薩迦政權(1265-1353年)，亦稱薩迦王朝，是元朝時期在西藏地區由薩迦派建立的政教合一的地方政權，駐地在後藏薩迦(今薩迦縣)。薩迦政權的首領是元帝師，來自款氏家族，行政事務由本欽掌管。
薩迦巴出現之前，西藏經歷了三百多年的獨立時期。在政治上各個部落各自爲政，在文化上卻是一個百家爭鳴的時代，各種學說、各種教派紛紛形成。對西藏未來的歷史產生了巨大的影響。藏傳佛教也是在這一時期成爲主導整個西藏的宗教。
1240年，正處蒙古帝國第二次西征時期，蒙古大汗窩闊臺的皇子闊端派遣大將多達，率軍深入西藏，企圖瞭解西藏的政治形勢和衆多教派的詳細情況。1244年，60餘歲的藏傳佛教薩迦派高僧薩迦班智達(簡稱薩班)受闊端的邀請，起程前往涼州。1247年，薩班與闊端會晤，並以西域學者爲譯師，向闊端宣講佛法。闊端逐漸敬信並決定免除天下僧尼的賦稅和兵役。闊端併爲薩班建造“幻化寺”，供奉了大量的財寶，由此開始了西藏喇嘛與蒙古之間的直接交流;史稱涼州會盟。1251年，薩班過世，不久後闊端亦逝。
1251年藏曆鐵豬年夏，由闊端之子蒙哥汗帶領薩迦班智達的侄子八思巴至六盤山見蒙哥的弟弟忽必烈，被視爲施主與福田。八思巴不僅向其講述佛法，而且還解答了忽必烈所提出的許多疑難問題，使忽必烈對佛法產生虔誠的信仰。1253年，八思巴接受薩班臨終前所傳衣鉢及法螺等物，遂成爲薩迦派的新教主，史稱藏傳佛教薩迦派五祖。後跟隨忽必烈左右。1254年，八思巴受賜“優禮僧人詔書”。
1260年(中統元年)，忽必烈在開平自立爲汗， 隨後並封八思巴爲國師，受玉印，任中原法王，統領全國佛教。1263年，八思巴歸返西藏，行前被封爲藏區政教之主，受賜珠寶冊印。1264年，在擊敗位於蒙古本土也自稱大汗的胞弟阿里不哥後，忽必烈下詔設立總制院，命八思巴以國師身份兼領該院院事。總制院(1288年後改爲“宣政院”)是直屬中央政府管轄的國家機構，設有三個“宣慰使司都元帥府”(即吐蕃等處、吐蕃等路、烏思藏納裏速古魯孫等三路)，負責掌管全國佛教事宜和處理管轄整個西藏地區的軍政事務。宣慰使司下面則轄有管理民政的萬戶府、千戶所，並設有院使、同知、副使等官員，下轄西藏地區各級地方行政機構，包括宣慰司、安撫司、招討司、萬戶府、元帥府等。總制院的設立，是以宗教領袖統治西藏地區之始。藏傳佛教在忽必烈的推崇下，在社會與政治上均有極高的地位。此後諸位元帝均受藏傳佛教的戒律，藏傳佛教也逐漸推廣到蒙古各部。
1270年，八思巴爲忽必烈灌頂;忽必烈爲報答他的灌頂之恩和造字之功，晉封他爲帝師、大寶法王，並通過八思巴的舉薦，任命了總管西藏事務的行政長官和13個萬戶府的萬戶長。 “百年之間，朝廷所敬禮而尊信之者，無所不用其極。雖帝后賓妃，皆因受戒而爲之膜拜。正衙朝會，百官班列，而帝師亦或專席於坐隅。”
1271年，忽必烈改國號爲大元，建立元朝，而忽必烈即爲元世祖，又於1279年滅掉了南宋，統治全中國。此時原蒙古帝國已分裂爲元朝和四大汗國，各自爲政，大蒙古國不復存在。而這時西藏則爲元朝所設立的宣政院所管轄。一方面，由於元世祖及其後的元朝皇帝的大力支持，宣政院的職權一直由薩迦派所掌握，負責統治整個西藏地區。另一方面，元政府不僅成功在政治上控制了西藏，在文化和其他層面也受到西藏很大的影響，比如八思巴就曾經根據忽必烈的要求，按照藏文字母的拼音方式創造了蒙古文字，史稱“八思巴文”。兩者的關係是互惠的。元朝還幾次派遣官員入藏，在薩迦本欽的配合下，清查西藏各地的戶口，確定各個萬戶的貢賦，並且建立驛站以及保證驛站交通的烏拉差役制度，在此基礎上，元朝在西藏駐紮軍隊，設立各級官府，以保證對西藏的統治和政令的推行。
元末元順帝中後期，漢地局勢混亂，薩迦派在西藏的領導地位受到新興的帕木竹巴(元史作伯木古魯萬戶)的挑戰。在薩迦巴統治下的各部落中，止貢、帕竹和蔡巴三個萬戶長不僅轄區地廣人衆，佔有舉足輕重的地位。1358年，帕竹首領絳曲堅贊 藉故揮兵進佔薩斯迦，廢除最後一任薩迦本欽，控制了西藏大部分地區，由此結束了薩迦巴統治西藏的時期。
