繼位後，皇太極順應歷史發展趨勢，促進了後金政權的封建化進程。他派人丈量土地，將“各處餘地”歸公，發給民戶耕種，不許旗主、貴族再立莊田。又把原來每13名壯丁編爲一莊改爲每8名壯丁編爲一莊，“其餘漢人，分屯別居，編爲民戶。”並下令編審壯丁，解放部分奴婢爲編民。這些措施，使滿族貴族的特權受到一定製約，有利於發展農業生產。他極力學習漢族文化，命儒臣翻譯漢字書籍。
1632年(天聰六年)農曆正月，廢除“與三大貝勒，俱南面坐”，共理朝政的舊制，改爲自己“南面獨坐”，突出汗位獨尊地位。繼而尋機削除異已，剷除了威脅汗位的三大貝勒勢力，使汗權得到鞏固。仿明制，設內三院，六部，“停王貝勒領部院事”，獨主政務。又設都察院和理藩院，建立起一套較爲完備的國家機構。集中了汗權，加強了專制統治。
爲了擴大兵源，創立了漢軍八旗和蒙古八旗。命人在老滿文的基礎上增加圈點，將老滿文改造成新滿文。爲了聯絡蒙古和西藏，大力扶植和宣揚喇嘛教。
他決意承襲父志，入主中原取代明朝統治。在即位後“邦家未固”時，一方面對明廷採取議和策略，同時又屢次入關，擄掠漢地大批人畜、財物。
爲解除後顧之憂，兩次出兵朝鮮，統一蒙古和黑龍江流域。在鞏固了內部統治，並基本上消除了來自朝鮮和內蒙的威脅後，於1636年(天聰十年)農曆五月，稱帝，定國號“大清”，改元崇德，改族名女真爲滿洲。其後將主要兵力用於對明戰爭。[6]
1640年(崇德五年)七月，帶病急援鬆錦之戰，指揮清軍取得鬆錦大捷，生擒洪承疇，殲滅明軍五萬餘人。在降服松山、錦州後，清軍佔領了除寧遠外的明朝關外全部城鎮。
1642年(崇德七年)，再次遣軍入關，連破遠至山東的八十餘城。
