海瑞在中國人心目中，已經是正義的化身。作爲一個封建時代的官員，他的清廉確實讓人敬佩。但是我們也應該看到，人性也有缺點，對於鐵面無私的海瑞，也有爲人詬病的一面。作爲當代人，既要看到他高大的形象，也要看到陽光下的陰影。
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海瑞家裏有個五歲的女兒，有一次，他看女兒正在吃一個餅。他好奇的問是誰給的，女兒告訴他是一個僕人給的。海瑞大怒，說我海瑞怎麼有這樣的女兒，一個女兒家怎麼能隨隨便便吃男人給的東西，你不是我女兒。除非你餓死了，才配得上我海瑞的女兒。嚇得女兒啼哭不止，當真不敢吃東西，家裏人怎麼哄她勸她也沒有用，絕食七天而死。
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這個故事記錄在姚叔祥的《見只編》和周亮工的《書影》中，對於今天的人來說，實在是一個悲慘的故事。但記錄它的人不一定這麼想，以當時的禮教觀，想必是讚揚海瑞對於封建禮教的維護。
海瑞的私生活曾被政敵所攻擊，沈德符所著《萬曆野獲編·補遺》記載，房寰曾上書攻擊海瑞“居家九娶而易其妻”。海瑞一生娶妻三人，又有小妾多人，有所記載的都有王氏、潘氏、許氏、丘氏、韓氏等等。他還曾經休掉兩位妻子，第一個妻子生了兩個女兒，被海瑞休掉了;第二個妻子剛過門不到一個月即被趕回家，第三個妻子則於1568年極爲可疑的去世。
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即使是花甲之年，海瑞還娶了兩個美貌的侍妾，盡相爭寵;海瑞在七十多歲時還有邱姓小妾，據說她還生了一個兒子，但長到三歲就夭折了。海瑞納這麼多小妾，不僅在現代社會是不允許的，哪怕是在明朝，這種對待女性的態度和婚姻道德標準，也成爲政敵攻擊、世人譏諷的話柄。
