934年10月初，長征就要開始了。邱會作發現國家保衛局派來的特派員表情很蹊蹺，一直死死地盯着他，上廁所也一步不離。因爲邱知道紅軍的全部實力和紅軍準備退出中央蘇區的機密，怕他開小差，於是決定將他徹底"保密"，只要保衛局的死刑命令一到，行刑隊就動手。一天黃昏，突然衝進來幾個人，把邱綁了，國家政治保衛局執行部部長張炎和展示了鄧發籤署的處決手令。
邱連喊冤枉，但沒有用。湊巧在押解執行的路上，周恩來、鄧發、葉季壯三人騎馬迎頭而來，葉季壯見狀大吃一驚，立即問周恩來，周恩來也有些驚愕，但沒有說話，只是面向鄧發，鄧發向周恩來擠擠眼睛，示意是按老規矩辦。邱會作則死死地盯着周恩來。周恩來略加思考，對鄧發說："他還是個孩子!交給葉季壯帶回去吧。"邱被鬆了綁，跟在葉季壯馬後，跑回供給部。葉季壯又給周恩來打電話，埋怨殺人連個招呼都不打。一會兒周恩來打來電話，要葉季壯和邱會作立即到他那裏去。到了周那裏，看見張炎和也在。邱沒有進去。過了一小會兒，葉季壯和張炎和出來了。
周恩來看見邱會作，握了握他的手說，決定免他一死，還要特別保護，帶着一起長征。並交待，對曾想處決的事要絕對保密。1936年軍委總供給部駐在延長永坪，邱會作任糧秣處長，同周恩來住在一個大院裏，李克農、鄧發等人也在一起。幾個人在周恩來辦公的大炕上看報聊天，一次無意中談到了瑞金的生活，
李克農問鄧發："長征臨出發之前，你爲什麼要把邱會作抓住殺掉，難道就因爲他多知道了些機密嗎?要不是周副主席，閻王那裏就多了一個鬼。"鄧發略有羞愧地說："那件事的起因你都知道，幸好沒有造成千古之恨!"周恩來爲鄧發開脫："離開江西之前，殺了一些不應該殺的人，當時我們都有責任。沒有殺了他，是葉季壯堅決不同意，否則要等到殺掉之後才彙報上來，那就晚了。現在大家對亂殺人的事很痛恨，這是我們黨一個最爲慘痛的教訓。"後來在延安，周恩來對邱提起這件事："你當時直盯盯的眼睛望着我，給我的印象很深!"邱會作晚年完成的回憶錄記載了此事。他感慨：葉季壯一個爭辯，周恩來一道命令，把我的腦袋保留下來了!讓我多活了七十年
