多數日本所謂主流歷史學者認爲這個奏摺是僞造：
一直以來都只發現奏摺的漢文版本，而不見日語原文。
曾作爲“日本圖謀征服世界的證據”在遠東國際軍事法庭被提出，可是美國籍辯護律師反駁“文章的記述矛盾點多”，另外，盟軍在日本的檔案中從未發現該文件的存在。結果，有關“日本圖謀征服世界的證據”不足，沒有成立。
(值得注意的是就算遠東國際軍事法庭已未加以採認，至今卻仍被以假當真，繼續用來作爲反日教育的題材)。
有日本歷史家推測，製造了田中奏摺的，就是收到奏摺文本的張學良祕書王家楨。
疑點：上奏天皇只能經由內大臣，並沒有宮內大臣這條管道。
疑點：文中提到田中在歐美旅行之歸途受到中國人攻擊。→是在上海遭到朝鮮人攻擊。無弄錯自身經歷可能。
疑點：文中提到山縣有朋協調製定打開九國公約困境的策略。→但當時山縣有朋已死。無簽約可能。
疑點：文中提到中國政府建造了吉海鐵路。→上表文時間爲昭和2年，中國吉海鐵路竣工是上表後兩年後的事。(吉海鐵路確實於1927年開工，1929年才竣工[1])
疑點：本年(昭和2年)予定於東京開辦國際工業電気大會。→當時沒有這個大會，倒是國際工業動力會議首辦於昭和4年10月。
疑點：此上奏文不符日本上奏文的格式。
疑點：此上奏文之用句，與日本當時的用詞大相逕庭。
疑點：田中因爲東北事件處理不當，被天皇一怒之下革職，沒有機會上奏。
疑點：內容、日期表記錯誤極多，如宮內大臣“一木喜德郎”誤爲“一木喜德”
疑點：雖有諸國語言，卻獨獨沒有日文版，非但原文不存，連傳述版皆無。
疑點：臺灣商人偷偷潛入日本天皇皇居，躲匿書房二日，抄寫翻譯而出。→如何潛入?
反對造假
日方投降之前曾大量銷燬文件及證據，從此種行爲推測不排除其銷燬此證據的可能性。
重光葵在遠東軍事法庭上說明：日本在中日戰爭中的戰略行爲近似《田中奏摺》中所敘。
該奏摺在戰敗之前是機密內容，而此類內容經常在一定時間後銷燬，字詞錯誤僅是傳抄中出現的問題。
主張《田中奏摺》確有其事的人從大量線索入手，進行了深入調查考證，認爲斷定奏摺非真品的說法依據不足。一個證明，就是在《田中奏摺》公開後，中國官員在國聯有關會議上透露了文件抄自日本皇家書庫。日本當局隨即將書庫官員小下勇以下28人全部免職。而蔡智堪也遭到拘捕，身陷囹圄，財產損失殆盡。從日本一些軍政要人的回憶與隻言片語中，也能找到奏摺存在的蛛絲馬跡，如公開否認奏摺真實性的重光葵在自己的回憶錄中卻提及，他曾向田中義一查詢奏摺情況，田中答覆“非出本意”，意思說奏摺是按“東方會議”精神寫的，非出田中本人之意。近年來，研究人員還根據新發現的材料，對否定《田中奏摺》存在的種種觀點提出了反證。
學者們進而指出，證明《田中奏摺》不是僞造的最重要的依據，就是日本在1927年以後採取的侵略擴大行動步驟和事實，與《田中奏摺》中所作的戰略規劃如出一輒———有哪個人有如未卜先知的神仙一樣，能在1928年就十分準確地預言，日本在“征服滿蒙”之後開始對中國的全面侵略，在霸佔了中國大部領土後，又開始了突襲珍珠港、進攻東南亞各國的征服亞洲、世界的道路呢?
70年來，關於《田中奏摺》真僞的爭論一直持續不斷，也沒拿出令人無話可說的事實和結論來。其實，歷史已雄辯地證明，日本軍國主義者征服中國、亞洲和世界的野心和計劃，不管是否曾以《田中奏摺》的方式形諸文字，也早已成爲他們基本國策———因爲有無《田中奏摺》一事，也決不能改變日本軍國主義的罪惡歷史。
