岡田以藏出生在土佐藩(現高知縣)城下的一個鄉士家庭。他的父親本是一名身份低微的足輕，用盡積蓄才購買了鄉士的身份。土佐藩的身份等級制度十分嚴苛，爲了提高地位，增加出人頭地的機會，花錢購買鄉士身份的人並不少見，阪本龍馬家的鄉士身份也是花錢購得。兩人雖同是土佐鄉士出身，但岡田以藏選擇了和阪本龍馬截然不同的道路。
岡田以藏年幼時家庭貧困，他只能自己用木刀來練習劍術。後來，他的家庭經濟情況稍稍改善，家人便把他送進麻田勘七的道場學習。他雖然顯露出不凡的天賦，但同門鄙視他的出身，他不堪受辱，於是很快退學。岡田以藏在18歲那年進入武市瑞山的小野派一刀流劍術道場，從此，他的人生便和武士瑞山緊緊捆綁在一起。岡田以藏剛入道場時，武市瑞山覺得他僅僅是一個沉默寡言的鄉村少年。但沒過多久，武市瑞山便發現了這名少年身上的劍術天賦。武市瑞山認爲他是可造之材，對他進行了特殊指導。在等級森嚴的土佐藩，只有藩主山內家的譜帶武士才能獲得上士身份。武市瑞山雖然也是鄉士出身，但卻是相當於上士的白札鄉士。一向自卑的岡田以藏本來就視武市瑞山爲了不起的人物，但這位了不起的人物不但不嫌棄自己，還對自己十分關照，經常單獨指導自己劍術。在岡田以藏的心中，武市瑞山不僅僅是恩師，更是自己的偶像。
安政三年(1856年)，武市瑞山得到了土佐藩廳的許可，前往江戶的鏡心明智流桃井道場學劍。岡田以藏不願離開師傅，不久便跟隨藩主山內豐範來到江戶，進入了武市瑞山所在的桃井道場。在桃井道場，岡田以藏的劍術被稱讚爲“出劍矯捷如飛鷹”。他一心練劍，對世間其他種種一概不感興趣。岡田以藏在桃井道場安心學劍，並和同爲土佐藩出身的阪本龍馬成爲了朋友。萬延元年(1860年)3月3日，江戶幕府大老井伊直弼在櫻田門外被水戶浪士偷襲身亡，是爲“櫻田門之變”。井伊直弼生前強硬推行開國政策，打擊攘夷勢力。井伊直弼死後，幕府政策爲之一變，連一直籠罩在肅殺氣氛中的江戶城也輕鬆了許多。僅僅殺掉一人，居然會有如此效果，親眼目睹了江戶幕府變化的武市瑞山開始重新認識到劍術的重要性。7月，他帶着岡田以藏等弟子游歷九州各地，學習各流派的劍術精髓。豐後岡藩有一位劍術指導劍法超羣，連武市瑞山都心生感佩。他將岡田以藏留在豐後岡藩，囑咐他用一年時間跟隨這位劍術指導學習。岡田以藏對師父的格外關照感激涕零，他發誓一定好好練劍報答師父的恩情。單純的他並不知道，武市瑞山之所以對他的劍術進展如此關心，是有心將他培養成一把得心應手的殺人之劍。
文久元年(1861年)7月，受人脈極廣的大石彌太郎邀請，武市瑞山得以同長州藩的桂小五郎、久阪玄瑞、高杉晉作，以及薩摩藩的樺山三元、水戶藩的巖間金平等“尊王攘夷派”志士交流。武市瑞山同長州藩的久阪玄瑞，薩摩藩的樺山三元定下密約，大家同心協力促使土佐藩藩主接受攘夷主張，以實現“三藩聯合攘夷”。8月，武市瑞山在位於江戶築地的土佐藩藩屋中與同志們祕密結成“土佐勤王黨”。爲了實現“三藩聯合攘夷”，武市瑞山帶着部分黨員回到土佐藩，進行遊說活動。此時，掌握土佐藩藩政的是深得藩主信任的吉田東洋。吉田東洋鼓吹“開國”，倡導“公武合體”，不贊成激進的攘夷與倒幕主張。武市瑞山前往吉田東洋的私宅，向他遊說“勤王攘夷”的政策。吉田東洋直言土佐藩的山內家與江戶幕府關係親厚，不可能像長州藩的毛利家、薩摩藩的島津家一樣聽任浪士擺佈。武市瑞山苦苦相勸，但見吉田東洋頑固不化，只得作罷。
文久二年(1862年)3月，薩摩藩藩主島津久光率兵入洛，向天皇面陳自己的政治主張。武市瑞山看到薩摩藩已經佔了先機，而土佐藩的藩政毫無改善，漸漸起了焦躁之意。武市瑞山爲了清除擋在眼前的絆腳石，決定暗殺吉田東洋。4月8日晚，“土佐勤王黨”的那須信吾等人埋伏在路邊，將從藩主宅邸步行回家的吉田東洋亂刀砍死。吉田東洋死後，土佐藩的保守派們掌握了土佐藩政。他們一旦掌權，便開始逐步廢棄吉田東洋所制定的政策。土佐藩內的風向改變，原本主張“公武合體”的藩主也漸漸傾向於勤王攘夷。
井伊直弼被殺之後，江戶幕府的風向爲之一變。而吉田東洋被殺之後，土佐藩的藩政也有了大大進展。在武市瑞山看來，暗殺確實是簡單高效的利器。而正在這個時候，岡田以藏也從豐後學成歸來，成爲土佐勤王黨的一員。看見師父在土佐藩中掌握了發言權，岡田以藏十分喜悅。他何曾想到，在他心目中無比崇高的師父，已經決定將他作爲殺人武器來使用了。同年6月，土佐藩主山內豐範奉旨前往京都參與政事，武市瑞山帶着岡田以藏跟隨藩主到了大阪。誰知前藩主山內容堂不忿寵臣吉田東洋死於非命，命令下橫目(官名)井上左市郎調查暗殺實情。井上左市郎懷疑土佐勤王黨與暗殺有關，親自赴大阪暗中調查武市瑞山的行蹤。武市瑞山唯恐實情敗露，立刻命令岡田以藏帶着幾名黨員迅速處理，以免夜長夢多。 8月2日晚，井上左市郎受同鄉之邀，前往大阪道頓堀邊上的料亭宴飲。同鄉滿面堆歡，頻頻勸酒，熱情非常。井上左市郎何曾想到，這位同鄉正是受了武市瑞山之託，特意將他誘出灌醉，以便加以誅殺。酒足飯飽後，井上左市郎和同鄉沿着道頓堀散步。突然，岡田以藏帶着兩人出現在井上左市郎的面前。岡田以藏用手巾死死勒住井上左市郎的脖子，讓他發不出一點聲音，另一個人隨即持短刀刺中他的腹部。井上左市郎斷氣之後，三人將他沾滿鮮血的屍體踢進道頓堀。屍體轉眼間沉入水中，不見蹤影。
這是岡田以藏最初的暗殺活動。從那天起，在武市瑞山的指示下，他以“天誅”爲名大開殺戒，京都大阪地區多了許多死在他手下的亡魂。
閏8月20日，與武士瑞山政見不和的本間精一郎被殺。岡田以藏和薩摩藩的田中新兵衛等8人將酒醉的本間精一郎團團圍住，本間精一郎身中數刀仍頑強抵抗，田中新兵衛一刀將他斬首，岡田以藏將屍體扔進河中，首級掛在四條河原暴屍。屍首下掛着“巧言令色，欺瞞貴人”的字條。閏8月22日，前關白九條家的諸大夫宇鄉重國被殺。宇鄉重國曾與島田左近共同彈壓攘夷志士，還積極推動和宮降嫁，是攘夷志士眼中不可饒恕的惡人。島田左近被殺後，宇鄉重國感到危險，不時變換居所。當天晚上，岡田以藏等人撞破了臥室的大門，突然出現在他眼前。宇鄉重國起身欲逃，被岡田以藏一刀砍倒。他的孩子逃到河堤上，也被搜出殺掉。宇鄉重國的首級被扔在鴨川河岸上暴屍。 閏8月30日，潛藏在京都的文吉被殺。“安政大獄”的發起者井伊直弼有一個得力助手島田左近，而文吉又是島田左近的走狗，曾經親自抓捕過很多攘夷志士。文吉依仗着島田左近的權勢胡作非爲，他不但放高利貸，還強姦過御所的女官，是當時京都有名的惡棍。岡田以藏帶着兩個助手找到他的藏身之處，親手勒死了他。因爲文吉這樣的卑鄙小人，不配死於刀下。死了的文吉全身衣服被剝光，扔在三條河原暴屍，屍體邊被放了一張紙條，上書“走狗”。
9月23日，渡邊 郎、森孫六、大河原重藏和上田助之丞等四人被殺。渡邊 郎等四人原爲京都町奉行與力，曾經與長野主膳、島田左近等一起參與過攘夷志士的抓捕。宇鄉重國和文吉被殺後，四人轉往江戶任職，暫時逃得性命。9月23日，四人因公在石部宿(現滋賀縣)過夜，被岡田以藏等30餘名志士團團圍住。四人在衆多圍觀者的眼前被亂刀砍死。除了這些，參與過“安政大獄”抓捕的賀川肇、彥根藩長野主膳的助手多田帶刀、曾經在“安政大獄”中變節的池內大學也接連被殺。賀川肇和池內大學的屍體被大卸八塊，扔進了“公武合體派”公卿的宅邸之中。連受賄貪污的原商人平野屋壽三郎和煎餅屋半兵衛也被綁在河邊的木柱上，備受羞辱。 一時間，京都大阪地區被“天誅”的腥風血雨所席捲。曾參加過“安政大獄”鎮壓活動的人無一倖免，甚至“尊王攘夷派”中也有人死於岡田以藏手下。“天誅”活動讓京都中的公家和武士們人人膽寒，更引發了廣泛的不滿，連孝明天皇都有所耳聞。關白近衛忠熙命令武市瑞山控制“天誅”行動的擴大，武市瑞山只能聽命。
“天誅”活動被迫停止，在武市瑞山的眼中，岡田以藏也成了無用之人。但是，阪本龍馬始終沒有忘記岡田以藏這個友人。在阪本龍馬看來，飛鳥盡良弓藏，狡兔死走狗烹。岡田以藏跟隨在武市瑞山身邊，最終仍會落得悽慘下場。文久三年(1863年)1月，在阪本龍馬的推薦下，岡田以藏拜於幕府重臣勝海舟門下，3月開始擔任勝海舟的護衛。勝海舟在京都時曾經在夜間遇襲，三名刺客手持長刀，而勝海舟身邊只有岡田以藏一人。看見刺客舉刀欲劈，岡田以藏瞬間引刀出鞘，將爲首一名刺客砍成兩段。其餘兩人被濺得滿臉鮮血，駭得轉頭便逃，以爲自己遇見了鬼怪。仗着岡田以藏的精湛刀法，勝海舟撿得一條性命，既驚且嘆。但勝海舟隨後規勸岡田以藏改邪歸正，不再濫殺無辜。還讓他學習阪本龍馬的做法，早早與武市瑞山保持距離。雖然勝海舟苦口婆心相勸，岡田以藏只是默不作聲。其實，他所做的一切，從來都不是出自本願，僅僅是爲了博得恩師武市瑞山的一句誇獎。從少年時代開始，他一直奉武市瑞山爲神明，對他言聽計從，從不加以忤逆。若離開了武市瑞山，離開了土佐勤王黨，他還能去哪呢?又能做什麼呢?
但是，對於暫停了“天誅”行動的武市瑞山而言，岡田以藏已經成爲棄子。沒人再關心他的去向，更無人關注他的想法。同年8月18日，“八一八之變”爆發，高唱尊王攘夷的長州藩勢力被清除出京都，朝廷中的攘夷公卿也被迫下野，“公武合體派”又掌握了實權。在土佐藩內，善於審時度勢的山內容堂也重新倒向“公武合體派”，9月就開始了對“土佐勤王黨”的全面逮捕。武市瑞山等一衆土佐勤王黨人猝不及防，被一網打盡。當時的岡田以藏因已遊離於勤王黨之外，僥倖逃得一條性命。但是，離開了武市瑞山，岡田以藏像是失去了生存的目的。他失魂落魄地在京都市中徘徊，被懷疑是劫掠財物的強盜而被捕入獄。有人認出了他是惡名昭著的“人斬以藏”，他又被送到土佐藩廳，接受更嚴密的拷問。 被關在土佐監獄中的武市瑞山得知岡田以藏被送回土佐後，怒不可遏。武市瑞山認定岡田以藏一定會招供，他充滿怨毒地寫道：“這種傻瓜早早死了就好。”岡田以藏入獄後雖然遭到嚴酷的拷打，但並未招供。可是，武市瑞山等勤王黨人仍然不放心，他們試圖買通獄卒，讓獄卒在岡田以藏的飲食中下毒，以絕後患。但是，他們的下毒計劃被意外發現，沒能成功。岡田以藏聽說自己一生敬愛的恩師居然想毒殺自己，在牢房中放聲大哭。自己爲了武市瑞山出生入死，到頭來還是得不到分毫的信任和認可。他悲憤莫名，決定自白，交代所有罪行。
很快，武市瑞山被責令切腹，岡田以藏則被處斬刑。
明治維新之後，高知縣護國神社立起了南海忠烈碑，上面一一刻着殉難的土佐勤王黨人姓名，岡田以藏的姓名卻沒有出現。岡田以藏本是一個沉默木訥的少年，他因武市瑞山而踏上暗殺的黑暗之路，最終成爲雙手沾滿鮮血的“人斬以藏”，他的人生比其他勤王黨人更值得哀悼。在以武市瑞山爲首的土佐勤王黨人看來，岡田以藏從來不是同志。他甚至不是一個人，只是一個可以隨時拋棄的殺人工具。岡田以藏一生都想得到武市瑞山的認可，當他聽到武市瑞山要毒殺自己的消息時，他才終於意識到自己在恩師的心中毫無價值。殘酷的現實讓他深受刺激，最終導致了他的自白。岡田以藏被處刑時，曾爲自己的自白深深後悔。在內心深處，他還是愛着武市瑞山這位恩師的吧。“爲君盡心，鏡花水月。我身死後，萬里晴空。”這是岡田以藏的辭世詩。在幕末，岡田以藏是人人厭惡的殺手，明治維新以降，他又是被人唾棄的變節者。但是，一百餘年後的今天，很多人開始改變了對他的認識。開始重新審視這個孤獨、寂寞、一生都想贏得師父認可的青年。 岡田以藏享年28歲。
