天京 陷落與敗亡
1864年6月1日，洪秀全病逝，幼天王洪天貴福繼位。7月19日 天 京失守，隨後清軍屠城。李秀成、洪仁玕護送幼天王突圍。李秀成讓好馬給幼主，混亂中與幼主失散，於同月22日在 南 京城外方山被俘，親書供狀數萬字後（《李秀成自述》），於8月7日被曾國藩處死。
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1864年7月29日，突圍至廣德的幼天王洪天貴福被湖州太平軍守將黃文金迎入，臨時駐蹕。8月28日黃文金、洪仁玕主動棄城突圍。9月5日護送幼天王走寧國，遭敵截擊，轉走浙江昌化途中黃文金因傷而死。10月江西石城一役，全軍覆沒。幼天王洪天貴福在江西石城荒山山洞被搜俘，11月18日在南昌被凌遲處死。
餘部戰鬥
長江以南的太平軍餘部，由侍王李世賢部自江西挺進福建，攻佔漳州，經營閩南，1865年4月失利。譚體元部隊向廣東方向突圍，在1866年初於廣東梅縣被肅清。
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江北的太平軍賴文光部投入捻軍，繼續對抗清軍直至1868年。東捻軍於1868年1月5日在揚州東北瓦窯鋪覆滅，西捻軍於同年8月16日在山東茌平徒駭河被李鴻章淮軍消滅。最後一支留下太平天國年號的殘餘捻軍袁大魁部，於1869年在陝北保安被左宗棠消滅。
1872年4月，石達開餘部李文彩部在貴州大塘覆滅，這是最後一支可以查證的使用太平天國旗號的武裝，理論上是最後一支太平軍。不少學者認爲，應以李文彩部的覆滅作爲太平天國運動的結束標誌。
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1874年在太平天國滅亡十年後，隱匿多年的後期主要將領楊輔清在閩謀劃復興太平天國。被馬融和所察，在晉江被捕，押解福州被閩浙總督李鶴年下令凌遲處死。
