根據《晉書·卷五十一列傳第二十一·束皙》記載，在晉武帝太康二年，名叫不準的汲郡人盜墓，得到墓冢的竹簡數十車，皆以古文(秦統一前的戰國文字，或說“蝌蚪文”，或說“古文”，或說“小篆”，不一而足)記載，史稱“汲冢書”。其中有記載夏商周年間的史書十三篇，晉人初名之“紀年”(又稱“汲冢紀年”)。
中書監荀勗﹑中書令和嶠奉命將散亂的竹簡排定次序，並用當時通用的文字考訂釋文，遂有初釋本竹書紀年。又稱“荀和本”。凡十三篇，按年編次，敘夏、商、週三代，接以晉國、魏國排次，而周平王東遷後以晉國紀年，三家分晉後以魏國紀年，至少今王二十年止。初釋本認爲竹簡所記的今王應該是魏襄王，汲郡所盜的墓冢應該是魏襄王的。
當時和嶠認爲竹書紀年起自黃帝，但是這個意見未被採納，或將記載黃帝以來史事的殘簡作爲附編收錄。
永嘉考正
由於竹簡散亂，而戰國文字當時已經不能盡識，因此爭議很大。到了晉惠帝時期，祕書丞衛恆奉命考正竹簡，以定衆議。但是八王奪位，永嘉之亂爆發。衛恆被殺害。其友佐著作郎束皙續成其事，遂有考正本竹書紀年，又稱“衛束本”。
考正本認爲竹簡所記的今王應該是魏安釐王，汲郡所盜墓冢應該是魏安釐王的。
永嘉之亂，竹書紀年的竹簡亡佚，而初釋本、考正本傳世。《隋書·經籍志》錄有竹書國異一卷，或是後人據此兩種本子所作的校記。
宋時亡佚
可以說，《竹書》在宋代的亡佚絕非偶然。《竹書紀年》如此重要的一部學術著作，在傳承了六百年之後，爲何會在宋代又一次亡佚呢?完全可以想象的出來，當《竹書紀年》出土之後，給當時的思想學術界會帶來何等巨大的震動。儒學成爲國學，宋朝二程、朱熹一派的理學居於正統。與儒家史學體系衝突極大的《竹書》理所當然地被宋儒視爲異端邪說，必欲除之而後快，清代朱右曾所著的《汲冢紀年存真》序中一針見血地指出：“學者錮於所習，以與《太史公書》及漢世經師傳說乖牾，遂不復研尋，徒資異論。越六百餘歲而是書復亡。”與這一趨勢相吻合，《竹書紀年》在安史之亂到唐末五代傳抄本逐步開始散佚，宋代的《崇文總目》、《郡齋讀書志》、《直齋書錄解題》已不加著錄。
《竹書紀年》相對於漢儒經典太異類了，實際情況是，《竹書紀年》衝破了儒家古代歷史體系。
一，讓我們以禪讓爲例來說明這一點。禪讓在儒家倫理道德治國體系中的作用十分重要，它是以禮以仁治國的典範，而《竹書紀年》記載卻是：“昔堯德衰，爲舜所囚”，還說“后稷放帝朱于丹水 ”后稷就是棄，周人始祖，舜的親信。也就是說，《竹書紀年》中並不存在禪讓的說法，而是舜囚禁堯登上帝位。
二，關於商王朝重要輔臣伊尹，根據《竹書紀年》記載，伊尹放逐了商湯的長孫“太甲”自立，太甲在桐宮被關了兩年多，後來趁機從桐宮逃回王都，殺了伊尹，恢復了王位，還寬宏大量地對待伊尹的兩個兒子，讓他們分了伊尹的田宅。原文是：“伊尹放太甲於桐，尹乃自立，暨及位於太甲七年,太甲潛出自桐，殺伊尹，乃立其子伊陟、伊奮，命復其父之田宅而中分之。”以上和正統是完全不同的。
但在儒家的史料中，故事是這樣的：太甲繼承王位後不聽伊尹的勸告，胡作非爲起來，太甲被伊尹關在桐宮，深爲悔恨，終於改邪歸正，有了良好的表現，於是伊尹又把他迎回都城。伊尹稱讚太甲悔過自新。太甲則回答：“過去我曾經違背您的教導，將來希望您繼續指導我走正路。上天製造的災禍，還可以躲避;我自己製造的災禍，就沒有辦法逃脫了(天作孽，可違也;自作孽，不可以逭，《尚書·商書·太甲》)。”(注：目前不能確認兩種說法孰是孰非)
歷史上的盜墓行爲，有時也可以導致重要的文化發現。秦始皇焚書，真正產生滅絕性後果的是戰國時期除秦之外各國史記的被毀，歷代史學家對此痛心不已。然而西晉初年，這種損失居然出人意料地得到了些微小的彌補。相信考古不斷有新發現，竹書、帛書不斷問世，象銀雀山、睡虎地等，史學家開放的心態，一定可以還歷史一個真面目。
宋明今本
歷經安史之亂、五代十國，初釋本、考正本漸漸散佚無存。宋代目錄書，諸如《崇文總目》﹑《郡齋讀書志》﹑《直齋書錄解題》已不加著錄。
元末明初乃至於明代中期，出現了竹書紀年刻本，其春秋戰國部分以周王室紀年記事，與初釋本、考正本不同，是爲今本竹書紀年。清代學者錢大昕等人指斥其爲僞書，姚振宗《隋書經籍志考證》更推斷爲明代嘉靖年間天一閣主人範欽僞作。
南宋初年，羅泌《路史·國名紀》戊注曾引《紀年》桓王十二年事，已不用晉國紀年，除多一字外，與今本全同，據此推斷今本最遲在南宋初年出現。
清儒古本
清代學者熱衷於訓詁考究，其中研究竹書紀年的甚多。
嘉慶年間，朱右曾輯錄竹書紀年的佚文，加以考證，編成《汲冢紀年存真》 ，是爲古本竹書紀年。 王國維在這個基礎上，再輯成《古本竹書紀年輯校》。
範祥雍進一步編成《古本竹書紀年輯校訂補》。
現今通行
1981年，方詩銘綜合有清以來朱、王、範三家著述，重加編次，廣爲蒐集，細緻考證，與王修齡等人輯錄成《古竹書紀年輯證》，隨書收錄王國維《今本竹書紀年疏證》，是現今較爲完備的本子。
竹書紀年的內容有與傳統正史記載不同處，如"(殷)祖乙勝即位﹐是爲中宗"，與《史記殷本紀》等以中宗爲太戊不同，但與甲骨文"中宗祖乙"的稱謂卻完全相合，可見竹書紀年的史料價值甚高。
《竹書紀年》凡十三篇，敘述夏、商、西周和春秋、戰國的歷史，按年編次。周平王東遷後用晉國紀年，三家分晉後用魏國紀年，至"今王"二十年爲止。《竹書紀年》是中國春秋戰國時期晉國、魏國史官所記之史書，是中國古代唯一留存的未經秦火的編年通史。它的歷史價值和社會價值皆在古代經史之上。此書開篇是以君主紀年爲綱目，上下記載了89位帝王、1847年的歷史。
四庫提要
《竹書紀年》·二卷(內府藏本)
案《晉書·束晳傳》：晉太康二年，汲縣人發魏襄王冢，得古書七十五篇。中有《竹書紀年》十三篇。今世所行題沈約注，亦與《隋志》相符。顧炎武考證之學最爲精核，所作《日知錄》中，往往引以爲據。然反覆推勘，似非汲冢原書。考平王東遷以後，惟載晉事;三家分晉以後，惟載魏事。是魏承晉史之明驗。然晉靈公桃園之事，董狐所書，明見《左傳》，孔子稱趙盾爲法受惡，足知未改史文。乃今本所載，仍以趙穿蔽獄，則非晉史之舊也。《束晳傳》稱《竹書》夏年多殷，益幹啓位，啓殺之。今本皆無此文。又杜預注《左傳》攜王奸命句，引服虔說，以爲伯服，《疏》並引束晳以爲伯盤。今本乃有餘臣之說。使《竹書》原有此文，不應二人皆未睹，則非束晳、杜預所見本也。郭璞注《穆天子傳》，引《紀年》七條。以今本核之，相同者三條。璞稱《紀年》而今在注中者三條。璞時不應先有注。且三條併爲一條，文亦不屬。其“穆天子見西王母，西王母止之曰：有烏 人”一條，今本無之。則非郭璞所見本也。《隋書·經籍志》曰：紀年皆用夏正建寅之月爲歲首。今本自入春秋以後，時月並與經同，全從周正，則非隋時所見本也。《水經注》引《竹書》七十六條，皆以晉國紀年，如《春秋》之爲魯史。而此本晉國之年皆附周下。又所引“出公六年荀瑤成宅陽”，“梁惠王元年鄴師邯鄲，師次於平陽”，“魏襄王六年秦取我焦”及“齊師伐趙東鄙圍中牟”諸條，今本皆無。其他年月亦多舛異，則非酈道元所見本也。《史通》引《竹書》“文王殺季歷”，今本作“文丁”。又引《竹書》“鄭桓公，厲王之子”，今本錫王子多父命居洛，在宣王二十二年。王子多父爲鄭公在幽王二年，皆不雲厲王子，則非劉知幾所見本也。《文選注》引《竹書》五條，今惟有“太甲殺伊尹”一條，則非李善所見本也。《開元佔經》引《竹書》四條，今本皆無，則非瞿曇悉達所見本也。《史記索隱》引《竹書》晉出公二十三年奔楚，乃立昭公之孫，是爲敬公。今本作“出公薨”。又引秦與衛戰岸門，惠王后元十一年會齊於平阿，十三年會齊於甄，齊桓公君母，齊宣王后，宋易成肝廢君自立，楮裏疾圍蒲七條，今本皆無，則非司馬貞所見本也。《穀梁傳疏》引《竹書紀年》周昭王膠舟之事，以駁《呂氏春秋》。今本但曰王陟，無膠舟事，則非楊士勳所見本也。《元豐九域志》引《竹書》陰司馬敗燕公子翌於武垣一條，今本亦無，則非王存所見本也。《路史》引《竹書》周武王年五十四，辨武王非年九十三。今本乃作九十三。又注引《竹書》夏後不降六十九年，證《世紀》五十九年之異。今本乃亦作五十九。《路史》又引樑惠成八年雨骨於赤鞞，注又引夏桀末年社坼裂。今本並無。則非羅泌、羅蘋所見本也。《戰國策注》引《竹書》魏救中山，塞集胥口。今本無之。則非鮑彪所見本也。《廣川書跋》引《竹書》秦穆公十一年取靈邱，今本無之，則非董逌所見本也。雖其他證以《竹書》往往相合。然允徵稱辰弗集於房，說命稱舊學於甘盤，均出梅賾《古文尚書》。在西晉之後，不應先見《竹書》。豈亦明人鈔合諸書以爲之，如《十六國春秋》類歟。觀其以春秋合夏正，斷斷爲胡傳盛行以後書也。《沈約注》外又有小字夾行之注，不知誰作。中“殷小庚”一條，稱約案《史記》作太庚，則亦當爲約說。考《元和郡縣誌》，魏武定七年始置海州，隋煬帝時始置衛縣。而注舜在鳴條一條，稱今海州。夏啓十一年放武觀一條，稱今頓邱衛縣。則非約語矣。又所注惟五帝三王最詳，他皆寥寥。而五帝三王皆全鈔《宋書·符瑞志》語。約不應既著於史，又不易一字移而爲此本之注。然則此注亦依託耳。自明以來，流傳已久，姑錄之以備一說。其僞則終不可掩也。
