“九陰真經”出現在江湖中，引起各路武林人士爭奪。王重陽、黃藥師、歐陽鋒、段智興、洪七公決定在華山論劍，誰奪得“天下第一”則歸誰。黃藥師等人敗給了王重陽，但黃藥師也得到五絕之一“東邪”的稱號。
而後黃藥師娶馮衡爲妻，早年所收的徒弟除去陳玄風、梅超風、曲靈風、陸乘風四大弟子之外還有兩個小弟子武眠風和馮默風。
王重陽逝世後，死前交代周伯通將經書上下卷分開藏匿。“老頑童”周伯通在運送《九陰真經》下卷至藏匿地點的途中遇到黃藥師與其新婚妻子馮衡，馮氏憑藉過目不忘騙老頑童真經爲假，周伯通一怒之下毀去經書，而後馮衡默出《九陰真經》下卷交予黃藥師。
因黃藥師只有下卷經書，自負可以從下卷中自創上卷內功基礎，因而發誓若不練成經中所載武功，便不離桃花島一步。
陳玄風、梅超風互生愛慕，恐黃藥師性格怪癖不予應允，決定竊取了師父的《九陰真經》下卷。黃藥師後來得知，一怒之下挑斷其餘弟子腿筋，全部逐出師門。
馮衡爲了安慰黃藥師，再想把經文默寫出來。但因不懂含義多半忘記，因而苦思幾日幾夜寫下了七八千字而導致流產生下黃蓉，自己因此逝世。
日後周伯通得知其受騙於黃藥師二人，爲防上冊經書被盜，於是攜帶《九陰真經》上卷經書前往黃藥師居所桃花島追討經文，其時馮衡已死，黃藥師又因周伯通言語相激，與之展開激烈交戰，使出“彈指神通”射斷周伯通雙腳，從此困周伯通於島上十五年。多年之後發現黃蓉爲周伯通送酒及食物，因而責罵她，黃蓉和父親賭氣從而由浙江一路北上。
