公元1069年(熙寧二年二月)，趙頊任命王安石爲參知政事，主要負責變法事宜。同時調整了人事安排，組成新的執政班子。變法措施大概分爲三個部分：即富國之法、強兵之法和取士之法。隨後新法逐漸出臺。新法剛一出臺，便招來朝野間一片指責和謾罵，不僅從內容和效益上對新法進行非難，而且在思想、道德上大肆指責，說王安石“變祖宗法度”，“以富國強兵之術，啓迪上心，欲求近功，忘其舊學”，“尚法令則稱商鞅，言財利則背孟軻，鄙老成爲因循，棄公論爲流俗”。在朝議紛紛面前，王安石不爲所動，喊出了“天變不足懼，人言不足恤，祖宗之法不足守”的口號，趙頊對王安石表示支持，說：“人臣但能言道德，而不以功名之實，亦無補於事。”主張道德與功名並重，反對守舊派空言道德、在政治上無所作爲的做法。
在兩派爭議當中，趙頊先後罷退了一批對變法持否定意見的官員：如御史中丞呂公着“以請罷新法出潁州”;“御史劉述、劉琦、錢鑼、孫昌齡、王子韶、程顥、張戩、陳襄、陳薦、謝景溫、楊繪、劉摯，諫官範純仁、李常、孫覺、楊宗愈皆不得言，相繼去”;“翰林學士範鎮三疏言青苗，奪職致仕”;歐陽修乞致仕，“乃聽之”;“富弼以格青苗解使相”;文彥博言市易與下爭利，“出彥博守魏”。
公元1070年(熙寧三年)，擢王安石爲同中書門下平章事，位同宰相，讓其有了更大的權力，於是農田、水利、青苗、均輸、保甲、免役、市易、保馬、方田等新法先後頒行天下，變法進入了高潮。
爲了及時有效地制定和推行新法，趙頊特命設置了“制置三司條例司”，即制定戶部、度支、鹽鐵三司條例的專門機構，由王安石和知樞密院事陳昇之主持。
在這個機構中，趙頊聽從王安石的舉薦，起用了呂惠卿、章敦、蔡確、曾布、呂嘉問、沈括、薛向等一批新人。
