牡丹社事件，是日本試圖吞併清朝藩屬國琉球國，並以此發動的一場軍事行動，這是中日兩國在近代史上的第一次重大外交事件之一。
在中國方面，不言賠償兵費，而將五十萬兩白銀拆成十萬兩的“撫卹”與四十萬兩的“購買道路房屋”，算是在保存顏面的情況下息事罷兵。
但因爲條約中有日本出兵是“保民義舉”字句，日本據此認定中國不否認琉球是日本的屬地。(1875年)繼續進行“琉球處分”，令琉球終止向中國朝貢，覆在1879年迫使琉球國王尚泰移住東京，派軍警進駐琉球，廢止“琉球藩”改設“沖繩縣”，但中國並未放棄琉球宗主權對日本提出抗議。1880年，在前美國總統格蘭特調解之下，日本提議及外務省底線將割琉球羣島以北歸日本，南邊的宮古、八重山島屬中國，中國則提出北邊的奄美羣島歸日本，中間的琉球羣島歸琉球國，南邊的八重山羣島(含八重山、宮古島等)歸中國，最後並未成案。直到1894年甲午戰爭日本擊敗清朝，臺灣割讓給日本，無力繼續過問琉球問題，琉球遂在國際默認下歸屬日本，但因中國與日本之間並沒有簽訂任何條約放棄琉球的宗主權改歸日本，直至今日中華民國與中華人民共和國亦未正式與日本政府簽訂條約承認日本政府擁有琉球主權。
“牡丹社事件”前，臺灣東部是否屬於清朝管治範圍並未得到歐美國家廣泛承認。牡丹社事件之後清廷體認到臺灣的重要性，轉爲積極治理臺灣，增設府縣，並對臺灣東部及原住民地區以“開山撫番”進行開發、征服及臺灣東西部越嶺古道，雖最後仍無法有效統治原住民地區，但可防止外國勢力以原住民治理問題進犯臺灣。並於1884年爆發中法戰爭後，1885年建立福建臺灣省直至1895年割讓臺灣予日本。
