在以前日本製作動畫(不只是《精靈寶可夢》，其他許多動畫都採用過)爲了表達震撼感，會採用背景閃爍不同顏色光的技術。在每秒24個畫面的速度下，每1～2個單位時間反覆不同畫面，例如爆炸時畫面用白→黑→白→黑的快速閃光。除了達到視覺暫留的震撼效果，還能節省動畫製作的時間與成本，因此過去20年以來這一技術一直被普遍使用。
在“電腦戰士3D龍”當中，爲了配合這集主要的“電腦世界”場景，爆炸的閃光都以紅→藍→紅→藍代替。另外爲了達到震撼效果，這集使用了閃爍技術的頻率也比以往的高。
經過製作單位檢驗後初步認爲沒異狀。不過製作單位沒考慮到，精靈寶可夢在當時是轟動全日本的動畫片，觀衆中有許多眼睛比大人更敏感的青少年。加上兒童大多喜歡不眨眼地盯著電視看，而紅光跟藍光(最爲刺激人眼)快速切換的速率又高達1/12秒一次，於是在這些孩子觀看動畫的同時，視神經受到強烈刺激，影響到腦部的控制，輕則不舒服，重則會昏厥或痙攣,這些現象在醫學上被稱爲急性光過敏症，也稱爲光敏感性癲癇症。在以往並不被人重視的光過敏症，因爲這個事件而在醫學界開始大力研究，並也促成新的動畫製作規則的制定。
在第38集出問題後，東京電視臺以及日本各地電視臺決議，在制訂新的動畫製作規則前先停播《精靈寶可夢》動畫以避免恐慌。並且在同一時間內也爲《忍者亂太郎》等多部採用閃爍技術的動畫進行大幅度的減光處理，防止另一波的光過敏事件，之後又制定了更加安全嚴苛的製作規則(禁止使用強光閃爍技術與高色差背景) 。
但《精靈寶可夢》並沒有受到3D龍事件帶來的負面影響，相反地，"神奇寶貝熱"被燒得更旺。再加上在包括當時送醫的觀衆也強烈希望再度看到《精靈寶可夢》動畫的情況下，東京電視臺在1998年4月16日換到復播了。原定的39～42集變成了番外篇，分別放在了52、53、65和66集(即臺版的51、52、64和65集)，正因爲這樣，有些人就認爲在臺版65集出現了小火龍，這是個錯誤。而新的39集則改成原先的特別篇，動人心絃的“皮卡丘的森林”，這一集的收視率居高不下。
至今爲了避嫌，3D龍以及其進化型3D龍2(官譯：多邊獸2)、3D龍z(官譯：多邊獸z)都沒辦法在神奇寶貝的動畫裏登場了。但也正是因爲3D龍事件的發生，使神奇寶貝不僅扮演了動畫界研究光過敏症的先驅，還預防了其他動畫重蹈覆轍，可以說，神奇寶貝和3D龍事件改變了全世界的動畫製作界。第三世代加入的拉魯拉斯精靈，和3D龍一樣是變性特性，所以動畫版基本上已被拉魯拉斯和進化體取代這一特性。所以，我們收看的《精靈寶可夢》不僅熱門，而且還是製作最嚴謹、最安全的動畫之一。
