曾國荃吉安一戰之後，江西戰場戰事基本結束，湘軍收復贛省全境。接下來，戰爭重心就是安徽了，在湘軍與太平軍的這場搏命之戰中，安徽控制於誰手，對全局影響至關重大。
安慶之戰
咸豐八年以後，太平天國的後起猛將陳玉成就用心經營安徽，尤其是淮水流域，企圖以皖北的人力物力支撐天國的大局。爲了洪氏江山，如此拼命，不知值得否?
從安徽全局而言，省城安慶是最爲關鍵之地。湘軍如果可以拿下安慶，便可據上游地利，進圖金陵，也就是天國所謂的“天京”。
安徽戰略地位重要，這一點，曾國藩和胡林翼早就明白。在湘軍初起之時，曾、胡二位就將謀皖置於重要的戰略位置之上。
咸豐九年七月(1859年8月)，朝廷下詔命曾國藩、胡林翼率湘軍籌劃收復安徽計劃。在曾國藩收復皖省的方案中，安慶是至關重要的戰略節點：
欲廓清諸路，必先攻破金陵。……欲破金陵，必先駐重兵於滁、和，……欲駐兵滁、和，必先圍安慶，以破陳逆之老巢，兼搗廬州，以攻陳逆之所必救。
在曾國藩這個剿滅長毛的大計劃中，長江以北的滁州、和州非常關鍵，而想要在滁州、和州佈置重兵，壓制金陵，則上游之安慶則必須收復，安慶拿下，則廬州(合肥)亦可拿下，陳玉成必從皖北分兵救援。
拿下安慶就是破局之戰!曾國藩將這一重要任務交給了在吉安之戰脫穎而出的曾國荃及其吉字營。咸豐十年四月(1860年5月)，曾國荃進軍集賢關，此爲湘軍進攻安徽之始。
1860年8月，曾國荃的部隊抵達安慶城下。太平軍對安慶也十分重視，天國總理洪仁玕說安慶一日無恙，則天京一日無險”。太平軍安慶城的守將是廣西過來的長征老革命葉芸來，爵至“受天安”。洪天王搞出來的太平天國爵位系統非常奇葩，王爵位之外，還有義、安、福、燕、豫、侯六等。
安慶城防堅固，強攻勢必代價慘重而未必有效，曾國荃的方案是以圍爲攻，在安慶的東、北、西三面開挖兩道長壕，內壕用以圍困安慶城內的太平軍，外壕用以抵禦救援安慶的太平軍，加上城南的長江由湘軍水師負責巡邏，斷絕太平軍對安慶的糧米支持。
曾九帥的這一招圍城之計確實精妙，城中長毛勢必成爲甕中之鱉!
身處皖北的陳玉成對此心急如焚，他親率大軍進軍集賢關，攻打安慶圍軍，天京城內太平軍又組織力量救援安慶。陳玉成人馬迫近安慶之時，一面派兵進入城內幫助守城，一面在安慶城北菱湖築壘18座，親率所部猛攻曾國荃軍的外壕。
在陳玉成兩面夾攻之下，曾國荃的內外兩道戰壕承受巨大壓力，而救援安慶的李續宜部此時被太平軍牽制在湖北，很多湘軍將領對曾國荃能否堅守表示懷疑，連胡林翼也一度失去信心。同時，湘軍後方基地湖北武昌、曾國藩的駐地皖南祁門也多次爲太平軍所圍困，軍情危急。
艱難困苦，玉汝於成，越是艱難，越能突顯戰略定力。曾國荃及其兄長曾國藩始終堅持圍攻安慶，“堅守靜待之法”。曾國荃不惜一切代價堅守安慶圍壕，對太平軍進行了頑強的抵禦。
1861年5月，陳玉成再次率軍進攻，曾國荃堅守圍壕，陳玉成無法突破，只好繞走桐城。不僅如此，曾國荃還會同援軍鮑超、成大吉攻破赤崗嶺的太平軍4座營壘，殲滅太平軍3000餘精兵;又攻破菱湖兩岸的太平軍18座營壘，8000餘太平軍陣亡。
安慶之戰
陳玉成人馬雖衆，但精銳並不多，受此重創，戰鬥力大大降低，安慶決戰的主動權轉向湘軍一邊。陳玉成不甘心安慶淪陷，是年8月，陳玉成部合援軍共4、5萬人，分兵10路，再次向安慶圍軍發起大規模進攻。
曾國荃派湘軍水師封鎖江路，對孤城安慶“堅壁清野”，陳玉成無法將糧食運進城內，城內太平軍糧盡援絕，士兵飢餓，甚至舉不動刀槍，敗局已定!正當此時，安慶城內太平軍副將、安徽桐城人“弼天豫”程學啓主動投誠湘軍，並獻上地道攻城妙計。
曾國荃得程學啓之力，加緊在安慶城下開挖地道，於9月5日終於攻陷安慶。程學啓親率所部攻入城中，葉芸來及麾下一萬六千多名太平軍將士戰死。
曾國荃拿下安慶，實現了曾國藩剿滅太平軍大計劃的最關鍵一步，曾國荃本人也因此役而由道員賞加布政使銜。
曾國荃以區區一萬多兵力而抵禦陳玉成多番猛攻，堅持圍死安慶方略，被胡林翼贊爲“勞苦可念，其堅忍尤爲可敬”。
安慶收復不久，曾國藩也將湘軍大營搬到此處，在此規劃攻取金陵大計。
