李自成逃禪石門夾山一說，流傳極廣。湖南省的石門縣古稱澧陽，又稱澧州。據清代乾隆年間的《澧州志林》所收澧州知州何的《李自成傳》一文稱，李自成兵敗，獨竄石門之夾山爲僧，法名奉天玉和尚。文中所指夾山即夾山寺，該寺位於石門縣東15公里的三板橋，是一座唐代古剎，也就是本文一開始講到的那個地方。寺內遺有與此說相關的一些碑記塔銘、詩文殘板，以及奉天玉和尚的骨片和包括宮廷玉器在內的許多遺物，包括在1980年的考古發掘中發現的諸多文物。這些無疑構成了此說的有力佐證。
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何的說法也是有關“闖王”出家的最早記載。據言，何曾到夾山進行考察，見到了一位服侍過奉天玉和尚的、口音像陝西人的70歲老和尚，他告訴何，奉天玉和尚是順治初年來寺的，並取出其畫像。據說畫上人酷似史書所記李自成的模樣。有人根據李自成曾自稱“奉天倡義大元帥”，後又稱“新順王”，斷定“奉天玉”即“奉天王”多一點，是爲隱諱。而奉天玉和尚墓葬中發現的骨灰和磚刻《塔銘》，墓葬中，其弟子野拂所撰碑文及有關文物，都與何之文相印證。
據持此說法的人推測，“野拂”就是李過，李過就是李自成的親侄兒李錦，由此可證，被野拂精心侍奉的奉天玉和尚就是李自成。在夾山寺裏還發現了記述奉天玉和尚《重修夾山靈泉禪院功德碑》(康熙碑)和《重修夾山靈泉寺碑壇》(道光碑)及密藏牆洞的《支那撰述》、詠梅殘版和野拂撰文殘碑、野拂墓碑、闖王令牌、臨澧蔣家傳世文物、6枚“永昌通寶”銅幣、7個“西安王”銅馬鈴，更有夾山寺地道地宮密室發現的石雕龜形敕印。敕與詔一樣，都只有君王才能使用，一般人是不能用敕和詔的。敕印與奉天玉詔這一切似乎進一步證實了奉天玉和尚就是李自成本人的事實。
持此說的另一依據是從戰略推理上得出來的，認爲李自成去當和尚，是爲情勢之所迫，是爲了聯明抗清。當時，李自成領導的大順軍的主要敵人，已經不再是明朝的勢力，而換成了氣勢洶洶的清軍。抗清已成爲了當務之急。聯合國內的其他武裝力量便也顯得舉足輕重了。當時可以聯合抗清的，只有唐王朱聿鍵手下的湖南何騰蛟。但與何騰蛟談判，部隊必須交何指揮，而何是唐王的宰臣，李自成則是皇帝，這在情理上是難以接受的。況且，李自成逼死了崇禎皇帝，深恐唐王不能諒解。於是，李自成遂採取假死、隱居的做法，巧妙地迴避了矛盾，讓皇后高氏和李過出面與何騰蛟聯合，共同抗清。
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然而，反對“逃禪說”的學者認爲此說是經不起推敲的：奉天玉和尚雖然確有其人，但據塔銘記載，奉天玉曾歷經清要。何爲清要？《朝野類要》卷二曰：“職慢位顯謂之清，職緊位顯謂之要，二者兼之，謂之清要。”李自成則與清、要毫無干系，塔銘的作者劉萱爲明朝遺臣，他是忠於大明朝的，怎能爲農民領袖李自成寫銘記功呢？這是無法理解的。況且，在1982年冬湖南慈利縣新發現的《野拂墓碑》中有“久恨權閹……也逐寇林……方期恢復中原”等詞句，這也表明野拂是痛恨宦官的明朝武官。而野拂對奉天玉和尚事謹慎的態度也說明他們之間關係的密切，同時說明奉天玉可能也是明朝遺臣。有記載說，奉天玉乃是順治年間從四川到石門縣夾山寺的雲遊和尚，他初到夾山，見古剎破敗，便拋頭露面、沿門托鉢，求乞多方支持，以修復寺廟。若果然是自成逃禪隱居於此，怎能如此張揚，不懂得保密呢！
其實在四月下旬，大順軍主力行進到距離江西九江不遠的地方就被清軍又一次追上。一通混戰之後，清軍攻入了大順軍的老營，將汝侯劉宗敏、軍師宋獻策、李自成的兩位叔父(趙侯、襄南侯)以及一批將領家屬俘獲。這一突然事變使得大順軍將士的士氣大沮。由於清軍已經追擊到九江一帶，大順軍東下的路途就有可能在長江下游被截斷，因爲這時清軍的東路豫王多鐸部正在取道河南歸德府、安徽泗州向南京迫近，隨時有可能回師而上對大順軍實施包圍。李自成於是很敏銳地覺察出這一點，改變戰略，掉過頭來準備穿過江西北部轉入湖南。於是在途經湖北通山縣和江西寧州(今修水縣)交界的九宮山下的時候，李自成本人發生了意外。這一幕一定是驚心動魄的場面，在明、清兩方的文書裏面則都有記載。南明的五省總督何騰蛟在隆武元年所寫的《逆闖伏誅疏》中就說：
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“臣揣闖逆知左兵南逞，勢必窺楚，即飛檄道臣傅上瑞、章曠，推官趙廷璧、姚繼舜，咸寧知縣陳鶴齡等，聯絡鄉勇以待。闖果爲清所逼，自秦豫奔楚。霪雨連旬，闖逆困於馬上者逾月，此固天亡之也。闖逆居鄂兩日，忽狂風驟起，對面不見，闖心驚疑，懼清之躡其後也，即拔賊營而上。然其意尚欲追臣，盤踞湖南耳。天意亡闖，以二十八騎登九宮山爲窺伺計。不意伏兵四起，截殺於亂刃之下。相隨僞參將張雙喜系闖逆義男，僅得馳馬先逸。而闖逆之劉伴當飛騎追呼曰：‘李萬歲爺被鄉兵殺死馬下，二十八騎無一存者。'一時賊黨聞之，滿營聚哭。
及臣撫劉體仁、郝搖旗於湘陰，撫袁宗第、藺養成於長沙，撫王進才、牛有勇於新牆，無不衆口同辭。營內有臣晉豫舊治之子衿氓隸，亦無不衆口同辭也。張參將久住湘陰，郝搖旗現在臣標，時時道臣逆闖之死狀。嗣後大行兇問至(指弘光帝被清軍俘獲)，剿撫道阻音絕，無復得其首級報驗。今日逆首已泥，誤死於鄉兵，而鄉兵初不知也。使鄉兵知其爲闖，氣反不壯，未必遂能剪滅，而致弩刃之交加，爲千古大快也。自逆闖死，而闖二十餘萬之衆初爲逆闖悲號，既而自悔自艾亦自失，遂就戎索於臣。逆闖若不死，此二十萬之衆，僞侯僞伯不相上下，臣亦安得以空拳徒手操縱自如乎？”
