五年三月以前，起義軍處於發展、壯大階段。起義軍因得到各地人民的支持，所到之處，“有屋舍以棲止，有衣食、火藥以接濟，有騾馬芻草以奪騎更換”，且有各地教徒“爲之嚮導負運”，多次重創清軍，嘉慶五年四月四川江油馬蹄岡戰役以後，起義始轉入低潮。人數從十幾萬減至幾萬人，許多重要將領相繼犧牲。清政府的“堅壁清野”與“寨堡團練”之策，已逐漸推廣併發揮作用。通過築寨堡、並村落，令百姓移居其中，將民間糧秣給養充實其內，又訓練丁壯，進行防守，從而切斷了起義軍同人民間的聯繫，使之無法得到糧草與兵源的補充，力量日漸枯竭。
嘉慶六年下半年，起義軍活動基本上只限於川楚陝邊境地區，轉戰在萬山老林之中，人數已不超過兩萬四千，而圍剿的清軍，則十倍於此。起義軍在極端艱苦的條件下，堅持戰鬥，至九年九月，起義終告失敗。
影響
這次大規模起義耗費了清朝政府十六省的數十萬軍隊，並導致十餘名提督、總兵等高級武官及副將以下400餘名中級武官陣亡。據統計，清朝前後投入超過兩億兩白銀，相當國庫五年財政收入，使國庫爲之一空，“川楚之役，則諸將會飲，雖深箐荒麓間，蟹魚珍錯輒三四十品，而賞伶犒僕之費不與焉。凡糧臺地，玉器裘錦成市，饋獻、賂遺、賭博，揮霍如泥沙”。八旗、綠營等清朝正規軍之腐朽在起義中暴露無遺，清政府被迫依靠地方團練鎮壓起義。
乾隆後期，由和珅帶頭貪瀆，各種社會矛盾激化，官僚大肆兼併土地，貪官污吏橫行。川楚教亂標誌着清朝走向衰落的開始。川楚教亂平亂不久，直隸、河南、山東諸省又發生天理教領導的癸酉之變。
