楊秀清重新整頓拜上帝教後，把馮雲山救出來了，同時迎回了洪秀全。但等洪秀全和馮雲山回來後一看，變天了。以前洪秀全是當家的，是精神領袖，於是在他們發現又出現了兩個新的領袖，一個是上帝化身，一個是耶穌化身。但他們也不得不承認這兩人的地位，於是從此以後太平天國的領導層裏出現二元體制：一個是老的，從廣東花縣來的洪秀全、馮雲山等人;一個就是當地的。最後他們一橫心，反了算了。因爲一直處於打來打去的戰鬥狀態會讓人活得很累，而且規模越來越大之後，很難將組織起來的羣體遣散。
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但是我們要知道，洪秀全當年創教，是希望出人頭地，而不是想要造反。他從花縣來到桂平山區，不是要來造反，只是希望乾點事業。簡單來說，就是一個古老的失意的知識分子，希望利用歪門邪道出人頭地的過程。這還是跟上世紀八十年代那些暴得大名的氣功師的經歷是一樣的。當時國內那些大紅大紫的氣功師，大多都是因爲在體制內不得志，或是無法通過正規途徑進入體制的失意者，然後通過創教而迅速家喻戶曉，成了所謂大師。本來不招人待見的人，在當年卻受到高官和演藝界明星的狂熱追捧。
其實洪秀全跟這些百佘年後的人沒有多大區別。人性，在歷史上很難有變化，幾千年來估計都是這樣。通過正規渠道上不去，那就走邪道，只要能出名就行。總的來說，人都是這樣，本來無足輕重，但一旦其信衆或追隨者達到了一定規模，並捲入了當地的政治鬥爭，那麼就有可能踉當地的官府發生問題。而跟官府發生問題就相當於跟朝廷發生問題，這麼一步步地走，最後不反也得反了，所以最後太平天國就反了。
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農民造反以後，清政府這邊的問題也跟着來了。此朝廷機器鏽蝕，反應很慢，而且由於地方政府的隱瞞，朝廷在很長時間裏是不知道這事的。地方政府一方面極力隱瞞，以爲自己把這起事件默默處理掉也就算了，另一方面他們又處理不了這件事。起義的太平軍在永安被官軍圍困了很長時間，但官軍就是無法撲滅他們。當時若有一支比較強悍的軍隊，早就能夠把太平軍平了，但就是平不了。
其實，早在乾隆末年至嘉慶初年，白蓮教在中部幾省發動起義時，清朝的軍隊就已經不行了，統治機器最重要的部分巳經問題很大了。鴉片戰爭時，清朝軍隊的問題雖然已經有所展現，但畢竟當時的敵人強大，我們還可以忽略不計。但這個時候，當一幫農民揭竿而起的時候，國家軍隊還是無能爲力，然後眼睜睜地看着這幫人殺出廣西，進人湖南。太平軍進入湖南以後，情況發生了很大的變化，不僅客籍人響應，而且各種民間會門，比如天地會等都踊躍參與太平軍。
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按道理，天地會是不該幫助他們的，但天地會是被政府打壓的，所以這個時候也開始造反了。所以太平軍進入湖南後聲勢一振，雖然沒有打下長沙，但他們在分兵之後，打下了更重要的武昌，就是當時的武漢三鎮。當時武昌比長沙不知要重要多少倍，那個時候它是連接南北的交通樞紐，九省通衢。然後太平軍就順江而下，打到南京，此時按照清朝的既有體制和國力，這場起義已經很難撲滅了，所以，事情真的鬧大了。
