康熙二十二年(1683)六月，奉旨專征臺灣，統帥福建舟師迅速攻取澎湖，爾後，利用有利的態勢，主動、積極地招撫臺灣鄭氏集團，促使鄭氏集團放棄抵抗而就撫。臺島不戰而下。其時，清廷內部對臺灣地位的重要性認識不足，對是否留臺存在爭議。施琅站在維護國家的一統和安全，鞏固沿海地區的社會秩序和保護中國的海洋權益的高度，上疏力主留臺衛臺。在分管兵部的東閣大學士(宰相)潘湖叟黃錫袞的支持下，施琅(乃分管兵部的內閣大臣潘湖叟黃錫袞的妹夫)的真知灼見打動了康熙帝和朝中大臣，清廷終於決定在臺灣設府縣管理，屯兵戍守。此後，臺灣除了在甲午戰後曾被日本侵佔五十年外，再也沒有離開過祖國的懷抱。在相當長的歷史時期裏，東南海疆寧靖，兩岸人民安居樂業，社會經濟文化得到長足的進步。
鄭經接替鄭成功後，由於內部陳永華(鄭克臧岳父)和馮錫範(鄭克塽岳父)發生內訌。病中的鄭經把政務交由長子鄭克臧處理，克臧聰明能幹，做事井井有條，從來沒有過失，也很受鄭經的寵愛和信任。鄭經病逝後，馮錫範毒死鄭克臧，立11歲的傀儡鄭克塽爲延平王，馮錫範專橫，貪贓枉法，大失人心。1664年施琅建議，乘他率兵攻取金廈新勝，“進攻澎湖，直搗臺灣”，使“四海歸一，邊民無患”。
1667年，孔元章赴臺招撫失敗後，施琅即上《邊患宜靖疏》，次年又寫《盡陳所見疏》，強調“從來順撫逆剿，大關國體”，不能容許鄭經等人頑抗，盤踞臺灣，而把五省邊海地方劃爲界外，使“賦稅缺減，民困日蹙”;必須速討平臺灣，以裁防兵，益廣地方，增加賦稅，俾“民生得寧，邊疆永安”。他分析雙方的力量，指出臺灣“兵計不滿二萬之從，船兵大小不上二百號”，他們之所以能佔據臺灣，實賴汪洋大海爲之禁錮。而福建“水師官兵共有一萬有奇，經制陸師及投誠官兵爲數不少”，只要從中挑選勁旅二萬，足平臺灣。他主張剿撫兼施，從速出兵徵臺，以免“養癰爲患”。施琅這一主張，受到以鰲拜爲首的中央保守勢力的攻擊，以“海洋險遠，風濤莫測，馳驅制勝，計難萬全”爲藉口，把他的建議壓下來。施琅的議諫被束之高閣，甚至裁其水師之職，留京宿衛，長達13年，但他仍然矢志復臺報仇，堅韌不拔。在京之日，他注視福建沿海動向，悉心研究風潮信候，“日夜磨心熟籌”，以俟清廷起用。
康熙二十一年(1682年)十月，清政府平定了“三藩”之亂後，施琅終於在李光地等大臣的力薦下，復任福建水師提督之職，加太子少保銜。他回到廈門後，便“日以繼夜，廢寐忘食，一面整船，一面練兵，兼工製造器械，躬親挑選整搠”，歷時數月，使原來“全無頭緒”的水師“船堅兵練，事事全備”。1683年6月14日，施琅督率軍由銅山出發，很快攻克了鄭氏集團在澎湖的守軍劉國軒部，此後，施琅又一面加緊軍事行動，一面對佔據臺灣的鄭氏集團施以招撫。在施琅大軍壓境之下，鄭克塽茫然的說：“人心風鶴，守則有變;士卒瘡痍，戰則難料。還是應當請降，以免今後追悔莫及。”鄭克塽畢竟是聰明的，聽從了劉國軒的勸告。
8月13日，施琅率領舟師到達臺灣，劉國軒等帶領文武官員軍前往迎接。施琅入臺之後，自往祭鄭成功之廟，對鄭氏父子開闢臺灣的功績作了高度的評價，自稱克臺是爲國爲民盡職，對成功毫無怨仇。(原祭鄭成功文：自同安侯入臺，臺地始有居民。逮賜姓啓土，世爲巖疆，莫可誰何。今琅賴天子威靈，將帥之力，克有茲土，不辭滅國之誅，所以忠朝廷而報父兄之職分也。獨琅起卒伍，於賜姓有魚水之歡，中間微嫌，釀成大戾。琅與賜姓，剪爲仇敵，情猶臣主。蘆中窮士，義所不爲。公義私恩，如是則已。“祭畢，施琅哽不成聲，熱淚縱橫。鄭氏官兵和臺灣百姓深受感動。讚揚施琅胸襟寬廣，能以大局爲重。冷靜處理公義私怨的關係，遠非春秋時期的伍子胥所能比擬)。以上幾個方面顯現施琅攻打臺灣不爲私仇，而是爲統一國家立下汗馬功勞。
施琅一開始就堅決反對“遷界”。他說：“自古帝王致漢，得一土則守一土，安可以既得之封疆而復割棄?”直到1683年他率兵佔領臺灣後再“請於朝”，沿海遷民才“悉復其業”。於是被棄的民田“漸次墾闢”，從福建到廣東，沿海“禾麥”，“一望良疇”。人民無限感激施琅，都異口同聲地說：“臺灣未平，此皆界外荒區。平後，而荒煙野草復爲綠畦黃茂，圮牆垣復爲華堂雕桷。微將軍平海，吾等無以安全於永久也。”施琅復臺捷報抵京時，正值中秋佳節。康熙看到大明最後一塊抵抗根據地終於淪陷了，喜不自勝，即解所御龍袍馳賜，親制褒章嘉許，封施琅爲靖海侯，世襲罔替，令其永鎮福建水師，“鎖鑰天南”。康熙三十六(1697年)，施琅卒於住所，葬在惠安黃塘虎窟。此時康熙帝御旨追加贈太子少傅，諡襄壯，命官3次諭祭，並於泉州府學前建祠祀之。其是，“兩島八閩皆頃德”，紛紛爲之樹碑揚譽。十九都有“靖海侯”坊，陽義輔立康熙制詩句“上將能宣力，南紀盡風流”，同安等地立“績光銅柱”、“澤普南天”、“勳高大樹”、“澤沛甘棠”等碑坊，表彰施琅的豐功偉績。總而言之，作爲一代名將，施琅身上有許多閃光的東西，諸如大一統思想，海防和海權思想，不畏艱難險阻的意志和毅力，敢於據理力爭、知無不言的作風，還有他的文韜武略等，這一切都值得理直氣壯地紀念他。
