多傑出的民主領袖”之一，就是提出“所有的人都是生而平等的”天賦人權說的美國《獨立宣言》的主要起草人、美國第三屆總統托馬斯·傑斐遜。美國1803年從拿破崙手中購買路易斯安那(即從密西西比河西岸到洛基山麓之間的廣大地區)以後，隨着疆土大步向西推進而大規模驅逐和屠殺印第安人的一系列事件，就是在傑斐遜的總統任內開始的。
1807年，托馬斯·傑斐遜指示他的戰爭部門，說道;“如果印第安人反抗美國人去獲取他們的土地，那麼，對印第安人的反抗就要用短柄斧頭反擊，”傑弗遜繼續道，“如果我們約束自己不去舉槍迎向這些部落，那麼在這些部落滅絕之前我們將不會安靜地躺下，或者被驅趕出密西西比河以外。”傑弗遜繼續道：“在戰爭中，他們也會殺死我們中的某些人，但我們會殺死他們全部!”美國人必須“追求滅絕印第安人或者將他們驅趕到我們不去的地方。”
1814年，美國詹姆斯·麥迪遜政府參考1703年北美各殖民地議會作出屠殺印第安人的獎勵規定，重新頒佈。法令規定每上繳一個印第安人(不論男女老少甚至嬰兒)的頭蓋皮，美國政府將會發給獎金50—100美元(殺死12歲以下印第安人嬰幼兒和殺死女印第安人獎50美元，殺死12歲以上青壯年印第安人男子獎 100美元)。
19世紀60年代到90年代，特別是1864年後(美國內戰結束後),美國人根據林肯頒佈的《宅地法》屠殺印第安人的活動達到高潮，許多印第安人村莊在一夜之間變成鬼域。在當地民兵的配合下，美國聯邦正規軍採取分進合擊等戰術，集中發起了1000多次不同規模的軍事行動，到 1890年代基本上完成了滅絕印第安人的作戰任務。
1862年，林肯總統下令絞死了38個明尼蘇達曼卡托地區的達可它人蘇語部落的38個酋長。這些被絞死的人大部分都是他們部落的神職人員和政治領袖。這些酋長之中沒有人犯過他們被美國政府所控告的罪行，林肯總統有意製造了美國曆史上最大規模的冤殺死刑。
美國內戰英雄，曾對美國叛亂的南方各州實行“三光政策”的聯邦軍威廉·謝爾曼將軍對此發表意見說：“如果我們今年多殺一點，那麼明年要殺的人就少了一點——反正他們都得殺掉，或將他們作爲窮光蛋的品種保留下來。”
美國曆史學家在有關著作中敘述這段歷史時寫道：“美國向西、向南、向北叄個方面猛烈推進時，不僅排擠了阻止它前進的國家，並且殘暴地粉碎了這些土地上原來的主人──印策安人──的反抗。這種殘酷地驅逐印第安人的行動是美國曆史上最可恥的污點之一，而當時美國許多傑出的民主領袖也曾積極參加這種行動。”
如此長期軍事征剿、屠殺的結果是什麼呢?
據美國一些誠實、嚴謹的學者在20世紀80年代末期到90年代初期依據史料重新做出的推算，當哥倫布1492年“發現”美洲新大陸時，在現在美國境內居住的印地安人總人口在3000萬至一億之間。到在20 世紀70年代，美國被迫分散聚在美國全國各窮鄉僻壤的“保留地”裏的印地安人總人口還剩下了多少呢?據美國官方統計，還不到80萬人。而國土面積小得多的墨西哥還有1000多萬。
美國政府對本國貧困落後的弱勢族羣進行種族滅絕，使美國政府一舉甩掉了本應承擔的沉重的包袱和責任，又能無償地徵用他們的多達幾百萬平方公里的地產和無以計數的自然資源，從而使美國毫無負擔地發展經濟。
令人遺憾的歷史事實是：處於萌芽狀態的美洲文明被毀滅，印第安人作爲人類幾大人種之一，整體上被基本滅絕。
然而，印第安人的反抗遭到來自幾方面的鎮壓和屠殺，美國軍隊不用說了，擁有鐵路沿線土地的白人移民也毫不猶豫地屠殺印第安人，以保衛“自己的土地”。與此同時，爲了保證鐵路建設的進度，鐵路公司獲得授權，可以組建自己的“軍隊”，可以稱之爲“保安”，也可以稱之爲“私家軍隊”。與正規軍不同的是，這些“軍隊”不穿美軍軍裝，不領國家軍餉，一切費用由鐵路公司支付，目的就是替鐵路公司維護沿線的治安秩序。這些私家軍隊對印第安人的屠殺，一般是不會列入政府統計的。
不管上述哪一種屠殺行爲，他們幾乎都把印第安人描述爲殘暴的、野蠻的嗜血者，他們有時候還會展覽白人死亡者的屍體，以激起全體白人對印第安人的仇恨。至於被展覽的白人屍體，其慘不忍睹的狀態是否有造假的成分，已經被歷史湮沒了。因此，美國對於印第安人的方針大致可以分爲幾個層次：凡是有任何不滿或反抗行爲的，格殺勿論;凡是老老實實聽話不反抗的，遷到保留區圈養起來。
上述行爲的背後，一個最主要的原因就是印第安人的土地。雖然美國政府也曾經在與印第安人簽訂的其他條約中規定，沒有印第安人的同意，任何人都不得在印第安人土地上逗留或定居，但是，美國對於印第安人的違約處罰是嚴厲和加倍的，對於白人的違約，幾乎不管不顧，反而變相鼓勵。
例如，在某個印第安人保護區發現有金礦，雖然金礦成色不高，但是白人立即蜂擁而入，並得到美國軍隊的保護。印第安人對“黃色的石頭”興趣不大，反抗也沒有絲毫作用。美國政府便強令印第安人將有金礦的土地“出售”，從此，這片土地上，印第安人不得再涉足。
除了針對印第安人土地的掠奪導致一系列屠殺外，另一個重要的原因就是，美國人或者說白人認爲自己的文化是文明，而印第安人的文化是完全的野蠻落後。因此，在種族滅絕的同時，對殘留印第安人的文化清洗也極爲徹底地進行。斯皮爾伯格擔任製片的《西部風雲》最後一集講到，19世紀末期，在印第安人中開始流行一種“鬼舞”，美國人認爲這種“鬼舞”是野蠻的迷信，同時還是戰鬥之前鼓舞士氣的儀式等，總之，美國人認爲這種“鬼舞”對美國有害，1881年下令禁止印第安人跳“鬼舞”，凡是不服從的都將受到嚴厲懲罰。
一般歷史學家都認爲，北美印第安人的總數超過1000萬，到19世紀末期，只剩下20多萬，怎麼辯護都難掩美國政府對待印第安人的野蠻滅絕行爲。希特勒的集中營大約殺害了世界上三分之一的猶太人，就毫無疑問地確定爲種族滅絕，那麼，從印第安人殘留的人口數量上看，希特勒“只殺了”三分之一猶太人，比例上比“殺”印第安人少多了。
北美最大的蘇族部落聯盟，到20世紀後期，只剩下大約4萬人。2007年，拉科塔部落首領，向美國政府提出了一份申請，要求獨立建國，宣佈以前同美國政府簽訂的協議無效，因爲美國政府從來沒有遵守過曾經與印第安人簽訂的任何協議。
相關條約
《拉勒米堡條約》
《拉勒米堡條約》不長，一共只有8款，摘錄幾條。條款2：上述各部落特此承認美國政府有權利在部落各自的領土上修建道路，成立軍隊和修建崗哨。條款3：考慮到在先前條款中得到的權利和特殊待遇，美國政府同意在該條約批准後保護上述部落免遭美國人的破壞和襲擊。這兩個條款看起來像是平等的，但事實上卻極爲不平等，它等於在說：我可以從你家前門後門自由通行，但不會給你家造成破壞。注意“條款3”的一個用詞，“免遭美國人的破壞和襲擊”，也就是說，印第安人不是美國人，因此，這份條約更像是一份國與國之間的外交條約。
《拉勒米堡條約》的第5款規定了各個印第安人部落的領土區域。雖然比起印第安人自由生活的年代，領土面積已經大大縮小，但是，印第安人面對現實，決定做出讓步，接受美國的條件。這種行爲頗爲類似今天的巴勒斯坦人接受“以土地換和平”的無奈選擇。但是，巴勒斯坦人讓出了土地，沒有換來和平，150年前，印第安人也遭遇了同樣的命運。
當然，《拉勒米堡條約》還規定了美國政府已經或可能對印第安人部落造成的損失給予補償，8個印第安人部落，每年共可獲得5萬美元的補償，爲期10年，共50萬美元。但不是現金，如果是現金，印第安人可能會用它來買武器，美國政府規定不得將武器賣給印第安人，甚至連鐵器都不行。雖然很多白人爲了賺錢，並不聽從美國政府的法令，但是，賣給印第安人武器，的確是違法的。因此，美國政府每年提供的5萬美元，都是商品、家畜、農具，並由美國政府根據印第安人口數量分配，印第安人自己還不能分配。8個部落每年一共僅獲5萬美元的商品。
但是《拉勒米堡條約》還規定，如果印第安人對路過或“生活”在印第安人領土範圍內的白人產生錯誤舉動而造成損失，白人將要求賠償。這一條款的陷阱在於，它給了美國人在印第安人領土內“生活”的權力，印第安人的領土等於不受任何保護。同時，何爲“錯誤舉動”，由於印第安人幾乎不瞭解美國的法律，因此，只要美國人說“錯誤”，那就是錯誤。更爲惡劣的是，條款8規定：談判雙方均同意如果乙方(指各印第安人部落)的任何一個印第安部落違反了其中的任何一條規定，美國有權扣留上條提及的對該部落的全部或部分物質補助，直到美國總統認爲該印第安部落已經做出彌補。在執行這一條款的實踐中，幾乎可以理解爲，任何個人的“違反規定”都將視爲是整個部落“違反規定”，用今天的話來說就是“連坐法”、“株連法”，一人犯罪，全家受罰，直到美國總統滿意爲止。
電影《西部風雲》有一段情節，更加鮮明地反映了美國人是如何執行他們的法律的。有一個印第安人部落是抵抗白人最堅決的部落，但是由於生存條件實在太艱苦，酋長最終決定放棄抵抗，與美國軍隊談判，遷到美國政府規定的保留區。美軍將軍要求首先交出全部武器，印第安人交了。美國將軍覺得交出的武器太少，印第安人都是騙子，便命令士兵搜查，結果士兵搜出一批打獵用的弓箭以及做飯用的刀具，都被當成是武器。最糟糕的是，一名印第安人身上還有一把搶，酋長來不及解釋這名印第安人是聾子，聽不到交出武器的命令，美國將軍已經下令開槍、開炮，這個印第安部落被徹底斬盡殺絕。這名印第安酋長，就是歷史上著名的“坐牛”酋長，至今，他依然是印第安人心目的英雄。通過“坐牛”酋長及其部落的命運，我們就能理解，美國政府消滅野牛的行爲，其實就是類似日本人的“三光”政策，目的是讓所有的抵抗力量失去生存的基礎。只有投降，同意到狹小的保留地居住，才能在沒有尊嚴的情況下，保住一條活命。
