他重視祖國醫學遺產，但不拘泥守舊，而注重於具體分析病情，靈活運用古方。他寫的診斷書，言簡意明，
所開藥方，藥少而療效好，創造了不少起死回生的奇蹟，因而被當時人們稱爲“神醫”。
萬密齋用了幾十年的時間，總結和整理了祖輩和自己的臨牀實踐經驗，寫出了數十卷很有價值的醫書。每寫一卷，他的弟子就輾轉傳達室抄，流行全國各地。其著作已印行的有《萬氏家傳育嬰祕訣》、《萬氏家傳廣嗣紀要》、《萬氏家傳婦女科》、《萬氏家傳痘疹必法》、《萬氏家傳傷寒摘錦》、《萬氏家傳保命歌括》、《萬氏家傳幼科發揮》、《萬氏家傳玉痘疹》等十部。這些書均收入《四庫全書》，頒行天下。據《萬氏家譜》記載，還有三十七種著作未付印，現除《萬氏祕傳外科》和《萬氏家傳點點經》兩部外，餘均已失傳。
萬氏著作的鮮明特色是：說理深入淺出，明白易懂，有很大一部分是用詩、詞的形式寫的，便於學習和記憶。同時，在繼承傳統的基礎上，還有許多精闢獨到的見解，爲後世所推重。象清代醫學家沈金螯、武之望;日本醫學家丹波元堅、湯本求真;朝鮮醫學家許浚等，都在自己的著作中授引了萬氏學說，並給予很高評價。
歷代名人養生訣
一德：明代養生家呂坤說：“仁可長壽，德可延年，養德尤養生之第一要也。”
二“字”：宋代蘇東坡認爲，養生在於“安”“和”二字。安即靜心，和即順心，“安則物之感我者輕，和則我之應物者順。”
三“戒”：孔子曰：君子有三戒。“少之時，血氣未定，戒之在色;及其壯也，血氣方剛，戒之在鬥;及其老也，血氣既衰，戒之在得。“
四“法”：明代醫學家萬密齋指出：養生之法有四：一曰寡慾，二曰慎動，三曰守時，四曰卻疾。
五“知”：宋代周守忠說：“知喜怒之損性，故豁情以寬心;知思慮之銷神，故損情而內守;知語煩之侵氣，故閉口而忘言;知哀樂之損壽，故抑之而不有;知情慾之竊命，故忍之而不爲。”
六“節”：明代醫學家江綺石說：“節嗜慾以養精，節煩惱以養神，節憤怒以養肝，節幸勤以養力，節思慮以養心，節悲哀以養肺。
七“食“：清代養生家石成金指出：“食宜早些，不可遲晚;食宜緩些，不可粗速;食宜八分，不可過飽;食宜淡些，不可厚味;食宜溫熱，不可寒涼;食宜軟爛，不可堅硬;食畢再飲茶兩三口，涑口齒，令潔淨。”
八“樂”：石成金的八樂是：靜坐之樂，讀書之樂，賞花之樂，玩月之樂，觀畫之樂，聽樂之樂，狂歌之樂，高臥之樂。
九“思”：孔子曰：“君子有九思：視思明，聽寺聰，色思溫，貌思恭，言思忠，事思敬，疑思問，憤思難，見得思義。
