李孜省解決了，朱祐樘開始着手處理他最爲憤恨的一幫人——傳奉官。這些傳奉官都是靠逢迎巴結和行賄送禮而得到官位的，因此根基都不深厚，既是最該收拾的，也是容易收拾的，更是朱祐樘最想收拾的。而要解決傳奉官，首先要扳倒的就是他們的頭目樑芳(萬貴妃最信任的太監)。樑芳被捕後，樹倒猢猻散，兩千多名傳奉官被罷免。眼看着一場轟轟烈烈的整治運動展開，這下與樑芳勾結的色鬼和尚繼曉慌了，他見勢不妙，拔腿就跑，跑回了自己的老家江夏，還安安穩穩地過了一年太平日子。
可能是看到沒人來抓捕他，繼曉漸漸放鬆了警惕，以爲風頭過了，於是，又操起了老本行——招搖撞騙。爲了顯示自己曾經有多威風，他拿了一塊黃綢布把右手包起來，見人就吹噓，說這是當年先帝用過的。但是，他沒有想到，此時京城彈劾他的奏摺幾乎鋪滿地。弘治元年(1488年)六月，朱祐樘下令捉拿繼曉，判以死刑，家屬充軍。由於繼曉曾逃亡一年，刑部、大理寺等相關官員也被牽連，因瀆職罪遭到懲處。在朱祐樘的整頓中，最緊張的就是萬喜了。作爲萬貴妃的弟弟，他仗勢欺人、罪惡滔天。他也清楚，自己是死有餘辜，況且萬貴妃害死了朱祐樘的母親，這份仇恨實在太深。於是，萬喜交代好後事，蹲在監獄裏等死。但出乎意料的是，一段時間後，萬喜被釋放了，原來朱祐樘扣留了大臣們的上書，他希望一切到此結束。
經過一番清理，罷遣了禪師、真人等二百四十餘人，佛子、國師等七百八十餘人，革除了傳奉官兩千餘人。伴隨這些整頓，成化朝諸如修樓蓋廟、作法拜佛之類的事都被叫停;所佔的民田發還於民，種種有惡行的採辦官們也都被撤職。此時的朝廷，再無牛鬼蛇神，因此朱祐樘決定放過萬喜，即使對他有着刻骨仇恨。這就是朱祐樘的胸襟，他寬恕了傷害他的人，因爲與復仇相比，他還有更重要的事要做，那就是國家的復興與發展。在朱祐樘的努力下，明朝又出現了一段時間的治世——弘治中興。
